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万見
- PDB-5eeh: Crystal structure of carminomycin-4-O-methyltransferase DnrK in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eeh
タイトルCrystal structure of carminomycin-4-O-methyltransferase DnrK in complex with SAH and 2-chloro-4-nitrophenol
要素Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
キーワードTRANSFERASE / unnatural substrate / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro
機能・相同性
機能・相同性情報


carminomycin 4-O-methyltransferase / daunorubicin biosynthetic process / O-methyltransferase activity / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1350 / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Helix Hairpins - #1350 / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / O-methyltransferase COMT-type / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-chloranyl-4-nitro-phenol / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces peucetius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Wang, F. / Singh, S. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U01 GM098248 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37 AI52188 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Functional AdoMet Isosteres Resistant to Classical AdoMet Degradation Pathways.
著者: Huber, T.D. / Wang, F. / Singh, S. / Johnson, B.R. / Zhang, J. / Sunkara, M. / Van Lanen, S.G. / Morris, A.J. / Phillips, G.N. / Thorson, J.S.
履歴
登録2015年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月13日Group: Database references
改定 1.22016年9月28日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
B: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
C: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,62230
ポリマ－123,0013
非ポリマー4,62127
水16,448913
1
A: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
ヘテロ分子

A: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,62124
ポリマ－82,0012
非ポリマー3,62022
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_757-x+2,y,-z+21
Buried area8830 Å2
ΔGint-165 kcal/mol
Surface area25950 Å2
手法PISA
2
B: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
ヘテロ分子

C: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,81218
ポリマ－82,0012
非ポリマー2,81116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_858-x+3,y,-z+31
Buried area7620 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area26370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.347, 110.678, 116.869
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.240, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA11 - 1006
211chain BB13 - 1006
311chain CC11 - 1003

-
要素

#1: タンパク質 Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK / COMT / Anthracycline 4-O-methyltransferase


分子量: 41000.406 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces peucetius (バクテリア)
遺伝子: dnrK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06528, carminomycin 4-O-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-P9P / 2-chloranyl-4-nitro-phenol


分子量: 173.554 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4ClNO3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 913 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.26M (NH4)SO4, 0.1M Tris pH 8.0, 0.2M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→48.5 Å / Num. all: 578485 / Num. obs: 235152 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.46 % / Biso Wilson estimate: 21.17 Å2 / Rmerge F obs: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rrim(I) all: 0.08 / Rsym value: 0.071 / Χ2: 1.002 / Net I/σ(I): 10.53 / Num. measured all: 695966
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.82-1.8652.330.520.4132.784467456152311981.00692.3
1.71-1.820.7560.4631.497310452782433520.6182.1
1.82-1.970.8960.2913.0711347149252485210.37698.5
1.97-2.160.9610.1595.6611087445092448310.20499.4
2.16-2.410.9820.0968.910088840919405990.12399.2
2.41-2.780.990.06712.318914036113357590.08699
2.78-3.410.9930.0516.727491530476300690.06498.7
3.41-4.80.9940.04121.585746323592230610.05397.7
4.80.9940.03922.863143713080126430.0596.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EEG

5eeg


解像度: 1.82→48.5 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1855 1974 1.65 %Random selection
Rwork0.1544 117392 --
obs0.1549 119366 98.49 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 133.9 Å2 / Biso mean: 32.4476 Å2 / Biso min: 8.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.82→48.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7918 0 288 913 9119
Biso mean--33.59 41.69 -
残基数----1025
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078527
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11811652
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461310
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051528
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2593092
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4805X-RAY DIFFRACTION3.88TORSIONAL
12B4805X-RAY DIFFRACTION3.88TORSIONAL
13C4805X-RAY DIFFRACTION3.88TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.82-1.86550.24741330.22197809794292
1.8655-1.9160.25051420.19538255839797
1.916-1.97230.24111220.18038256837897
1.9723-2.0360.2081470.16818317846498
2.036-2.10880.19431410.16318371851299
2.1088-2.19320.18731440.16078376852099
2.1932-2.2930.19921400.15358453859399
2.293-2.41390.19131450.15668430857599
2.4139-2.56510.20541420.154684808622100
2.5651-2.76320.18321470.159284798626100
2.7632-3.04120.19881430.160984798622100
3.0412-3.48120.19641430.155585278670100
3.4812-4.38550.13821440.130185448688100
4.3855-48.54480.16831410.143886168757100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61740.06230.44730.3031-0.05011.18980.036-0.09140.00620.0685-0.0226-0.0633-0.10980.1177-0.00840.1088-0.01970.01690.1112-0.01240.132377.145228.7529115.0895
20.73250.32820.45050.6501-0.03041.12580.031-0.007-0.0996-0.04530.05010.02420.1041-0.0725-0.07740.1323-0.04080.01520.13940.02970.1828104.121151.2115118.2218
30.49630.2660.11581.27561.23231.4491-0.00990.2256-0.0416-0.6107-0.1790.225-0.442-0.22940.10970.41450.1648-0.09630.3368-0.08070.230971.628859.4978152.3874
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 11 through 407)A0
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 13 through 407)B0
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 11 through 404)C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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