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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5iub | ||||||
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タイトル | Crystal structure of stabilized A2A adenosine receptor A2AR-StaR2-bRIL in complex with compound 12x at 2.1A resolution | ||||||
![]() | Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / G-protein-coupled receptor / integral membrane protein / chimera / thermostabilizing mutations | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / sensory perception / positive regulation of urine volume ...positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / sensory perception / positive regulation of urine volume / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / synaptic transmission, dopaminergic / : / inhibitory postsynaptic potential / negative regulation of vascular permeability / synaptic transmission, cholinergic / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / positive regulation of glutamate secretion / blood circulation / response to caffeine / intermediate filament / eating behavior / presynaptic active zone / alpha-actinin binding / membrane depolarization / regulation of calcium ion transport / asymmetric synapse / axolemma / : / cellular defense response / prepulse inhibition / phagocytosis / response to amphetamine / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / regulation of mitochondrial membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of long-term synaptic potentiation / locomotory behavior / central nervous system development / astrocyte activation / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of protein secretion / apoptotic signaling pathway / electron transport chain / positive regulation of apoptotic signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / blood coagulation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / postsynaptic membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / periplasmic space / electron transfer activity / calmodulin binding / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / glutamatergic synapse / lipid binding / apoptotic process / dendrite / heme binding / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Segala, E. / Guo, D. / Cheng, R.K.Y. / Bortolato, A. / Deflorian, F. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Heitman, L.H. / Ijzerman, A.P. / Marshall, F.H. / Cooke, R.M. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Controlling the Dissociation of Ligands from the Adenosine A2A Receptor through Modulation of Salt Bridge Strength. 著者: Segala, E. / Guo, D. / Cheng, R.K. / Bortolato, A. / Deflorian, F. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Heitman, L.H. / IJzerman, A.P. / Marshall, F.H. / Cooke, R.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 196.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 154.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 47996.746 Da / 分子数: 1 変異: A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, ...変異: A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A,A54L, T88A, R107A, K122A, L202A, L235A, V239A, S277A 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: ADORA2A, ADORA2, cybC / プラスミド: pFAST-Bac / 細胞株 (発現宿主): Tni PRO / 発現宿主: ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 133分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/6DV.gif)
![](data/chem/img/CLR.gif)
![](data/chem/img/OLA.gif)
![](data/chem/img/OLB.gif)
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![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/6DV.gif)
![](data/chem/img/CLR.gif)
![](data/chem/img/OLA.gif)
![](data/chem/img/OLB.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-6DV / | ||||||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-OLA / #6: 化合物 | ChemComp-OLB / ( #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.36 % / 解説: rectangular |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M MES pH 5.5, 0.2M K/Na tartrate, 27.5-40% PEG400, 0.5-1% (v/v) (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月3日 / 詳細: (double) KB mirror pair |
放射 | モノクロメーター: Double Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→33.62 Å / Num. obs: 27609 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.959 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 77.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5IU4 解像度: 2.1→33.621 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.89 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→33.621 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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