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- PDB-5aa4: Crystal structure of MltF from Pseudomonas aeruginosa in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aa4
タイトルCrystal structure of MltF from Pseudomonas aeruginosa in complex with cell-wall tetrapeptide
要素(MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F) x 2
キーワードLYASE / LYTIC TRANSGLYCOSILASE / CELL WALL RECYCLING
機能・相同性
機能・相同性情報


: / peptidoglycan lytic transglycosylase activity / peptidoglycan catabolic process / cell outer membrane / cell wall organization / cell wall macromolecule catabolic process
類似検索 - 分子機能
Membrane-bound lytic murein transglycosylase F / Prokaryotic transglycosylase, active site / Prokaryotic transglycosylases signature. / Transglycosylase SLT domain 1 / Transglycosylase SLT domain / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 ...Membrane-bound lytic murein transglycosylase F / Prokaryotic transglycosylase, active site / Prokaryotic transglycosylases signature. / Transglycosylase SLT domain 1 / Transglycosylase SLT domain / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Lysozyme-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6X4 / : / Membrane-bound lytic murein transglycosylase F / Membrane-bound lytic murein transglycosylase F
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dominguez-Gil, T. / Acebron, I. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Activation by Allostery in Cell-Wall Remodeling by a Modular Membrane-Bound Lytic Transglycosylase from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Dominguez-Gil, T. / Lee, M. / Acebron-Avalos, I. / Mahasenan, K.V. / Hesek, D. / Dik, D.A. / Byun, B. / Lastochkin, E. / Fisher, J.F. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2015年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F
B: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F
C: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F
D: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,0035
ポリマ－204,5144
非ポリマー4901
水2,882160
1
A: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6032
ポリマ－51,1131
非ポリマー4901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1431
ポリマ－51,1431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1131
ポリマ－51,1131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1431
ポリマ－51,1431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.116, 136.774, 138.098
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F / MUREIN LYTIC TRANGLYCOSILASE F


分子量: 51113.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: BWHPSA013 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: A0A077JMS0, UniProt: A0A1I9GEN8*PLUS, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: タンパク質 MEMBRANE-BOUND LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE F / MUREIN LYTIC TRANGLYCOSILASE F


分子量: 51143.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: BWHPSA013 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: A0A077JMS0, UniProt: A0A1I9GEN9*PLUS, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#3: 化合物 ChemComp-6X4 / [6-[[(2~{R})-1-azanyl-1-oxidanylidene-propan-2-yl]amino]-6-oxidanylidene-5-[[(4~{R})-5-oxidanyl-5-oxidanylidene-4-[[(2~{S})-2-[[(2~{R})-2-oxidanylpropanoyl]amino]propanoyl]amino]pentanoyl]amino]hexyl]azanium


分子量: 489.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H37N6O8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FIRST NINE AMINOACIDS FROM ERW72512 SEQUENCE ARE FROM PEPTIDE SIGNAL AND WERE NOT INCLUDED IN OUR CONSTRUCT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.15 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 詳細: ELLIPTICALLY BENT MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) CHANNEL-CUT, CRYOCOOLED / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→48.72 Å / Num. obs: 94338 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.04 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5A5X

5a5x


解像度: 2.4→48.569 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2392 4680 5 %
Rwork0.1854 --
obs0.1881 94297 98.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.569 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13342 0 34 160 13536
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01613655
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.59718456
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7055139
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0821944
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082434
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.42730.31671740.30563003X-RAY DIFFRACTION100
2.4273-2.45580.32591950.27082971X-RAY DIFFRACTION100
2.4558-2.48580.29641650.26093015X-RAY DIFFRACTION100
2.4858-2.51730.30461740.25512981X-RAY DIFFRACTION100
2.5173-2.55040.3521520.25573060X-RAY DIFFRACTION100
2.5504-2.58530.2881460.25343014X-RAY DIFFRACTION100
2.5853-2.62220.35271410.25433024X-RAY DIFFRACTION100
2.6222-2.66140.31741610.25043026X-RAY DIFFRACTION100
2.6614-2.7030.33481440.25453010X-RAY DIFFRACTION100
2.703-2.74730.32721320.25653059X-RAY DIFFRACTION100
2.7473-2.79460.32551480.26813027X-RAY DIFFRACTION100
2.7946-2.84550.2971580.25323023X-RAY DIFFRACTION100
2.8455-2.90020.3321710.24793003X-RAY DIFFRACTION100
2.9002-2.95940.26281350.23433035X-RAY DIFFRACTION100
2.9594-3.02370.2921270.23143065X-RAY DIFFRACTION100
3.0237-3.0940.29381520.22593039X-RAY DIFFRACTION100
3.094-3.17140.28211820.22653012X-RAY DIFFRACTION100
3.1714-3.25710.27261630.2392987X-RAY DIFFRACTION100
3.2571-3.35290.29961570.23813048X-RAY DIFFRACTION100
3.3529-3.46110.26421190.21993101X-RAY DIFFRACTION100
3.4611-3.58480.28741690.20952964X-RAY DIFFRACTION100
3.5848-3.72830.3129970.19921774X-RAY DIFFRACTION58
3.7283-3.89790.22661220.1823101X-RAY DIFFRACTION100
3.8979-4.10330.20261840.15932982X-RAY DIFFRACTION100
4.1033-4.36020.19761820.15053002X-RAY DIFFRACTION100
4.3602-4.69660.19541730.13453046X-RAY DIFFRACTION100
4.6966-5.16880.21551690.14123029X-RAY DIFFRACTION100
5.1688-5.91560.22591720.153042X-RAY DIFFRACTION100
5.9156-7.44870.2071600.15713063X-RAY DIFFRACTION100
7.4487-48.57920.14291560.11923111X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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