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- PDB-5kw2: The extra-helical binding site of GPR40 and the structural basis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kw2
タイトルThe extra-helical binding site of GPR40 and the structural basis for allosteric agonism and incretin stimulation
要素Free fatty acid receptor 1,Lysozyme,Free fatty acid receptor 1
キーワードFatty acid binding protein/Hydrolase / G-protein coupled receptor / free fatty acid receptor 1 / lipid-binding protein / Fatty acid binding protein-Hydrolase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bioactive lipid receptor activity / Free fatty acid receptors / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / ion channel modulating, G protein-coupled receptor signaling pathway / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / response to fatty acid / positive regulation of calcium ion transport / insulin secretion / negative regulation of interleukin-1 beta production / ligand-gated ion channel signaling pathway ...bioactive lipid receptor activity / Free fatty acid receptors / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / ion channel modulating, G protein-coupled receptor signaling pathway / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / response to fatty acid / positive regulation of calcium ion transport / insulin secretion / negative regulation of interleukin-1 beta production / ligand-gated ion channel signaling pathway / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of insulin secretion / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / glucose homeostasis / lysozyme activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (q) signalling events / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / G protein-coupled receptor signaling pathway / lipid binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPR40 receptor fatty acid / G protein-coupled receptor 40-related receptor / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. ...GPR40 receptor fatty acid / G protein-coupled receptor 40-related receptor / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6XQ / Endolysin / Free fatty acid receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Ho, J.D. / Chau, B. / Rodgers, L. / Lu, F. / Wilbur, K.L. / Otto, K.A. / Chen, Y. / Song, M. / Riley, J.P. / Yang, H.-C. ...Ho, J.D. / Chau, B. / Rodgers, L. / Lu, F. / Wilbur, K.L. / Otto, K.A. / Chen, Y. / Song, M. / Riley, J.P. / Yang, H.-C. / Reynolds, N.A. / Kahl, S.D. / Lewis, A.P. / Groshong, C. / Madsen, R.E. / Conners, K. / Linswala, J.P. / Gheyi, T. / Saflor, M.D. / Lee, M.R. / Benach, J. / Baker, K.A. / Montrose-Rafizadeh, C. / Genin, M.J. / Miller, A.R. / Hamdouchi, C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural basis for GPR40 allosteric agonism and incretin stimulation.
著者: Ho, J.D. / Chau, B. / Rodgers, L. / Lu, F. / Wilbur, K.L. / Otto, K.A. / Chen, Y. / Song, M. / Riley, J.P. / Yang, H.C. / Reynolds, N.A. / Kahl, S.D. / Lewis, A.P. / Groshong, C. / Madsen, R. ...著者: Ho, J.D. / Chau, B. / Rodgers, L. / Lu, F. / Wilbur, K.L. / Otto, K.A. / Chen, Y. / Song, M. / Riley, J.P. / Yang, H.C. / Reynolds, N.A. / Kahl, S.D. / Lewis, A.P. / Groshong, C. / Madsen, R.E. / Conners, K. / Lineswala, J.P. / Gheyi, T. / Saflor, M.D. / Lee, M.R. / Benach, J. / Baker, K.A. / Montrose-Rafizadeh, C. / Genin, M.J. / Miller, A.R. / Hamdouchi, C.
履歴
登録2016年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Free fatty acid receptor 1,Lysozyme,Free fatty acid receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7262
ポリマ－53,1021
非ポリマー6241
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area19620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.654, 55.950, 80.313
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.770, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Free fatty acid receptor 1,Lysozyme,Free fatty acid receptor 1 / G-protein coupled receptor 40


分子量: 53102.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: FFAR1, GPR40, e, T4Tp126
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: O14842, UniProt: D9IEF7, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-6XQ / (3~{S})-3-cyclopropyl-3-[2-[1-[2-[2,2-dimethylpropyl-(6-methylpyridin-2-yl)carbamoyl]-5-methoxy-phenyl]piperidin-4-yl]-1-benzofuran-6-yl]propanoic acid


分子量: 623.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H45N3O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.1 M Tris HCl, pH 8.5, 30% PEG 400, 0.2 M ammonium formate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月2日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD-4 with diamond 111 crystals
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→19.81 Å / Num. obs: 16090 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.76→2.91 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PHU

4phu


解像度: 2.76→19.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 14.455 / SU ML: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.658 / ESU R Free: 0.344
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2727 857 5.1 %RANDOM
Rwork0.2304 ---
obs0.2326 16090 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 62.61 Å2 / Biso mean: 41.374 Å2 / Biso min: 13.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å20 Å2-1.55 Å2
2--3.1 Å20 Å2
3----4.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.76→19.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3128 0 46 52 3226
Biso mean--34.44 34.17 -
残基数----411
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9521.9614461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.9325412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.44221.818121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.33815495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.21525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212454
LS精密化 シェル解像度: 2.764→2.834 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 68 -
Rwork0.301 1146 -
all-1214 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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