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万見
- PDB-5b35: Serial Femtosecond Crystallography (SFX) of Ground State Bacterio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b35
タイトルSerial Femtosecond Crystallography (SFX) of Ground State Bacteriorhodopsin Crystallized from Bicelles Determined Using 7-keV X-ray Free Electron Laser (XFEL) at SACLA
要素Bacteriorhodopsin
キーワードPROTON TRANSPORT / Membrane protein / Proton pump / Transport Protein / Retinal
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / protein domain specific binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4QM / DECANE / DODECANE / nonane / HEPTANE / N-OCTANE / HEXADECANE / RETINAL / Bacteriorhodopsin / Bacteriorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Mizohata, E. / Nakane, T. / Suzuki, M.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
X-ray Free-Electron Laser Priority Strategy Program (MEXT)SACLA-SFX Project 日本
Japanese Society of Technology ERATOMurata Lipid Active Structure Project 日本
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Membrane protein structure determination by SAD, SIR, or SIRAS phasing in serial femtosecond crystallography using an iododetergent
著者: Nakane, T. / Hanashima, S. / Suzuki, M. / Saiki, H. / Hayashi, T. / Kakinouchi, K. / Sugiyama, S. / Kawatake, S. / Matsuoka, S. / Matsumori, N. / Nango, E. / Kobayashi, J. / Shimamura, T. / ...著者: Nakane, T. / Hanashima, S. / Suzuki, M. / Saiki, H. / Hayashi, T. / Kakinouchi, K. / Sugiyama, S. / Kawatake, S. / Matsuoka, S. / Matsumori, N. / Nango, E. / Kobayashi, J. / Shimamura, T. / Kimura, K. / Mori, C. / Kunishima, N. / Sugahara, M. / Takakyu, Y. / Inoue, S. / Masuda, T. / Hosaka, T. / Tono, K. / Joti, Y. / Kameshima, T. / Hatsui, T. / Yabashi, M. / Inoue, T. / Nureki, O. / Iwata, S. / Murata, M. / Mizohata, E.
履歴
登録2016年2月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22016年11月30日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,83918
ポリマ－26,9301
非ポリマー2,90917
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint27 kcal/mol
Surface area11600 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)46.200, 103.000, 128.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-434-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin / BR / Bacterioopsin / BO


分子量: 26929.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Halobacterium salinarum (好塩性) / 株: R1M1 / 参照: UniProt: P02945, UniProt: B0R5N9*PLUS

-
非ポリマー , 9種, 53分子

#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-4QM / (3R,5S,7R,8R,9S,10S,12S,13R,14S,17R)-10,13-dimethyl-17-[(2R)-pentan-2-yl]-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthrene-3,7,12-triol / 5β-コラン-3α,7α,12α-トリオ-ル


分子量: 378.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H42O3
#4: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#5: 化合物
ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#6: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#7: 化合物 ChemComp-R16 / HEXADECANE / ヘキサデカン


分子量: 226.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34
#8: 化合物 ChemComp-HP6 / HEPTANE / ヘプタン-1,1,1-トリイルラジカル


分子量: 100.202 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16
#9: 化合物 ChemComp-DD9 / nonane / ノナン


分子量: 128.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode
詳細: 25%(w/v) DMPC/CHAPSO bicelles, 3.2 M NaH2PO4, 3.5%(w/v) triethylene glycol, 180 mM 1,6-hexanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.771 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.771 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 13212 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 80.9 % / Net I/σ(I): 4.83
反射 シェル解像度: 2.35→2.42 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
Cheetahデータ抽出
CrystFELdata processing
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID: 5B34

5b34


解像度: 2.35→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 8.863 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.209 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21978 650 4.9 %RANDOM
Rwork0.16633 ---
obs0.16905 12535 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 66.323 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å20 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.35→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1745 0 205 36 1986
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.021987
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022177
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9452.052654
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08735009
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4015224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.80622.06958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.70315283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.393157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211983
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02424
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8325.905899
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.825.901898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0448.8841122
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0468.8861123
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3426.9011088
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.346.9051089
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.6439.971533
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.10258.1898099
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.09758.198095
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 41 -
Rwork0.337 897 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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