[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5jmx: Crystal Structure of BcII metallo-beta-lactamase in complex with ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5jmx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of BcII metallo-beta-lactamase in complex with DZ-305 | ||||||
Components | Metallo-beta-lactamase type 2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / ANTIMICROBIAL RESISTANCE / METALLO BETA LACTAMASE / INHIBITOR | ||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus cereus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.44 Å | ||||||
Authors | Stepanovs, D. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. / Zhang, D. / Brem, J. | ||||||
Citation | Journal: Bioorg. Med. Chem. / Year: 2018 Title: Structure activity relationship studies on rhodanines and derived enethiol inhibitors of metallo-beta-lactamases. Authors: Zhang, D. / Markoulides, M.S. / Stepanovs, D. / Rydzik, A.M. / El-Hussein, A. / Bon, C. / Kamps, J.J.A.G. / Umland, K.D. / Collins, P.M. / Cahill, S.T. / Wang, D.Y. / von Delft, F. / Brem, J. ...Authors: Zhang, D. / Markoulides, M.S. / Stepanovs, D. / Rydzik, A.M. / El-Hussein, A. / Bon, C. / Kamps, J.J.A.G. / Umland, K.D. / Collins, P.M. / Cahill, S.T. / Wang, D.Y. / von Delft, F. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5jmx.cif.gz | 112.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5jmx.ent.gz | 86 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5jmx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5jmx_validation.pdf.gz | 453.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5jmx_full_validation.pdf.gz | 454.8 KB | Display | |
Data in XML | 5jmx_validation.xml.gz | 12.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5jmx_validation.cif.gz | 18.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/5jmx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/5jmx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6eumC 6ew3C 6eweC 6f2nC 4tytS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 24995.533 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus cereus (bacteria) / Gene: blm / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P04190, beta-lactamase |
---|
-Non-polymers , 5 types, 204 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Chemical | ChemComp-DZ5 / ( | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.31 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1MM TCEP, 5MM DZ-305, 50MM HEPES PH7.5, 100MM NACL, 0.1MM ZNCL2, 0.1M MAGNESIUM FORMATE, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.97625 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 14, 2016 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.44→68.95 Å / Num. obs: 40059 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 17.718 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 10.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.44→1.48 Å / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.567 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4TYT Resolution: 1.44→68.95 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: NONE / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.57
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 76.2 Å2 / Biso mean: 29.6466 Å2 / Biso min: 11.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.44→68.95 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|