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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ia5 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Ephrin A2 (EphA2) Receptor Protein Kinase with golvatinib (E7050) | ||||||
要素 | Ephrin type-A receptor 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / TYROSINE-PROTEIN KINASE / RECEPTOR / ATP-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 notochord cell development / notochord formation / lens fiber cell morphogenesis / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of lymphangiogenesis / axial mesoderm formation / pericyte cell differentiation / cAMP metabolic process / positive regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of blood vessel endothelial cell migration ...notochord cell development / notochord formation / lens fiber cell morphogenesis / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of lymphangiogenesis / axial mesoderm formation / pericyte cell differentiation / cAMP metabolic process / positive regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of blood vessel endothelial cell migration / leading edge membrane / negative regulation of chemokine production / post-anal tail morphogenesis / bone remodeling / transmembrane-ephrin receptor activity / response to growth factor / tight junction / activation of GTPase activity / regulation of lamellipodium assembly / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / EPH-Ephrin signaling / neural tube development / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / mammary gland epithelial cell proliferation / RHOV GTPase cycle / EPHA-mediated growth cone collapse / growth factor binding / regulation of cell adhesion mediated by integrin / lamellipodium membrane / RHOU GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / ephrin receptor signaling pathway / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / vasculogenesis / regulation of angiogenesis / keratinocyte differentiation / RAC1 GTPase cycle / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of angiogenesis / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / osteoclast differentiation / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell chemotaxis / skeletal system development / molecular function activator activity / protein localization to plasma membrane / cell motility / positive regulation of protein localization to plasma membrane / axon guidance / receptor protein-tyrosine kinase / ruffle membrane / osteoblast differentiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cell migration / lamellipodium / virus receptor activity / receptor complex / cell adhesion / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of cell migration / cadherin binding / inflammatory response / phosphorylation / focal adhesion / dendrite / cell surface / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.776 Å | ||||||
データ登録者 | Kudlinzki, D. / Linhard, V.L. / Gande, S.L. / Sreeramulu, S. / Saxena, K. / Heinzlmeir, S. / Medard, G. / Kuester, B. / Schwalbe, H. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2016 タイトル: Chemical Proteomics and Structural Biology Define EPHA2 Inhibition by Clinical Kinase Drugs. 著者: Heinzlmeir, S. / Kudlinzki, D. / Sreeramulu, S. / Klaeger, S. / Gande, S.L. / Linhard, V. / Wilhelm, M. / Qiao, H. / Helm, D. / Ruprecht, B. / Saxena, K. / Medard, G. / Schwalbe, H. / Kuster, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ia5.cif.gz | 76.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ia5.ent.gz | 54.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ia5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ia5_validation.pdf.gz | 683.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5ia5_full_validation.pdf.gz | 686.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5ia5_validation.xml.gz | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ia5_validation.cif.gz | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/5ia5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/5ia5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5i9uC 5i9vC 5i9wC 5i9xC 5i9yC 5i9zC 5ia0C 5ia1C 5ia2C 5ia3C 5ia4C 1mqbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34462.840 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 596-900 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHA2, ECK / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P29317, receptor protein-tyrosine kinase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-GV0 / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.84 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 37.5 % MPD_P1k_P3350, 0.1 M AminoAcidsMix, 0.1 M Tris pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.776→43.825 Å / Num. obs: 54138 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.94 % / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 17.92 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.88 Å / Rpim(I) all: 0.905 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1MQB 解像度: 1.776→43.825 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.97
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.776→43.825 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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