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万見
- PDB-5khp: Tightening the Recognition of Tetravalent Zr and Th Complexes by ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5khp
タイトルTightening the Recognition of Tetravalent Zr and Th Complexes by the Siderophore-Binding Mammalian Protein Siderocalin for Theranostic Applications
要素Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Siderophore-Binding / NGAL
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of cell projection organization / Metal sequestration by antimicrobial proteins / siderophore transport / response to kainic acid / response to mycotoxin / response to blue light ...positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of cell projection organization / Metal sequestration by antimicrobial proteins / siderophore transport / response to kainic acid / response to mycotoxin / response to blue light / cellular response to increased oxygen levels / response to fructose / cellular response to X-ray / short-term memory / cellular response to interleukin-6 / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / response to herbicide / response to iron(II) ion / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cellular response to interleukin-1 / long-term memory / cellular response to nutrient levels / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of endothelial cell migration / acute-phase response / Iron uptake and transport / cellular response to nerve growth factor stimulus / response to virus / specific granule lumen / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to amyloid-beta / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cellular response to hypoxia / defense response to bacterium / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / innate immune response / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Neutrophil gelatinase-associated lipocalin/epididymal-specific lipocalin-12 / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7K9 / ZIRCONIUM ION / Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Rupert, P.B. / Strong, R.K.
引用ジャーナル: Inorg Chem / 年: 2016
タイトル: Engineered Recognition of Tetravalent Zirconium and Thorium by Chelator-Protein Systems: Toward Flexible Radiotherapy and Imaging Platforms.
著者: Captain, I. / Deblonde, G.J. / Rupert, P.B. / An, D.D. / Illy, M.C. / Rostan, E. / Ralston, C.Y. / Strong, R.K. / Abergel, R.J.
履歴
登録2016年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,47618
ポリマ－62,1023
非ポリマー3,37515
水95553
1
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9237
ポリマ－20,7011
非ポリマー1,2226
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5393
ポリマ－20,7011
非ポリマー8382
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0158
ポリマ－20,7011
非ポリマー1,3147
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.383, 114.383, 117.121
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPCYSCYSAA6 - 1758 - 177
21ASPASPCYSCYSBB6 - 1758 - 177
12SERSERASPASPAA5 - 1777 - 179
22SERSERASPASPCC5 - 1777 - 179
13ASPASPCYSCYSBB6 - 1758 - 177
23ASPASPCYSCYSCC6 - 1758 - 177

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Neutrophil gelatinase-associated lipocalin / NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / ...NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / Siderocalin LCN2 / p25


分子量: 20700.564 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 21-198 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCN2, HNL, NGAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80188

-
非ポリマー , 5種, 68分子

#2: 化合物 ChemComp-ZR / ZIRCONIUM ION


分子量: 91.224 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zr
#3: 化合物 ChemComp-7K9 / N,N'-(butane-1,4-diyl)bis(N-{3-[(2,3-dihydroxybenzene-1-carbonyl)amino]propyl}-2,3-dihydroxybenzamide)


分子量: 746.760 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H42N4O12
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.12 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Acetate, Li2SO4, NaCl, ammonium Sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 22217 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 8.1 % / Net I/σ(I): 28.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LM6

1lm6


解像度: 2.65→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 18.916 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.573 / ESU R Free: 0.28 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22784 1219 5.5 %RANDOM
Rwork0.20774 ---
obs0.20884 20976 95.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.645 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å20 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.65→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4063 0 85 53 4201
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.024256
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2411.9715799
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89138875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.125516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.47924.096188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.53115650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.081518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.2631
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0214831
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021024
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4543.6692067
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4543.6692066
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.7075.492579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.7065.4912580
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.21842188
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.21442188
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.7035.8853220
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.62329.1184443
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.62329.1234444
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A176380.09
12B176380.09
21A195440.08
22C195440.08
31B177420.09
32C177420.09
LS精密化 シェル解像度: 2.646→2.715 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 76 -
Rwork0.287 1528 -
obs--95.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2079-0.4038-0.16951.16440.08360.79810.03090.0861-0.0021-0.0015-0.0542-0.0633-0.0228-0.02570.02330.11980.02590.04580.1058-0.00420.162829.635474.309155.8292
22.1-1.4883-1.88752.15681.39563.371-0.29350.58730.34030.46370.2425-0.34950.6902-0.58420.0510.2541-0.0592-0.04210.55290.04650.136652.947197.299734.5459
30.7167-0.24680.12810.4252-0.08820.4403-0.03380.0613-0.01530.0524-0.0072-0.00980.0438-0.04720.04090.1062-0.01140.02350.1274-0.01340.167246.886646.132441.1703
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 177
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 176
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 177

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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