PDB-5e1g: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis L,D-transpeptidas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e1g

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis L,D-transpeptidase 2 with carbapenem drug T208

要素

L,D-transpeptidase 2

キーワード

TRANSFERASE / Peptidoglycan synthesis enzyme / cell wall enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.852 Å

データ登録者

Kumar, P. / Lamichhane, G. / Ginell, S.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Non-classical transpeptidases yield insight into new antibacterials.
著者: Kumar, P. / Kaushik, A. / Lloyd, E.P. / Li, S.G. / Mattoo, R. / Ammerman, N.C. / Bell, D.T. / Perryman, A.L. / Zandi, T.A. / Ekins, S. / Ginell, S.L. / Townsend, C.A. / Freundlich, J.S. / Lamichhane, G.

履歴

登録	2015年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月9日	Group: Database references
改定 1.2	2016年11月23日	Group: Database references
改定 1.3	2016年12月28日	Group: Database references
改定 1.4	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e1g.cif.gz	155.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e1g.ent.gz	119.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e1g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/5e1g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/5e1g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5du7C 5dujC 5dvpC 5dzjC 5dzpC 5e1iC 5e51C 5e5lC 5k69C 3vynS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5k69-2 3vyn-2 5du7-2 5duj-1 3vyn-1 5dzp-1 5dc2-1 5dzj-1 5d7h-1 5duj-2 5dc2-2 5e1i-1 6boi-2 5d7h-2 4qr7-d 6rrm-1 5dcc-1 5k69-1 6rlg-2 5dcc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: L,D-transpeptidase 2

B: L,D-transpeptidase 2

ヘテロ分子

79.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L,D-transpeptidase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: L,D-transpeptidase 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: L,D-transpeptidase 2

ヘテロ分子

B: L,D-transpeptidase 2

ソフトウェアが定義した集合体
79.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.283, 93.872, 75.358
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	L,D-transpeptidase 2 / LDT 2 / Ldt(Mt2) 分子量: 39532.004 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 42-408 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: ldtB, lppS, Rv2518c, RVBD_2518c, P425_02624 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: I6Y9J2, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-T8G / (2~{S},3~{R},4~{R})-4-(2-cyclohexyloxy-2-oxidanylidene-ethyl)sulfanyl-3-methyl-2-[(2~{S},3~{R})-3-oxidanyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]-3,4-dihydro-2~{H}-pyrrole-5-carboxylic acid 分子量: 385.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₇NO₆S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.07 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG5000MME, Ammonium sulfate / PH範囲: 8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.978 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月16日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 71306 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.074 / Χ²: 0.915 / Net I/av σ(I): 23.844 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 517286

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.85-1.88	7.2	0.458	3510	0.949	0.181	0.492	0.831	97.8
1.88-1.92	7.2	0.389	3524	0.955	0.154	0.419	0.862	98.2
1.92-1.95	7.2	0.344	3509	0.962	0.136	0.371	0.861	98.3
1.95-1.99	7.2	0.286	3530	0.973	0.113	0.308	0.854	98.1
1.99-2.04	7.2	0.235	3566	0.979	0.093	0.253	0.851	98.5
2.04-2.08	7.2	0.21	3484	0.982	0.083	0.226	0.944	98.5
2.08-2.14	7.3	0.179	3563	0.988	0.071	0.193	0.909	98.7
2.14-2.19	7.3	0.163	3536	0.988	0.064	0.175	0.891	98.8
2.19-2.26	7.3	0.145	3549	0.991	0.057	0.156	0.944	98.7
2.26-2.33	7.3	0.127	3551	0.993	0.05	0.137	0.922	99
2.33-2.41	7.3	0.114	3558	0.994	0.045	0.122	0.905	99.1
2.41-2.51	7.3	0.101	3561	0.994	0.04	0.109	0.933	99.1
2.51-2.63	7.3	0.092	3578	0.995	0.036	0.099	0.951	99.2
2.63-2.76	7.3	0.081	3595	0.996	0.032	0.087	0.972	99.4
2.76-2.94	7.3	0.074	3575	0.997	0.029	0.079	1.038	99.6
2.94-3.16	7.3	0.068	3598	0.996	0.027	0.074	1.124	99.6
3.16-3.48	7.3	0.06	3598	0.997	0.024	0.065	1.101	99.7
3.48-3.99	7.1	0.049	3612	0.997	0.02	0.052	0.953	99.8
3.99-5.02	7.2	0.041	3638	0.998	0.016	0.044	0.769	99.9
5.02-50	7.2	0.038	3671	0.997	0.016	0.041	0.673	99.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VYN

3vyn

解像度: 1.852→37.243 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2272	3509	4.92 %	RANDOM
R_work	0.1967	-	-	-
obs	0.1982	71275	98.53 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.852→37.243 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5283	0	26	397	5706

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5443
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.121	7454
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.791	1894
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	839
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	978

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8525-1.8778	0.2167	103	0.204	2408	X-RAY DIFFRACTION	87
1.8778-1.9047	0.2766	120	0.2205	2674	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9047-1.9331	0.2803	146	0.2134	2715	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9331-1.9633	0.2962	148	0.2207	2648	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9633-1.9955	0.2533	140	0.2078	2688	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9955-2.0299	0.2539	143	0.2034	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0299-2.0668	0.2236	127	0.2041	2692	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0668-2.1066	0.222	152	0.1956	2735	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1066-2.1496	0.2612	145	0.2016	2692	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1496-2.1963	0.2481	155	0.2106	2690	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1963-2.2474	0.2294	122	0.2089	2717	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2474-2.3036	0.2302	137	0.2061	2721	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3036-2.3658	0.2593	153	0.21	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3658-2.4354	0.267	123	0.2149	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4354-2.514	0.2417	161	0.2198	2687	X-RAY DIFFRACTION	99
2.514-2.6039	0.2689	140	0.2256	2748	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6039-2.7081	0.2544	143	0.2187	2720	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7081-2.8313	0.2686	144	0.2174	2714	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8313-2.9805	0.2343	135	0.2171	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9805-3.1672	0.2254	145	0.2184	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1672-3.4115	0.2258	135	0.1943	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4115-3.7546	0.2305	145	0.1848	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7546-4.2972	0.197	162	0.1736	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2972-5.4113	0.1793	155	0.1603	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4113-37.2503	0.1919	130	0.1769	2826	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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