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- PDB-5i5r: Crystal structure of a bacterial fucosidase with iminocyclitol (2... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5i5r | ||||||
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Title | Crystal structure of a bacterial fucosidase with iminocyclitol (2S,3S,4R,5S)-3,4-dihydroxy-2-ethynyl-5-methylpyrrolidine | ||||||
![]() | Alpha-L-fucosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / enzyme inhibition | ||||||
Function / homology | ![]() alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wright, D.W. / Davies, G.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Will be disclosed later Authors: Behr, J.B. / Wright, D.W. / Hottin, A. / Moreno-Vargas, A.J. / Robina, I. / Davies, G.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 377.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 305.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1mnzS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / Refine code: _
NCS ensembles :
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 51594.387 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: BT_2970 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-IMD / #4: Chemical | ChemComp-68F / ( #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 20% w/v PEG 3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M imidazole |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 2, 2014 | |||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→67.57 Å / Num. obs: 116721 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.8 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 6.8 | |||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1MNZ Resolution: 2.1→67.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 6.564 / SU ML: 0.163 / SU R Cruickshank DPI: 0.2288 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.187 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 117.73 Å2 / Biso mean: 44.105 Å2 / Biso min: 20.6 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→67.57 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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