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- PDB-5hip: Crystal Structure of PQS Response Protein PqsE in Complex with 2-... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hip | ||||||
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Title | Crystal Structure of PQS Response Protein PqsE in Complex with 2-(pyridin-3-yl)benzoic acid | ||||||
![]() | PqsE | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / quorum sensing / pqs / pqsE / inhibitor / pseudomonas | ||||||
Function / homology | ![]() 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase / secondary metabolite biosynthetic process / hydrolase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Witzgall, F. / Blankenfeldt, W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Dissecting the Multiple Roles of PqsE in Pseudomonas aeruginosa Virulence by Discovery of Small Tool Compounds. Authors: Zender, M. / Witzgall, F. / Drees, S.L. / Weidel, E. / Maurer, C.K. / Fetzner, S. / Blankenfeldt, W. / Empting, M. / Hartmann, R.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 194.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 155.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 438 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 439.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 14.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 21.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5hioC ![]() 5hiqC ![]() 5hisC ![]() 2q0iS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 34545.492 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-61O / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 100 mM HEPES, 200 mM MgCl2, 31% PEG400 / PH range: 7.5-8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 28, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.99→49.961 Å / Num. obs: 22719 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 19.3 % / Biso Wilson estimate: 34.34 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 20.8 / Num. measured all: 439051 / Scaling rejects: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2Q0I Resolution: 1.992→49.961 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.05 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 140.57 Å2 / Biso mean: 45.7383 Å2 / Biso min: 21.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.992→49.961 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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