PDB-5is9: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0375

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5is9

タイトル

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0375

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSFERASE / PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE / CATALYTIC DOMAIN / CHROMATIN REGULATOR / MRNA PROCESSING / MRNA SPLICING / NUCLEUS / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Hassenboehler, P. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0375
著者: Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2016年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年1月10日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5is9.ent.gz	691.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	5is9_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	5is9_validation.xml.gz	55.5 KB	表示
CIF形式データ	5is9_validation.cif.gz	76.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5is9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5is9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ih3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5isg-d 5ise-d 6s70-d 4ikp-d 5tbh-d 6s7b-d 5k8v-d 5lv2-2 5ih3-d 5is6-d 5dx8-d 5k8x-d 6s71-d 5isd-d 5u4x-d 5isb-d 6arv-d 6s74-d 5ish-d 5lv3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

168 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.888, 98.374, 206.937
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-744- HOH

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

#1: タンパク質

Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4

分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

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非ポリマー , 7種, 539分子

#2: 化合物	ChemComp-6D3 / (2S)-2-amino-4-[(3-{4-[(2S)-2-amino-2-carboxyethyl]-1H-1,2,3-triazol-1-yl}propyl){[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl}amino]butanoic acid (non-preferred name) 分子量: 563.567 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₃N₁₁O₇
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-DXE / 1,2-DIMETHOXYETHANE / 1,2-ジメトキシエタン分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-M2M / 1-METHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE / ジグリム分子量: 134.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Tris-HCl pH 8.0 100 mM PEG 2000 MME 13 % NaCl 100 mM

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 64352 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 32.36 Å² / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2016: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.4→19.601 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.91

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2057	3191	4.96 %	Random selection
R_work	0.1676	-	-	-
obs	0.1695	64296	95.77 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.601 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11004	0	286	511	11801

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	11731
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.974	15872
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.486	4213
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1720
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2016

