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- PDB-5g3u: The structure of the L-tryptophan oxidase VioA from Chromobacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g3u
タイトルThe structure of the L-tryptophan oxidase VioA from Chromobacterium violaceum in complex with its inhibitor 2-(1H-indol-3-ylmethyl)prop-2- enoic acid
要素L-TRYPTOPHAN OXIDASE VIOA
キーワードOXIDOREDUCTASE / VIOLACEIN / L-TRYPTOPHAN OXIDASE / FLAVOENZYME / TRYPTOPHAN DERIVATIVE / INHIBITOR / 2-(1H-INDOL-3-YLMETHYL)PROP-2-ENOIC ACID / PROPENOIC ACID
機能・相同性
機能・相同性情報


7-chloro-L-tryptophan oxidase / antibiotic biosynthetic process / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / 2-[(1H-indol-3-yl)methyl]prop-2-enoic acid / Flavin-dependent L-tryptophan oxidase VioA
類似検索 - 構成要素
生物種CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.377 Å
データ登録者Krausze, J. / Rabe, J. / Moser, J.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Biosynthesis of Violacein, Structure and Function of l-Tryptophan Oxidase VioA from Chromobacterium violaceum.
著者: Fuller, J.J. / Ropke, R. / Krausze, J. / Rennhack, K.E. / Daniel, N.P. / Blankenfeldt, W. / Schulz, S. / Jahn, D. / Moser, J.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Biosynthesis of Violacein: Structure and Function of L-Tryptophan Oxidase Vioa Chromobacterium Violaceum
著者: Fuller, J. / Roepke, R. / Krausze, J. / Rennhack, K.E. / Daniel, N.P. / Blankenfeldt, W. / Schulz, S. / Jahn, D. / Moser, J.
履歴
登録2016年5月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22016年10月5日Group: Database references
改定 2.02019年5月8日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_biol / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.pdbx_auth_atom_name / _atom_site.pdbx_formal_charge / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-TRYPTOPHAN OXIDASE VIOA
B: L-TRYPTOPHAN OXIDASE VIOA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5617
ポリマ－94,4912
非ポリマー2,0705
水5,350297
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.270, 81.460, 167.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.35038, -0.46053, -0.81556), (-0.91712, -0.00801, 0.39853), (-0.19006, 0.88761, -0.41956)
ベクター: 64.05034, 23.74118, 108.9662)

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要素

#1: タンパク質 L-TRYPTOPHAN OXIDASE VIOA


分子量: 47245.676 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (バクテリア)
株: 12472 / プラスミド: PGEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): LAMBDA / 参照: UniProt: Q9S3V1, 7-chloro-L-tryptophan oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 787.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#3: 化合物 ChemComp-ITW / 2-[(1H-indol-3-yl)methyl]prop-2-enoic acid


分子量: 201.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H11NO2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細2-(1H-INDOL-3-YLMETHYL)PROP-2-ENOIC ACID (ITW): TRYPTOPHAN DERIVATIVE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 % / 解説: NONE
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES PH 7.0, 10 %(W/V) PEG 6000, 0.1 M LICL, 0.00375 M 2-(1H-INDOL-3-YLMETHYL)PROP-2-ENOIC ACID AT 290 K, THEN SUPPLEMENTED WITH 20 %(V/V) GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月30日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111-DCM WITH SAGITAL BENDER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→45.98 Å / Num. obs: 38865 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 25.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.38→2.44 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.377→45.983 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.28 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE HYDROGEN ATOMS IN THE STRUCTURE ARE RIDING HYDROGENS AND THEIR POSITIONS WERE NOT REFINE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2133 1944 5 %
Rwork0.177 --
obs0.1789 38860 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.377→45.983 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6398 0 142 297 6837
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026714
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5739107
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2313903
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04950
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021172
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.377-2.43640.25061360.22392581X-RAY DIFFRACTION100
2.4364-2.50230.2971360.21992587X-RAY DIFFRACTION100
2.5023-2.57590.27061380.21692614X-RAY DIFFRACTION100
2.5759-2.6590.26941370.20692605X-RAY DIFFRACTION100
2.659-2.75410.22811370.20542610X-RAY DIFFRACTION100
2.7541-2.86430.26591380.19952610X-RAY DIFFRACTION100
2.8643-2.99470.23221370.1972608X-RAY DIFFRACTION100
2.9947-3.15250.24381390.19052644X-RAY DIFFRACTION100
3.1525-3.350.21711370.17922605X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.60850.20761380.17482620X-RAY DIFFRACTION100
3.6085-3.97150.19451400.14712649X-RAY DIFFRACTION100
3.9715-4.54570.19921400.13442667X-RAY DIFFRACTION100
4.5457-5.72540.15291420.14852699X-RAY DIFFRACTION100
5.7254-45.99140.17961490.18692817X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.24240.1161-0.16141.86940.78271.0421-0.07630.03440.05610.03680.00120.3330.1051-0.16260.0810.1333-0.0303-0.00310.22650.03970.21828.0008-16.6551-38.8015
21.64420.15480.29651.11420.0881.0734-0.06330.1628-0.0093-0.10660.0272-0.0864-0.0730.05470.04380.15880.00960.0420.1870.02860.213321.046110.7487-38.7466
30.24140.13780.19391.269-0.31960.6858-0.1120.1078-0.0788-0.08230.11440.15090.1966-0.08890.01620.13-0.03380.01480.2173-0.00970.192616.6498-24.6804-40.4184
40.98070.1419-0.24291.8710.09390.81050.1366-0.16440.14390.4767-0.03770.2035-0.1879-0.0466-0.04750.24740.00780.07370.19340.01840.190215.1187-2.7844-21.8173
50.9029-0.0351-0.32251.74120.66271.1521-0.04470.21510.0813-0.18760.0740.0039-0.06960.1001-0.01420.15280.00390.01430.27250.04130.223719.1013-14.9-45.5589
60.29740.10910.03272.64590.73510.8465-0.0197-0.0640.00890.4801-0.0414-0.02560.0722-0.00990.06640.30260.0095-0.00550.26140.01530.181226.7424-47.1627-8.9739
70.67730.33130.26322.18640.18740.7992-0.0213-0.08050.00440.2219-0.0582-0.01630.02780.04440.07910.22090.03860.0180.22210.01840.180524.6317-38.824-14.5851
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 3 THROUGH 96 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 97 THROUGH 170 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 171 THROUGH 248 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 249 THROUGH 352 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 353 THROUGH 418 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 3 THROUGH 170 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 171 THROUGH 418 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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