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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fff | ||||||
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タイトル | Noroxomaritidine/Norcraugsodine Reductase in complex with NADP+ and piperonal | ||||||
要素 | Noroxomaritidine/Norcraugsodine Reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / short-chain dehydrogenase/reductase alkaloid biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alkaloid metabolic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Narcissus pseudonarcissus (ラッパズイセン) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.501 Å | ||||||
データ登録者 | Jez, J.M. / Holland, C.K. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016 タイトル: Identification of a Noroxomaritidine Reductase with Amaryllidaceae Alkaloid Biosynthesis Related Activities. 著者: Kilgore, M.B. / Holland, C.K. / Jez, J.M. / Kutchan, T.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5fff.cif.gz | 225.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5fff.ent.gz | 180 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5fff.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5fff_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5fff_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5fff_validation.xml.gz | 28.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5fff_validation.cif.gz | 42.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/5fff ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/5fff | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27634.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Narcissus pseudonarcissus (ラッパズイセン) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1A9TAK5*PLUS #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-5XC / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.91 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 35% MPD, 100 mM sodium acetate (pH 4.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.501→35.85 Å / Num. obs: 84466 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.2 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.7 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5FEU 解像度: 1.501→35.847 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.16 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.501→35.847 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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