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3179-2.3524	0.254	24	0.1903	608	X-RAY DIFFRACTION	22
2.3524-2.3891	0.2627	111	0.2015	2429	X-RAY DIFFRACTION	87
2.3891-2.4282	0.2531	163	0.1997	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4282-2.47	0.2411	146	0.2012	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.5148	0.2582	128	0.1919	2721	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5148-2.5631	0.242	152	0.1934	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5631-2.6153	0.2504	133	0.1962	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6153-2.672	0.2362	153	0.1943	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.672-2.734	0.2676	131	0.1876	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.734-2.8022	0.2335	145	0.1883	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8022-2.8777	0.2403	140	0.1814	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8777-2.9621	0.2218	126	0.1899	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9621-3.0574	0.2042	154	0.1868	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0574-3.1662	0.2202	152	0.1882	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1662-3.2924	0.2348	144	0.1899	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2924-3.4415	0.1994	133	0.1724	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4415-3.6219	0.2247	130	0.1627	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6219-3.8472	0.194	155	0.1539	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8472-4.1417	0.177	165	0.1376	2791	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1417-4.5537	0.156	146	0.1235	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5537-5.2019	0.1657	129	0.1254	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2019-6.5136	0.1817	160	0.1701	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5136-19.6016	0.1889	171	0.1805	2937	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0994	-0.4123	0.0873	0.89	0.0595	1.0632	0.0259	-0.1326	0.1636	0.1391	-0.0505	0.0424	-0.1462	-0.0016	0.0013	0.2705	-0.0807	0.0478	0.2182	-0.073	0.2544	55.1505	40.2041	133.3413
2	0.6273	0.1381	0.4514	-0.0152	0.0642	0.3454	0.116	-0.0666	-0.0487	0.0034	-0.0416	-0.0141	-0.0049	0.0566	0.0115	0.1565	-0.0392	0.0364	0.1644	-0.0234	0.2659	48.1076	12.1823	119.2003
3	0.9679	0.1421	-0.102	1.5223	0.0409	1.149	0.0047	-0.0002	-0.0357	-0.0795	-0.0252	-0.1004	0.0329	0.0353	0.0004	0.147	-0.0551	0.051	0.1773	-0.0191	0.2098	60.3413	19.1797	119.2765
4	0.9493	-0.3565	-0.3579	0.8986	0.565	1.7	0.135	0.074	0.0105	-0.0593	0.0301	0.016	-0.1929	-0.1552	0.0095	0.1909	0.0513	0.0406	0.1553	0.0547	0.2565	18.8887	19.7008	115.0595
5	0.3906	0.2402	0.1554	-0.0864	-0.0992	0.1969	0.1748	-0.2034	-0.3201	0.0651	0.0115	-0.0766	-0.0714	0.021	0.0007	0.3389	-0.0389	0.0698	0.3999	-0.0155	0.3298	38.3043	29.1667	148.2688
6	0.4323	0.1863	0.018	0.4587	0.6404	0.658	-0.006	-0.1471	-0.0009	0.0835	-0.0215	0.0758	-0.0076	-0.2801	0.0006	0.23	0.0129	0.0879	0.2966	0.0487	0.327	17.1444	21.8838	137.7348
7	0.722	-0.0554	-0.4973	0.4562	0.1818	1.1594	0.0923	-0.1706	-0.0247	0.0964	-0.0151	0.0006	-0.1008	-0.0108	0.0006	0.2238	0.0181	0.0389	0.2737	0.064	0.2471	16.9099	22.5677	140.319
8	0.5623	0.3978	0.5907	0.3311	0.2644	0.598	0.0701	-0.3036	-0.0428	0.0113	0.0551	-0.2417	-0.0209	0.0671	0.0001	0.3527	0.0402	0.0945	0.385	0.0281	0.3977	25.5731	28.6197	141.0076
9	1.3125	0.5363	-0.94	0.3426	-0.3844	1.1236	0.0995	0.1811	0.277	0.0784	0.0885	0.0673	-0.2294	0.0047	0.0005	0.4675	0.0826	0.0752	0.4414	0.0437	0.3955	23.1071	42.2036	175.263
10	0.5606	-0.0846	0.1826	0.1885	-0.1764	0.0955	0.082	0.0015	-0.1193	0.0155	0.0124	0.0975	-0.0389	-0.0623	-0	0.3557	0.0438	0.0287	0.3204	0.0073	0.2778	26.1347	20.8432	190.7915
11	1.0948	-0.3914	-0.6884	1.0394	-0.3135	0.9792	-0.0164	0.0553	-0.172	0.0628	-0.0417	0.2202	0.0508	-0.1012	-0.0002	0.3376	0.0528	0.0583	0.4025	-0.0231	0.3277	16.3386	20.1765	190.6446
12	0.4988	0.3114	-0.1918	1.2052	-0.3034	1.0591	0.1431	-0.1085	-0.0238	0.0674	-0.1	-0.0697	-0.1096	0.163	0.0001	0.3176	-0.0323	0.0054	0.3319	-0.0408	0.2763	57.4201	17.9825	195.6172
13	0.4297	-0.7092	0.0284	0.067	0.0173	0.2975	0.1602	0.3264	-0.1649	-0.0882	-0.1141	0.0839	0.0279	-0.1269	-0.0001	0.39	-0.0039	0.06	0.5418	-0.0523	0.3506	39.9467	28.234	163.7761
14	0.3201	-0.0524	-0.0897	0.3144	-0.4143	0.5859	-0.2007	0.1936	-0.1443	-0.0253	0.1154	-0.0793	-0.1148	0.7063	-0.0288	0.4073	0.0037	0.0453	0.5029	-0.029	0.3418	63.7515	23.3634	175.3346
15	0.6714	0.416	0.0763	0.296	-0.0946	0.3204	-0.0917	0.087	-0.1296	-0.0759	-0.0508	-0.1105	0.1657	0.0312	-0	0.3978	0.0048	0.0664	0.4039	-0.0514	0.3146	58.3171	17.5207	170.198
16	0.4525	-0.239	0.5086	0.2908	-0.0189	0.5449	0.0318	0.1233	-0.1152	0.0542	-0.0952	0.2234	-0.1308	-0.114	-0.0006	0.4254	0.0046	0.0627	0.445	-0.058	0.3504	53.584	28.709	169.2746

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 136:282)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:349)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 350:478)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 136:293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 294:336)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 337:365)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 366:445)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 446:478)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 136:257)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 258:336)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 337:478)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 136:293)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 294:344)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 345:372)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 373:430)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 431:478)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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