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Yorodumi- PDB-5hio: Crystal Structure of PQS Response Protein PqsE in Complex with 2-... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hio | ||||||
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Title | Crystal Structure of PQS Response Protein PqsE in Complex with 2-aminobenzoylacetate | ||||||
Components | PqsE | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / quorum sensing / pqs / pqsE / inhibitor / pseudomonas | ||||||
Function / homology | Function and homology information 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase / secondary metabolite biosynthetic process / hydrolase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Witzgall, F. / Blankenfeldt, W. | ||||||
Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2016 Title: Dissecting the Multiple Roles of PqsE in Pseudomonas aeruginosa Virulence by Discovery of Small Tool Compounds. Authors: Zender, M. / Witzgall, F. / Drees, S.L. / Weidel, E. / Maurer, C.K. / Fetzner, S. / Blankenfeldt, W. / Empting, M. / Hartmann, R.W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5hio.cif.gz | 193 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5hio.ent.gz | 153.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5hio.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/5hio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/5hio | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5hipC 5hiqC 5hisC 2q0iS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34545.492 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / Gene: PA1000 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P20581 | ||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-61M / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 100 mM HEPES, 200 mM MgCl2, 31% PEG400 / PH range: 7.5-8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 27, 2015 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→48.66 Å / Num. obs: 25730 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 19.3 % / Biso Wilson estimate: 29.61 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 18.8 / Num. measured all: 496248 / Scaling rejects: 47 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 2Q0I Resolution: 1.9→48.66 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.71 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 140.18 Å2 / Biso mean: 40.8004 Å2 / Biso min: 16.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→48.66 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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