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- PDB-5jvh: The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jvh
タイトルThe crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 26
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
キーワードRIBOSOME / Antibiotics
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome ...large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Factor Xa Inhibitor - #60 / Ribosomal protein L25, C-terminal domain / Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal Protein L25; Chain P / Ribosomal protein L6 / Ribosomal Protein L25; Chain P / 50s Ribosomal Protein L5; Chain: A, ...Factor Xa Inhibitor - #60 / Ribosomal protein L25, C-terminal domain / Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal Protein L25; Chain P / Ribosomal protein L6 / Ribosomal Protein L25; Chain P / 50s Ribosomal Protein L5; Chain: A, / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L30/L7 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Outer Surface Protein A; domain 3 / Ribosomal Protein L22; Chain A / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Factor Xa Inhibitor / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Rubrerythrin, domain 2 / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / RRM (RNA recognition motif) domain / Single Sheet / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Beta Complex / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4
類似検索 - ドメイン・相同性
Evernimicin / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL34 ...Evernimicin / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Yonath, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Avilamycin and evernimicin induce structural changes in rProteins uL16 and CTC that enhance the inhibition of A-site tRNA binding.
著者: Krupkin, M. / Wekselman, I. / Matzov, D. / Eyal, Z. / Diskin Posner, Y. / Rozenberg, H. / Zimmerman, E. / Bashan, A. / Yonath, A.
履歴
登録2016年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
X: 23S ribosomal RNA
Y: 5S ribosomal RNA
A: 50S ribosomal protein L2
B: 50S ribosomal protein L3
C: 50S ribosomal protein L4
D: 50S ribosomal protein L5
E: 50S ribosomal protein L6
G: 50S ribosomal protein L13
H: 50S ribosomal protein L14
I: 50S ribosomal protein L15
J: 50S ribosomal protein L16
K: 50S ribosomal protein L17
L: 50S ribosomal protein L18
M: 50S ribosomal protein L19
N: 50S ribosomal protein L20
O: 50S ribosomal protein L21
P: 50S ribosomal protein L22
Q: 50S ribosomal protein L23
R: 50S ribosomal protein L24
S: 50S ribosomal protein L25
T: 50S ribosomal protein L27
U: 50S ribosomal protein L28
V: 50S ribosomal protein L29
W: 50S ribosomal protein L30
Z: 50S ribosomal protein L32
1: 50S ribosomal protein L33
2: 50S ribosomal protein L34
3: 50S ribosomal protein L35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,349,717152
ポリマ－1,345,09628
非ポリマー4,621124
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area145570 Å2
ΔGint-1285 kcal/mol
Surface area451650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.475, 407.380, 692.552
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#1: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 933405.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: GenBank: 1026245073
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 39605.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: GenBank: 11612676

+
50S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 ABCDEGHIJKLMNOPQRSTUVWZ123

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30107.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXJ9
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22477.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: deinococcus
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXK2
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22308.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXK1
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20379.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXJ0
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19613.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSL3
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 19223.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXY1
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 14256.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXJ2
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 16894.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSK9
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 16125.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXJ5
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 12926.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSJ5
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12163.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSL2
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 18347.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RWB4
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13991.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSW7
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11165.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RY64
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 15190.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXJ7
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10539.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXK0
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 12384.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXJ1
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 25415.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RX88
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9609.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RY65
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 8982.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RRG8
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7774.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RXJ4
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6079.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSL0
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6810.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: P49228
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6243.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSS4
#27: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5626.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSH2
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7448.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RSW6

-
非ポリマー , 2種, 124分子

#29: 化合物 ChemComp-6O1 / Evernimicin


分子量: 1631.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C70H97Cl2NO38
#30: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.58→30 Å / Num. obs: 264969 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 112.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Χ2: 1.256 / Net I/av σ(I): 9.752 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 982811
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.58-3.643.40.84130171.17293.5
3.64-3.713.40.697130831.19293.9
3.71-3.783.40.633132001.22694.7
3.78-3.863.40.521132121.24294.9
3.86-3.943.40.452132501.30295.1
3.94-4.033.50.399132751.3295.1
4.03-4.133.50.356132731.27995.2
4.13-4.243.60.297133361.32295.3
4.24-4.373.60.264133141.32895.4
4.37-4.513.70.229132961.33995.4
4.51-4.673.80.191133661.35795.5
4.67-4.853.80.167133941.29995.3
4.85-5.073.90.143133121.35395.4
5.07-5.3440.124133841.28195.2
5.34-5.6740.111133751.36595.1
5.67-6.1140.103133511.16795
6.11-6.7240.097133271.28394.4
6.72-7.6740.081132541.08593.6
7.67-9.623.90.06130931.00791.9
9.62-304.10.037128571.21388.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZJR

