PDB-5fbt: Crystal structure of rifampin phosphotransferase RPH-Lm from List...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fbt

タイトル

Crystal structure of rifampin phosphotransferase RPH-Lm from Listeria monocytogenes in complex with rifampin

要素

Phosphoenolpyruvate synthase

キーワード

TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / antibiotic resistance / rifamycins / rifampin / phosphotransferase / ATP grasp domain / phosphohistidine domain / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorylation / kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes serotype 4b str. F2365 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.702 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Rifampin phosphotransferase is an unusual antibiotic resistance kinase.
著者: Stogios, P.J. / Cox, G. / Spanogiannopoulos, P. / Pillon, M.C. / Waglechner, N. / Skarina, T. / Koteva, K. / Guarne, A. / Savchenko, A. / Wright, G.D.

履歴

登録	2015年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月23日	Group: Structure summary
改定 1.2	2016年5月4日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / refine Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _refine.pdbx_starting_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fbt.cif.gz	316.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fbt.ent.gz	257.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fbt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/5fbt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/5fbt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fbsC 5fbuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3uuc-d 5kf6-2 6c29-d 6x99-2 1722 1718 1717 1720 5fbs-d 6vvp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95066

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (1) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoenolpyruvate synthase

ヘテロ分子

99 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.276, 149.276, 193.525
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-902- CL
2	1	A-1160- HOH

#1: タンパク質	Phosphoenolpyruvate synthase 分子量: 98164.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serotype 4b str. F2365 (バクテリア) 遺伝子: LmNIHS28_01948 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0X1KHF9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-5WQ / Rifampin 分子量: 812.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₃H₆₄N₄O₁₁ / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	Sequence matches to NCBI WP_010958733 which is not available in UNP database yet.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.67 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 5 mM rifampin, 0.1 M SPH buffer pH 6, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→25 Å / Num. obs: 35427 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 24.8
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.708 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.702→24.979 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2603	1741	4.94 %	Random selection
R_work	0.2233	-	-	-
obs	0.2252	35427	99.86 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.702→24.979 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5792	0	59	177	6028

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5958
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.146	8084
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.464	2219
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	934
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1041

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7017-2.742	0.2957	142	0.2932	2706	X-RAY DIFFRACTION	98
2.742-2.7848	0.3274	122	0.2941	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7848-2.8304	0.3325	129	0.2699	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8304-2.8791	0.334	168	0.2863	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8791-2.9314	0.3409	137	0.2786	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9314-2.9877	0.2762	134	0.2587	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9877-3.0486	0.2985	179	0.2501	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0486-3.1148	0.2901	125	0.2586	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1148-3.1871	0.3029	151	0.2521	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1871-3.2666	0.3234	155	0.2559	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2666-3.3547	0.2701	175	0.2419	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3547-3.4532	0.2506	141	0.2324	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4532-3.5644	0.3066	132	0.2372	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5644-3.6914	0.2891	138	0.2117	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6914-3.8387	0.265	119	0.2149	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8387-4.0127	0.2727	122	0.2009	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0127-4.2233	0.2524	147	0.1923	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2233-4.4865	0.1965	108	0.1843	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4865-4.8306	0.2141	162	0.1814	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8306-5.3125	0.2282	157	0.2037	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3125-6.0715	0.2981	135	0.2322	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0715-7.6134	0.2353	147	0.2372	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
7.6134-24.9801	0.1992	137	0.205	2742	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1908	-0.478	-2.3515	4.9498	-4.3256	6.1592	-1.2774	-0.7435	0.0538	0.3566	-0.0885	-1.3469	-0.6281	-0.0079	1.1324	1.0937	-0.1138	-0.054	1.183	-0.2234	1.3004	57.1932	44.3424	78.1571
2	4.4588	-3.2157	-1.6677	9.8378	2.098	3.3473	-0.2406	0.2509	0.9087	-0.7766	0.3322	-0.6956	-0.426	-0.0693	-0.2026	0.9532	-0.337	0.1241	1.8149	-0.6017	1.4068	55.5179	62.8802	76.4965
3	6.3085	0.4803	-0.8082	6.2378	0.8892	6.7593	-0.3494	0.1233	0.1203	-0.6055	0.3087	0.4858	-0.0697	1.278	0.0909	0.7778	-0.0124	0.1229	0.7772	-0.0905	0.3652	36.9451	37.3423	68.5483
4	2.5792	0.0056	0.9052	2.6698	0.8778	3.5603	-0.0477	0.2952	-0.5701	-0.2515	0.074	0.0071	0.7503	0.0348	0.0184	0.4952	0.0311	0.0981	0.3028	-0.0483	0.395	23.1162	28.5373	97.6767
5	1.9356	0.0654	0.4777	1.4099	-0.1728	1.1763	0.0509	-0.291	0.1011	0.0862	-0.054	-0.0068	0.1308	-0.1199	-0.0004	0.2733	-0.0087	0.0253	0.2876	-0.0023	0.2063	14.2436	44.1209	116.6728
6	4.3984	-0.9932	0.055	1.5976	-0.3056	1.3816	-0.1099	0.3344	0.0907	-0.2702	-0.025	0.0858	0.1393	-0.1284	0.1201	0.3281	-0.0431	0.0016	0.2535	0.0287	0.2214	12.347	46.3648	96.4151

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:35)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 36:178)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 179:309)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 310:430)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 431:723)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 724:867)

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