PDB-5ek2: Crystal structure of the indoleamine 2,3-dioxygenagse 1 (IDO1) co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ek2

タイトル

Crystal structure of the indoleamine 2,3-dioxygenagse 1 (IDO1) complexed with NLG919 analogue

要素

Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / inhibitor / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

indoleamine 2,3-dioxygenase / positive regulation of chronic inflammatory response / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / kynurenic acid biosynthetic process / smooth muscle contractile fiber / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / L-tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / quinolinate biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.68 Å

データ登録者

Peng, Y.H. / Wu, J.S. / Wu, S.Y.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Important Hydrogen Bond Networks in Indoleamine 2,3-Dioxygenase 1 (IDO1) Inhibitor Design Revealed by Crystal Structures of Imidazoleisoindole Derivatives with IDO1
著者: Peng, Y.H. / Ueng, S.H. / Tseng, C.T. / Hung, M.S. / Song, J.S. / Wu, J.S. / Liao, F.Y. / Fan, Y.S. / Wu, M.H. / Hsiao, W.C. / Hsueh, C.C. / Lin, S.Y. / Cheng, C.Y. / Tu, C.H. / Lee, L.C. / ...

履歴

登録	2015年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月27日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ek2.cif.gz	316.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ek2.ent.gz	259.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ek2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ek2_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ek2_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	5ek2_validation.xml.gz	29.3 KB	表示
CIF形式データ	5ek2_validation.cif.gz	39.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/5ek2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/5ek2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ek3C 5ek4C 5etwC 2d0tS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6kw7-2 2d0u-1 6cxu-1 6dpq-2 2d0t-2 6e44-4 6e46-1 5wmx-1 6kps-2 6wpe-2 2d0u-2 6e43-1 6azv-2 6e46-4 6wjy-2 5ek4-2 6kof-2 7a62-1 5ek3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

92.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.005, 96.985, 131.206
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase 分子量: 45384.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-5PJ / 1-cyclohexyl-2-[(5~{S})-6-fluoranyl-5~{H}-imidazo[1,5-b]isoindol-5-yl]ethanone 分子量: 298.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₉FN₂O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.19 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG, Ammonium Fluoride / PH範囲: 5.5-7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.68→30 Å / Num. obs: 30626 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 55.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.071 / Χ²: 1.065 / Net I/av σ(I): 19.448 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 100244

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.68-2.78	3.2	0.497	3054	0.816	0.317	0.591	1.095	98.9
2.78-2.89	3.3	0.348	3043	0.9	0.22	0.413	1.067	98.8
2.89-3.02	3.3	0.288	3062	0.934	0.18	0.341	1.083	98.6
3.02-3.18	3.3	0.2	3060	0.961	0.125	0.237	1.055	98.5
3.18-3.38	3.3	0.127	3048	0.984	0.079	0.151	1.046	98.4
3.38-3.64	3.3	0.077	3067	0.993	0.049	0.092	1.051	98
3.64-4	3.3	0.052	3057	0.995	0.033	0.062	1.069	97.2
4-4.58	3.3	0.042	3031	0.996	0.027	0.05	1.08	96.2
4.58-5.76	3.3	0.034	3091	0.997	0.022	0.041	1.012	96.4
5.76-30	3.2	0.025	3113	0.999	0.016	0.03	1.094	93.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R rigid body: 0.473

	最高解像度	最低解像度
Rotation	29.49 Å	2.8 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2152)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP	11.2.05	位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2D0T

2d0t

解像度: 2.68→29.487 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2314	1552	5.07 %
R_work	0.1708	29047	-
obs	0.1738	30599	97.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 156.3 Å² / B_iso mean: 69.0602 Å² / B_iso min: 38.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.68→29.487 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5935	0	130	92	6157
B_iso mean	-	-	52.66	64.6	-
残基数	-	-	-	-	752

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6223
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.065	8453
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	911
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1074
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.8	2288

