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- PDB-5knq: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis hypoxanthine guan... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5knq | ||||||
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Title | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis hypoxanthine guanine phosphoribosyltransferase in complex with [3S,4R]-(4-(Guanin-9-yl)pyrrolidin-3-yl)oxymethanephosphonic acid and pyrophosphate | ||||||
![]() | Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase![]() | ||||||
![]() | TRANSFERASE/INHIBITOR / ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() IMP biosynthetic process / purine-containing compound salvage / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eng, W.S. / Rejman, D. / Keough, D.T. / Guddat, L.W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis hypoxanthine guanine phosphoribosyltransferase in complex with pyrrolidine nucleoside phosphonate Authors: Eng, W.S. / Rejman, D. / Keough, D.T. / Guddat, L.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 301.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 246.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5knpC ![]() 5knyC ![]() 4rhtS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 22969.801 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: hpt, hprT, Rv3624c, MTCY15C10.28 / Production host: ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P9WHQ9, ![]() #2: Chemical | ChemComp-6W8 / [( #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-POP / ![]() #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.62 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 20% PEG8000, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 and 0.2 M MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Aug 20, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.55→45.5 Å / Num. obs: 23974 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 10.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.55→2.67 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.697 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 4RHT Resolution: 2.553→42.754 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.96
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 228.34 Å2 / Biso mean: 69.1352 Å2 / Biso min: 20.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.553→42.754 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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