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- PDB-5exa: Small-molecule stabilization of the 14-3-3/Gab2 PPI interface -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5exa
タイトルSmall-molecule stabilization of the 14-3-3/Gab2 PPI interface
要素
  • 14-3-3 protein zeta/delta
  • GRB2-associated-binding protein 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / 14-3-3 / GAB2 / Protein / Diphosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic target recognition / Golgi reassembly / positive regulation of mast cell degranulation / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / establishment of Golgi localization / STAT5 Activation / respiratory system process / regulation of synapse maturation / tube formation / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding ...synaptic target recognition / Golgi reassembly / positive regulation of mast cell degranulation / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / establishment of Golgi localization / STAT5 Activation / respiratory system process / regulation of synapse maturation / tube formation / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / Rap1 signalling / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Interleukin-15 signaling / negative regulation of protein localization to nucleus / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / GP1b-IX-V activation signalling / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / RET signaling / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K Cascade / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Interleukin receptor SHC signaling / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / protein targeting / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Signaling by CSF3 (G-CSF) / cellular response to glucose starvation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / negative regulation of TORC1 signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / ERK1 and ERK2 cascade / osteoclast differentiation / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / lung development / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Signaling by SCF-KIT / regulation of protein stability / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / intracellular protein localization / melanosome / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / angiogenesis / DNA-binding transcription factor binding / vesicle / blood microparticle / transmembrane transporter binding / protein phosphorylation / cadherin binding / protein domain specific binding / membrane raft / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GRB2-associated-binding protein 1-4-like / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily ...GRB2-associated-binding protein 1-4-like / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusicoccin A-THF derivative / BENZOIC ACID / 14-3-3 protein zeta/delta / GRB2-associated-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Bier, D. / Ottmann, C.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2016
タイトル: Small-Molecule Stabilization of the 14-3-3/Gab2 Protein-Protein Interaction (PPI) Interface.
著者: Bier, D. / Bartel, M. / Sies, K. / Halbach, S. / Higuchi, Y. / Haranosono, Y. / Brummer, T. / Kato, N. / Ottmann, C.
履歴
登録2015年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein zeta/delta
B: 14-3-3 protein zeta/delta
C: GRB2-associated-binding protein 2
D: GRB2-associated-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7369
ポリマ－55,3944
非ポリマー1,3425
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5140 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area23100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.000, 83.090, 111.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 14-3-3 protein zeta/delta / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1


分子量: 26316.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63104
#2: タンパク質・ペプチド GRB2-associated-binding protein 2 / GRB2-associated binder 2 / Growth factor receptor bound protein 2-associated protein 2 / pp100


分子量: 1380.467 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 387-395 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UQC2

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非ポリマー , 4種, 198分子

#3: 化合物 ChemComp-5SO / Fusicoccin A-THF derivative


分子量: 536.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H48O8
#4: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.37 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.17 M ammonium acetate, 0.085 M sodium citrate pH 5.6, 25.5% (w/v) PEG 4000, 15% (v/v) glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.95 Å / Num. obs: 49195 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 36.714 Å2 / Rmerge F obs: 0.064 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 0.995 / Net I/σ(I): 21.35 / Num. measured all: 247516
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.95-20.3790.4144.2918766356535640.46100
2-2.050.3150.335.3316656317631740.36899.9
2.05-2.10.2440.2526.8715126292929300.281100
2.1-2.20.1780.1849.0125726508150750.20699.9
2.2-2.30.1350.13111.6520305424642400.14899.9
2.3-2.40.0970.10314.8218026356035550.11599.9
2.4-2.50.0790.09116.6815879303530320.10299.9
2.5-2.60.0640.07619.6113444258725850.08599.9
2.6-2.70.0530.06622.1911413220922070.07499.9
2.7-2.80.0460.05724.019660191419120.06499.9
2.8-2.90.0410.0526.367834166916650.05699.8
2.9-30.0390.04728.56890145814560.05399.9
3-40.0240.03538.5639739788878540.03999.6
40.0170.02744.7228052598759460.03199.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å48.87 Å
Translation2.5 Å48.87 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→48.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.2372 / WRfactor Rwork: 0.1987 / FOM work R set: 0.8568 / SU B: 3.085 / SU ML: 0.091 / SU R Cruickshank DPI: 0.1448 / SU Rfree: 0.1376 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 2460 5 %RANDOM
Rwork0.1983 ---
obs0.2001 46735 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 269.21 Å2 / Biso mean: 31.043 Å2 / Biso min: 13.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å20 Å20 Å2
2--1.2 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→48.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3815 0 95 193 4103
Biso mean--40.25 39.79 -
残基数----479
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0223974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3452.0055371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.825477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.13825.132189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.38415731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4771526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2430.2607
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3531.52398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.49623834
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it431576
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5034.51536
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 180 -
Rwork0.236 3419 -
all-3599 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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