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- PDB-5j5x: Complex of PKA with the bisubstrate protein kinase inhibitor ARC-1416 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j5x
タイトルComplex of PKA with the bisubstrate protein kinase inhibitor ARC-1416
要素
  • 47P-AZ1-DAL-DAR-DAR-DAR-DAR
  • cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / protein kinase / inhibitor / bisubstrate / oligoarginine / PKA
機能・相同性
機能・相同性情報


PKA-mediated phosphorylation of CREB / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / ROBO receptors bind AKAP5 / HDL assembly / channel activator activity / mitochondrial protein catabolic process / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / high-density lipoprotein particle assembly / nucleotide-activated protein kinase complex ...PKA-mediated phosphorylation of CREB / PKA-mediated phosphorylation of key metabolic factors / ROBO receptors bind AKAP5 / HDL assembly / channel activator activity / mitochondrial protein catabolic process / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / high-density lipoprotein particle assembly / nucleotide-activated protein kinase complex / Rap1 signalling / potassium channel inhibitor activity / histone H1-4S35 kinase activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / cellular response to parathyroid hormone stimulus / protein localization to lipid droplet / negative regulation of interleukin-2 production / regulation of bicellular tight junction assembly / cAMP-dependent protein kinase complex / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / dorsal/ventral neural tube patterning / PKA activation / Triglyceride catabolism / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / cellular response to cold / ciliary base / protein kinase A regulatory subunit binding / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / intracellular potassium ion homeostasis / RET signaling / mesoderm formation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PKA activation in glucagon signalling / Regulation of MECP2 expression and activity / regulation of cardiac conduction / plasma membrane raft / DARPP-32 events / regulation of macroautophagy / cAMP/PKA signal transduction / regulation of cardiac muscle contraction / sperm flagellum / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / renal water homeostasis / Hedgehog 'off' state / Ion homeostasis / negative regulation of protein localization to chromatin / regulation of proteasomal protein catabolic process / negative regulation of TORC1 signaling / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / cellular response to epinephrine stimulus / protein export from nucleus / calcium channel complex / CD209 (DC-SIGN) signaling / cellular response to glucagon stimulus / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of calcium-mediated signaling / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / positive regulation of gluconeogenesis / positive regulation of phagocytosis / regulation of heart rate / acrosomal vesicle / AURKA Activation by TPX2 / positive regulation of protein export from nucleus / regulation of microtubule cytoskeleton organization / negative regulation of smoothened signaling pathway / neuromuscular junction / neural tube closure / Regulation of insulin secretion / cellular response to glucose stimulus / Degradation of GLI1 by the proteasome / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / mRNA processing / cytokine-mediated signaling pathway / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / manganese ion binding / GPER1 signaling / cellular response to heat / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / sperm midpiece
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(piperazin-1-yl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine / polypeptide(D) / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Alam, K.A. / Ivan, T. / Uri, A. / Engh, R.A.
引用ジャーナル: Bioconjug.Chem. / 年: 2016
タイトル: Bifunctional Ligands for Inhibition of Tight-Binding Protein-Protein Interactions.
著者: Ivan, T. / Enkvist, E. / Viira, B. / Manoharan, G.B. / Raidaru, G. / Pflug, A. / Alam, K.A. / Zaccolo, M. / Engh, R.A. / Uri, A.
履歴
登録2016年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 2.02019年6月19日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_solvent_atom_site_mapping / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_special_symmetry / refine_analyze / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_auth_asym_id / _atom_site.pdbx_auth_atom_name / _atom_site.pdbx_auth_comp_id / _atom_site.pdbx_auth_seq_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _pdbx_solvent_atom_site_mapping.label_asym_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.12025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
B: 47P-AZ1-DAL-DAR-DAR-DAR-DAR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3576
ポリマ－41,8662
非ポリマー4914
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.023, 127.023, 89.631
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-6-

DAR

21B-6-

DAR

31A-401-

SO4

41A-402-

SO4

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要素

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha


分子量: 40808.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKACA, PKACA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17612, cAMP-dependent protein kinase
#2: Polypeptide(D) 47P-AZ1-DAL-DAR-DAR-DAR-DAR


分子量: 1057.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The ligand modeled is partially of peptidic nature, similar to submissions 5IZJ and 5IZF, and similar to deposition 3AGM The headgroups is a 4-piperazin-1-yl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine, this ...詳細: The ligand modeled is partially of peptidic nature, similar to submissions 5IZJ and 5IZF, and similar to deposition 3AGM The headgroups is a 4-piperazin-1-yl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine, this is a new ligand also used in 5IZJ and 5IZF. The rest of the compound is made up from standard ligands: AZ1, DAL, DAR and NH2
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-6J9 / 4-(piperazin-1-yl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine


分子量: 203.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 18% PEG3350, 0.2M LiSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 13597 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.336 / Net I/σ(I): 6.66
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Rmerge(I) obs: 2.798

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 25.332 / SU ML: 0.472 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.06 / ESU R Free: 0.392 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30895 682 5 %RANDOM
Rwork0.23678 ---
obs0.24049 12943 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 62.934 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20.03 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2897 0 31 26 2954
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193026
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2531.9944083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87536650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5725349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.95524.126143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.69315521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8981515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02746
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0816.2051399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0816.2081400
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5679.3111747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5669.3141748
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7446.3941626
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7446.3971627
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1169.4852337
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.0547.9573315
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.04947.9743316
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.597→2.664 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.48 48 -
Rwork0.361 912 -
obs--98.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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