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- PDB-5iu2: Discovery of imidazoquinolines as a novel class of potent, select... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iu2
タイトルDiscovery of imidazoquinolines as a novel class of potent, selective and in vivo efficacious COT kinase inhibitors
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 8
キーワードTRANSFERASE / COT / Tpl-2 / MAP3K8 / kinase / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mitogen-activated protein kinase kinase kinase / JUN kinase kinase kinase activity / MAP kinase kinase kinase activity / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / T cell costimulation / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / positive regulation of inflammatory response / MAPK cascade / protein phosphorylation / protein serine kinase activity ...mitogen-activated protein kinase kinase kinase / JUN kinase kinase kinase activity / MAP kinase kinase kinase activity / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / T cell costimulation / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / positive regulation of inflammatory response / MAPK cascade / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 8 / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 8 / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6DA / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Gutmann, S. / Hinniger, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery of Imidazoquinolines as a Novel Class of Potent, Selective, and in Vivo Efficacious Cancer Osaka Thyroid (COT) Kinase Inhibitors.
著者: Glatthar, R. / Stojanovic, A. / Troxler, T. / Mattes, H. / Mobitz, H. / Beerli, R. / Blanz, J. / Gassmann, E. / Druckes, P. / Fendrich, G. / Gutmann, S. / Martiny-Baron, G. / Spence, F. / ...著者: Glatthar, R. / Stojanovic, A. / Troxler, T. / Mattes, H. / Mobitz, H. / Beerli, R. / Blanz, J. / Gassmann, E. / Druckes, P. / Fendrich, G. / Gutmann, S. / Martiny-Baron, G. / Spence, F. / Hornfeld, J. / Peel, J.E. / Sparrer, H.
履歴
登録2016年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32025年1月29日Group: Advisory / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_database_PDB_obs_spr / pdbx_entry_details
Item: _entity.src_method

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 8
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2864
ポリマ－75,2702
非ポリマー1,0152
水2,702150
1
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1432
ポリマ－37,6351
非ポリマー5081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1432
ポリマ－37,6351
非ポリマー5081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.480, 87.430, 125.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 8 / Cancer Osaka thyroid oncogene / Proto-oncogene c-Cot / Serine/threonine-protein kinase cot / Tumor ...Cancer Osaka thyroid oncogene / Proto-oncogene c-Cot / Serine/threonine-protein kinase cot / Tumor progression locus 2 / TPL-2


分子量: 37635.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K8, COT, ESTF
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P41279, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-6DA / N-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]-6-(8-phenyl-1H-imidazo[4,5-c][1,7]naphthyridin-1-yl)-1,3-benzothiazol-2-amine


分子量: 507.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H25N7OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 7, 1.7 m ammonium sulfate, 0.01 M proline. Protein solution (COT:compound 1:1) was mixed with an equal volume (1 uL) of reservoir solution. Equilibration was done over 500 uL reservoir solution.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→71.66 Å / Num. obs: 20386 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.53 % / Biso Wilson estimate: 50.76 Å2 / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 12.53
反射 シェル解像度: 2.7→2.81 Å / Rsym value: 0.492

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y85

4y85


解像度: 2.7→58.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.344 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.344
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2579 1019 5 %RANDOM
Rwork0.2326 ---
obs0.2339 20361 99.81 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.06 Å20 Å20 Å2
2--1.2262 Å20 Å2
3---2.8338 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.429 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→58.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4775 0 74 150 4999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084980HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.986784HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1625SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes92HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes728HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4980HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.37
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.99
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion655SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5642SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3598 147 5.01 %
Rwork0.2965 2789 -
all0.2998 2936 -
obs--99.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4391-0.16720.02581.42790.39180.32660.0293-0.06120.0302-0.1315-0.0004-0.1273-0.0601-0.0454-0.0289-0.1306-0.01440.0275-0.0750.0734-0.0317-14.422517.2603-6.6568
20.20320.0091-0.04280.19240.45320.998-0.00510.10910.043-0.0593-0.05960.0313-0.0963-0.07580.0647-0.17160.0241-0.0018-0.03090.0022-0.0602-43.4190.6358-18.5099
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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