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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5j1y | ||||||||||||
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タイトル | Structure of Transcriptional Regulatory Repressor Protein - EthR from Mycobacterium Tuberculosis in complex with 1-(pyrrolidin-1-yl)-3-(tetrahydrofuran-3-yl)propan-1-one at 1.81A resolution | ||||||||||||
要素 | EthR | ||||||||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / EthR / represor / boosting effect | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 monooxygenase activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Blaszczyk, M. / Surade, S. / Nikiforov, P.O. / Abell, C. / Blundell, T.L. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017 タイトル: Fragment-Sized EthR Inhibitors Exhibit Exceptionally Strong Ethionamide Boosting Effect in Whole-Cell Mycobacterium tuberculosis Assays. 著者: Nikiforov, P.O. / Blaszczyk, M. / Surade, S. / Boshoff, H.I. / Sajid, A. / Delorme, V. / Deboosere, N. / Brodin, P. / Baulard, A.R. / Barry, C.E. / Blundell, T.L. / Abell, C. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5j1y.cif.gz | 52.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5j1y.ent.gz | 37 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5j1y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5j1y_validation.pdf.gz | 442.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5j1y_full_validation.pdf.gz | 442.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5j1y_validation.xml.gz | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5j1y_validation.cif.gz | 12.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/5j1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j1/5j1y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23781.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: ethR_2, ethR, ethR_1, AFL40_4013, BN1213_00375, BN1303_02839, ERS007657_00006, ERS007665_03402, ERS007670_00101, ERS007672_00126, ERS007679_01009, ERS007681_01169, ERS007688_00760, ...遺伝子: ethR_2, ethR, ethR_1, AFL40_4013, BN1213_00375, BN1303_02839, ERS007657_00006, ERS007665_03402, ERS007670_00101, ERS007672_00126, ERS007679_01009, ERS007681_01169, ERS007688_00760, ERS007703_00420, ERS007722_01164, ERS007741_02569, ERS013447_02283, ERS013471_02551, ERS023446_02032, ERS024213_01441, ERS024276_01130, ERS027644_00684, ERS027646_02322, ERS027654_00374, ERS027656_00876, ERS031537_01716, ERS075357_02728, ERS075361_00362, ERS075387_01097, ERS124361_02860, IQ38_20160, IQ40_19545, IQ45_19480, IQ47_19420, IU13_19735, IU16_19625 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045KCS8, UniProt: P9WMC1*PLUS | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.78 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Ammonium sulphate, Glycerol, MES / PH範囲: 6.3 - 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.983 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月9日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.983 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.79→85.9 Å / Num. obs: 48182 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 308594 | |||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1T56 解像度: 1.81→29.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 2.348 / SU ML: 0.072 / SU R Cruickshank DPI: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.123 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.94 Å2 / Biso mean: 19.276 Å2 / Biso min: 3.46 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.81→29.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.81→1.857 Å / Total num. of bins used: 20
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