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6799-2.7663	0.3493	152	0.2547	2543	2695	96
2.7663-2.8651	0.2959	123	0.232	2675	2798	99
2.8651-2.9797	0.3001	140	0.223	2615	2755	99
2.9797-3.1152	0.3004	143	0.2281	2646	2789	99
3.1152-3.2792	0.2743	153	0.2285	2646	2799	99
3.2792-3.4844	0.2976	143	0.2069	2656	2799	98
3.4844-3.7529	0.2308	129	0.1713	2647	2776	98
3.7529-4.1297	0.2257	126	0.1526	2633	2759	97
4.1297-4.7251	0.1831	149	0.1368	2633	2782	97
4.7251-5.9452	0.1933	157	0.1505	2661	2818	97
5.9452-29.4888	0.1926	137	0.1369	2692	2829	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4113	-0.0654	0.0121	0.6776	0.1502	0.0421	0.5507	-0.7494	0.2997	0.9289	-0.6978	0.4284	0.2616	-0.9624	-0	0.8099	-0.1593	0.087	0.9313	-0.1598	0.7333	8.6036	5.3974	-4.3709
2	4.3185	0.1882	1.0692	2.1299	-0.5237	4.6594	-0.1075	-0.0537	0.229	0.0816	-0.2274	0.637	-0.033	-1.0854	-0	0.5655	-0.02	0.003	0.872	-0.1881	0.7121	-0.0786	0.3955	-19.4265
3	3.4565	0.0902	0.8179	0.064	-0.4221	1.2446	0.257	-0.5087	-0.118	0.52	-0.3028	-0.0504	0.2554	-0.3389	-0	0.6494	-0.082	-0.0192	0.6411	0.0516	0.5346	25.1949	-0.9954	-3.1494
4	2.6838	1.4256	-0.4225	2.155	1.398	1.27	-0.0467	0.553	0.1648	-0.2525	-0.098	0.1692	-0.1728	-0.2411	-0	0.6649	-0.0092	-0.0124	0.7352	-0.0264	0.6075	12.7049	2.0169	-26.488
5	1.8802	0.5498	-0.2368	1.0115	1.278	2.9938	0.003	0.2238	0.2064	-0.0553	-0.1219	-0.0516	-0.3241	0.1757	0	0.628	-0.0376	-0.0576	0.5119	0.0347	0.5743	29.6916	4.9567	-13.0171
6	1.4849	-0.357	-1.5955	2.7129	-0.2017	2.132	-0.3932	0.1629	-0.3711	-0.4678	0.3435	-0.4617	-0.1682	0.2447	-0	0.6168	0.013	0.0982	0.6055	0.0449	0.608	31.2358	-5.4837	-22.9498
7	4.0627	-0.0351	-0.6873	1.5073	-0.9034	1.1718	-0.0507	-1.0881	-0.0155	0.0868	0.0393	-0.4727	0.0797	0.8496	0.0001	0.6581	0.0441	-0.0056	0.7493	0.1105	0.7005	49.5162	27.9716	-24.908
8	5.6618	-0.051	-2.0364	2.6605	0.7659	2.9437	-0.0314	-0.2817	-0.2268	-0.027	-0.1833	-0.1571	-0.0233	0.3492	-0.0003	0.5591	0.0286	0.0432	0.4419	0.0951	0.5383	43.7035	28.7026	-28.5009
9	2.9237	-0.9485	-1.2136	1.061	0.9221	0.2691	0.2212	-0.3929	0.606	0.1011	-0.0007	-0.068	-0.3407	0.0104	0	0.7076	0.081	0.0385	0.5983	0.0329	0.6176	22.5412	40.3173	-17.8345
10	0.8536	-0.3036	0.0518	0.2954	0.4875	1.3043	0.0208	1.1481	-0.5059	-0.2289	0.1201	0.3647	-0.1996	-0.4433	0	0.6903	0.0687	0.0598	0.6746	-0.0188	0.6384	35.9596	30.2291	-40.9104
11	1.6847	1.0011	-1.0261	0.7803	-1.222	2.0818	-0.3958	0.3115	-0.8406	-0.1691	-0.0277	0.0256	0.3739	-0.0672	-0	0.7236	0.0083	0.1252	0.5685	-0.022	0.8678	33.7475	19.07	-30.5646
12	0.4248	0.0405	-0.4268	0.3411	0.0082	0.4217	-0.3853	-0.0639	-2.108	-0.0688	-0.0942	0.6025	0.7798	-0.7021	0.0011	0.7765	-0.0333	0.1189	0.66	-0.0344	0.9454	20.5556	21.698	-26.6449
13	2.3001	0.0572	-0.7327	1.3143	-0.1701	2.0994	0.1119	0.2387	-0.2251	-0.0118	-0.2289	0.1966	0.0552	-0.2882	-0	0.6507	0.0826	0.0896	0.5769	0.0933	0.5898	16.0973	33.4396	-20.9292
14	1.9146	1.3947	0.4267	2.0387	-1.2909	2.108	-0.2133	0.8882	-0.3739	-0.3661	-0.3194	0.1046	0.3049	-0.6762	-0.0003	0.7089	0.1408	-0.0662	0.9743	-0.0431	0.6461	17.5473	31.4238	-37.17

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 33 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 34 through 159 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 160 through 220 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 221 through 276 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 277 through 353 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 354 through 403 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 12 through 72 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 73 through 159 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 160 through 220 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 221 through 240 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 241 through 276 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 277 through 298 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 299 through 353 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 354 through 403 )	B

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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