2zjr


解像度: 3.58→29.845 Å / FOM work R set: 0.8126 / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2471 13326 5.06 %
Rwork0.2037 250181 -
obs0.2059 263507 94.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 340.53 Å2 / Biso mean: 96.69 Å2 / Biso min: 29.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.58→29.845 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23837 59613 234 0 83684
Biso mean--81.22 --
残基数----5856
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00891066
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.299136767
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06917520
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077005
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.41542770
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.58-3.62060.33834300.31618200863093
3.6206-3.66310.34984650.29888192865793
3.6631-3.70770.3324150.29038256867194
3.7077-3.75460.31954700.28188281875195
3.7546-3.80390.32544300.26418342877295
3.8039-3.85590.29984350.25138335877095
3.8559-3.91090.27834430.24728342878595
3.9109-3.96910.26934540.23918321877595
3.9691-4.0310.2764510.22858408885995
4.031-4.09690.27494260.23328356878295
4.0969-4.16740.28114240.22268376880095
4.1674-4.24290.24944780.20498387886595
4.2429-4.32430.23914670.19788366883395
4.3243-4.41230.21574290.19228394882395
4.4123-4.50790.23444580.19038390884895
4.5079-4.61240.22834500.18558435888595
4.6124-4.72730.23754190.18388420883995
4.7273-4.85460.23094840.18178400888495
4.8546-4.99680.20954900.17348350884095
4.9968-5.15730.22624740.1678374884895
5.1573-5.34070.21864100.17348466887695
5.3407-5.55320.2284430.17268416885995
5.5532-5.80420.21824390.17448439887895
5.8042-6.10770.23814440.17828408885295
6.1077-6.48670.24064300.1838434886495
6.4867-6.98160.26384560.18928363881994
6.9816-7.67340.2414640.1848334879893
7.6734-8.75910.22424310.19028260869192
8.7591-10.94430.22833900.19218228861891
10.9443-29.84580.23864270.22367908833585
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 212.6279 Å / Origin y: 534.8714 Å / Origin z: 109.1717 Å
111213212223313233
T0.0936 Å2-0.1789 Å2-0.1213 Å2-1.0206 Å20.1556 Å2--0.2506 Å2
L0.4621 °20.0113 °2-0.0265 °2-0.2585 °2-0.1305 °2--0.8283 °2
S-0.0047 Å °0.2711 Å °0.0917 Å °-0.297 Å °0.0393 Å °0.0603 Å °-0.1386 Å °0.1315 Å °0.0204 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allX1 - 2877
2X-RAY DIFFRACTION1allY3 - 122
3X-RAY DIFFRACTION1allA14 - 272
4X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 205
5X-RAY DIFFRACTION1allC2 - 195
6X-RAY DIFFRACTION1allD3 - 179
7X-RAY DIFFRACTION1allE5 - 175
8X-RAY DIFFRACTION1allG30 - 171
9X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 134
10X-RAY DIFFRACTION1allI11 - 144
11X-RAY DIFFRACTION1allJ6 - 141
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13X-RAY DIFFRACTION1allL8 - 111
14X-RAY DIFFRACTION1allM2 - 109
15X-RAY DIFFRACTION1allN2 - 118
16X-RAY DIFFRACTION1allO5 - 98
17X-RAY DIFFRACTION1allP8 - 134
18X-RAY DIFFRACTION1allQ2 - 94
19X-RAY DIFFRACTION1allR4 - 113
20X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 179
21X-RAY DIFFRACTION1allT12 - 85
22X-RAY DIFFRACTION1allU8 - 79
23X-RAY DIFFRACTION1allV2 - 66
24X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 55
25X-RAY DIFFRACTION1allZ3 - 59
26X-RAY DIFFRACTION1all12 - 54
27X-RAY DIFFRACTION1all21 - 46
28X-RAY DIFFRACTION1all36 - 64
29X-RAY DIFFRACTION1all81
30X-RAY DIFFRACTION1all51 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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