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- PDB-5afk: alpha7-AChBP in complex with lobeline and fragment 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5afk
タイトルalpha7-AChBP in complex with lobeline and fragment 2
要素ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN, NEURONAL ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-7
キーワードTRANSPORT PROTEIN / PENTAMERIC LIGAND-GATED ION CHANNELS / CYS-LOOP RECEPTOR / NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR / ALLOSTERIC MODULATION / DRUG DISCOVERY
機能・相同性
機能・相同性情報


sensory processing / synaptic transmission involved in micturition / dendrite arborization / response to acetylcholine / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated channel complex / chloride channel regulator activity / regulation of amyloid fibril formation / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity ...sensory processing / synaptic transmission involved in micturition / dendrite arborization / response to acetylcholine / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated channel complex / chloride channel regulator activity / regulation of amyloid fibril formation / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / short-term memory / acetylcholine receptor signaling pathway / dendritic spine organization / acetylcholine binding / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / positive regulation of amyloid-beta formation / synaptic transmission, cholinergic / negative regulation of amyloid-beta formation / response to amyloid-beta / positive regulation of protein metabolic process / negative regulation of tumor necrosis factor production / modulation of excitatory postsynaptic potential / plasma membrane raft / monoatomic ion channel activity / toxic substance binding / monoatomic ion transport / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of long-term synaptic potentiation / response to nicotine / regulation of membrane potential / memory / synapse organization / intracellular calcium ion homeostasis / cognition / calcium channel activity / positive regulation of angiogenesis / calcium ion transport / transmembrane signaling receptor activity / amyloid-beta binding / chemical synaptic transmission / monoatomic ion transmembrane transport / response to hypoxia / positive regulation of MAPK cascade / learning or memory / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / postsynaptic membrane / postsynapse / neuron projection / positive regulation of cell population proliferation / synapse / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / signal transduction / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nicotinic acetylcholine receptor / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel ...Nicotinic acetylcholine receptor / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(2,4-difluorophenyl)pyrrolidine-1-carboxamide / Alpha-Lobeline / Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-7
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
LYMNAEA STAGNALIS (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.381 Å
データ登録者Spurny, R. / Debaveye, S. / Farinha, A. / Veys, K. / Gossas, T. / Atack, J. / Bertrand, D. / Kemp, J. / Vos, A. / Danielson, U.H. ...Spurny, R. / Debaveye, S. / Farinha, A. / Veys, K. / Gossas, T. / Atack, J. / Bertrand, D. / Kemp, J. / Vos, A. / Danielson, U.H. / Tresadern, G. / Ulens, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Molecular Blueprint of Allosteric Binding Sites in a Homologue of the Agonist-Binding Domain of the Alpha7 Nicotinic Acetylcholine Receptor.
著者: Spurny, R. / Debaveye, S. / Farinha, A. / Veys, K. / Vos, A.M. / Gossas, T. / Atack, J. / Bertrand, S. / Bertrand, D. / Danielson, U.H. / Tresadern, G. / Ulens, C.
履歴
登録2015年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年6月3日Group: Database references
改定 1.32017年3月15日Group: Source and taxonomy
改定 1.42017年3月22日Group: Source and taxonomy
改定 1.52019年4月24日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / struct_conn
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN, NEURONAL ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-7
B: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN, NEURONAL ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-7
C: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN, NEURONAL ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-7
D: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN, NEURONAL ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-7
E: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN, NEURONAL ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,44126
ポリマ－118,4895
非ポリマー5,95121
水5,945330
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.695, 112.293, 144.305
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN, NEURONAL ACETYLCHOLINE RECEPTOR SUBUNIT ALPHA-7 / ALPHA7-ACHBP / ACH-BINDING PROTEIN / ACHBP


分子量: 23697.840 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト), (組換発現) LYMNAEA STAGNALIS (無脊椎動物)
細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P36544*PLUS

-
糖 , 2種, 5分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 346分子

#4: 化合物
ChemComp-L0B / Alpha-Lobeline


分子量: 337.455 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H27NO2 / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-5VU / N-(2,4-difluorophenyl)pyrrolidine-1-carboxamide


分子量: 226.223 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12F2N2O
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.02 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.381→48.23 Å / Num. obs: 55979 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.381→36.841 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 2836 5.1 %
Rwork0.1668 --
obs0.1701 55629 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.381→36.841 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8351 0 413 330 9094
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089050
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.212278
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1383379
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051539
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3807-2.42180.46271210.3682134X-RAY DIFFRACTION82
2.4218-2.46580.39741360.32462653X-RAY DIFFRACTION100
2.4658-2.51320.35171430.31092632X-RAY DIFFRACTION100
2.5132-2.56450.33191390.27782640X-RAY DIFFRACTION100
2.5645-2.62030.34161430.27072666X-RAY DIFFRACTION100
2.6203-2.68120.36281410.2552623X-RAY DIFFRACTION100
2.6812-2.74820.29111520.25262620X-RAY DIFFRACTION100
2.7482-2.82250.34631470.22912632X-RAY DIFFRACTION100
2.8225-2.90550.32111330.20972677X-RAY DIFFRACTION100
2.9055-2.99930.3011410.20212670X-RAY DIFFRACTION100
2.9993-3.10640.26211210.18682692X-RAY DIFFRACTION100
3.1064-3.23070.25271300.18062644X-RAY DIFFRACTION100
3.2307-3.37770.24521550.1752679X-RAY DIFFRACTION100
3.3777-3.55560.24961570.15992647X-RAY DIFFRACTION99
3.5556-3.77820.19321380.14732664X-RAY DIFFRACTION99
3.7782-4.06950.23351520.14492677X-RAY DIFFRACTION99
4.0695-4.47840.18261410.12312675X-RAY DIFFRACTION99
4.4784-5.1250.17041530.12492660X-RAY DIFFRACTION98
5.125-6.45130.22781520.15272701X-RAY DIFFRACTION98
6.4513-36.84550.16921410.1492807X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.124-0.73760.12591.8904-0.14722.54920.0711-0.2356-0.150.01710.0460.17990.4407-0.2517-0.09820.448-0.0818-0.04880.23250.02230.2255-40.9436-17.1078-16.1538
23.3769-0.61010.36672.19090.45033.2253-0.096-0.364-0.03830.36840.07760.10140.031-0.15840.00120.46940.0824-0.02520.3644-0.00450.1934-31.224-4.03095.7549
33.7584-0.9408-0.28942.7025-0.00952.5622-0.2273-0.21370.36320.25590.1284-0.4383-0.72290.33130.05880.5456-0.0695-0.21720.4359-0.0270.3885-18.156517.9923-3.245
43.4211-1.38160.23132.7622-0.23662.5338-0.07290.17580.3564-0.2471-0.0871-0.3783-0.47160.3310.07850.5076-0.1118-0.0050.29370.02840.3291-19.423718.7678-30.4264
52.2446-1.22190.4993.0211-0.16151.68030.11290.088-0.0931-0.6262-0.07450.03350.15180.0834-0.03480.5728-0.00050.01930.22930.00320.1988-33.4721-3.0761-38.4236
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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