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Yorodumi- PDB-5i5r: Crystal structure of a bacterial fucosidase with iminocyclitol (2... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5i5r | ||||||
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Title | Crystal structure of a bacterial fucosidase with iminocyclitol (2S,3S,4R,5S)-3,4-dihydroxy-2-ethynyl-5-methylpyrrolidine | ||||||
Components | Alpha-L-fucosidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / enzyme inhibition | ||||||
Function / homology | Function and homology information alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacteroides thetaiotaomicron (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Wright, D.W. / Davies, G.J. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Will be disclosed later Authors: Behr, J.B. / Wright, D.W. / Hottin, A. / Moreno-Vargas, A.J. / Robina, I. / Davies, G.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5i5r.cif.gz | 377.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5i5r.ent.gz | 305.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5i5r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/5i5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/5i5r | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1mnzS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / Refine code: 0
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 51594.387 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (bacteria) Gene: BT_2970 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8A3I4 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-IMD / #4: Chemical | ChemComp-68F / ( #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 20% w/v PEG 3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M imidazole |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.97625 Å | |||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 2, 2014 | |||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→67.57 Å / Num. obs: 116721 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.8 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 6.8 | |||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1MNZ Resolution: 2.1→67.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 6.564 / SU ML: 0.163 / SU R Cruickshank DPI: 0.2288 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.187 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 117.73 Å2 / Biso mean: 44.105 Å2 / Biso min: 20.6 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→67.57 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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