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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5954 | |||||||||
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タイトル | Protruding Knob-like Proteins Violate Local Symmetries in an Icosahedral Marine Virus | |||||||||
マップデータ | Icosahedral cryo-EM reconstruction of Syn5 marine virus | |||||||||
試料 |
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キーワード | Syn5 / marine / cyanophage / capsid proteins / symmetry break | |||||||||
機能・相同性 | Major capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Synechococcus phage Syn5 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Gipson P / Baker ML / Raytcheva D / Haase-Pettingell C / Piret J / King JA / Chiu W | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014 タイトル: Protruding knob-like proteins violate local symmetries in an icosahedral marine virus. 著者: Preeti Gipson / Matthew L Baker / Desislava Raytcheva / Cameron Haase-Pettingell / Jacqueline Piret / Jonathan A King / Wah Chiu / 要旨: Marine viruses play crucial roles in shaping the dynamics of oceanic microbial communities and in the carbon cycle on Earth. Here we report a 4.7-Å structure of a cyanobacterial virus, Syn5, by ...Marine viruses play crucial roles in shaping the dynamics of oceanic microbial communities and in the carbon cycle on Earth. Here we report a 4.7-Å structure of a cyanobacterial virus, Syn5, by electron cryo-microscopy and modelling. A Cα backbone trace of the major capsid protein (gp39) reveals a classic phage protein fold. In addition, two knob-like proteins protruding from the capsid surface are also observed. Using bioinformatics and structure analysis tools, these proteins are identified to correspond to gp55 and gp58 (each with two copies per asymmetric unit). The non 1:1 stoichiometric distribution of gp55/58 to gp39 breaks all expected local symmetries and leads to non-quasi-equivalence of the capsid subunits, suggesting a role in capsid stabilization. Such a structural arrangement has not yet been observed in any known virus structures. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5954.map.gz | 68.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5954-v30.xml emd-5954.xml | 8.7 KB 8.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_5954.gif 80_5954.gif | 129.3 KB 6.5 KB | ||
Filedesc structureFactors | emd_5954_sf.cif.gz | 2.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5954 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5954 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5954_validation.pdf.gz | 290.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5954_full_validation.pdf.gz | 289.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5954_validation.xml.gz | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5954 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5954 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5954.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 599.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Icosahedral cryo-EM reconstruction of Syn5 marine virus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Syn5 marine virus, also known as horned cyanophage Syn5
全体 | 名称: Syn5 marine virus, also known as horned cyanophage Syn5 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Syn5 marine virus, also known as horned cyanophage Syn5
超分子 | 名称: Syn5 marine virus, also known as horned cyanophage Syn5 タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Synechococcus phage Syn5
超分子 | 名称: Synechococcus phage Syn5 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Horned marine virus / NCBI-ID: 438482 / 生物種: Synechococcus phage Syn5 / Sci species strain: Syn5 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Horned marine virus |
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宿主 | 生物種: Synechococcus sp. WH 8109 (バクテリア) / 株: WH 8109 / 別称: ALGAE |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 655 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
グリッド | 詳細: R1.2/1.3 Quantifoil grids |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: 3 uL sample blotted once for 2.7 seconds |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Omega |
日付 | 2010年10月10日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 10000 (10k x 10k) |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.7 µm / 倍率(公称値): 80000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: MPSA / 使用した粒子像数: 12000 |
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