+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5g3m | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Discovery of a novel secreted phospholipase A2 (sPLA2) inhibitor. | ||||||
![]() | GROUP 10 SECRETORY PHOSPHOLIPASE A2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / SPLA2 / CARDIOVASCULAR DISEASE / INHIBITOR / FRAGMENT | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphatidylserine metabolic process / lysophospholipid transport / phosphatidylethanolamine metabolic process / phosphatidic acid metabolic process / production of molecular mediator involved in inflammatory response / platelet activating factor catabolic process / positive regulation of acrosome reaction / Acyl chain remodelling of PG / intestinal stem cell homeostasis / Acyl chain remodelling of PC ...phosphatidylserine metabolic process / lysophospholipid transport / phosphatidylethanolamine metabolic process / phosphatidic acid metabolic process / production of molecular mediator involved in inflammatory response / platelet activating factor catabolic process / positive regulation of acrosome reaction / Acyl chain remodelling of PG / intestinal stem cell homeostasis / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / phospholipase activity / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / Synthesis of PA / negative regulation of cholesterol efflux / phosphatidylglycerol metabolic process / arachidonic acid metabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / phospholipase A2 activity / positive regulation of lipid storage / macrophage activation / positive regulation of arachidonic acid secretion / low-density lipoprotein particle remodeling / fertilization / calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / prostaglandin biosynthetic process / regulation of macrophage activation / arachidonic acid secretion / hair follicle morphogenesis / erythrocyte maturation / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / phospholipid metabolic process / positive regulation of protein metabolic process / acrosomal vesicle / cellular response to leukemia inhibitory factor / cholesterol homeostasis / axon guidance / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / phospholipid binding / negative regulation of inflammatory response / defense response to virus / lysosome / calcium ion binding / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sandmark, J. / Bodin, C. / Hallberg, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery of Azd2716: A Novel Secreted Phospholipase A2 (Spla2) Inhibitor for the Treatment of Coronary Artery Disease 著者: Giordanetto, F. / Pettersen, D. / Starke, I. / Nordberg, P. / Dahlstrom, M. / Knerr, L. / Selmi, N. / Rosengren, B. / Larsson, L.O. / Sandmark, J. / Castaldo, M. / Dekker, N. / Karlsson, U. / Hurt-Camejo, E. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 51.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 472.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 474.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-1, 0.001815, 0.007798), ベクター: |
-
要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 13644.535 Da / 分子数: 2 / 断片: MATURE SPLA2-X, UNP RESIDUES 43-165 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 5種, 126分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/9JH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/9JH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-DMS / #4: 化合物 | ChemComp-PEG / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.63 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | 詳細: 40% PEG 400, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | 日付: 2007年3月9日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→103.3 Å / Num. obs: 21292 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.94 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 77 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.746 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→65.7 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|