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万見
- EMDB-5756: 3D EM Reconstruction of the AKAP18-PKA Complex in a Linear Confor... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5756
タイトル3D EM Reconstruction of the AKAP18-PKA Complex in a Linear Conformation
マップデータReconstruction of AKAP18-PKA in a Linear Conformation
試料
  • 試料: AKAP18-PKA Complex in Linear Conformation
  • タンパク質・ペプチド: A-Kinase Anchoring Protein 18
  • タンパク質・ペプチド: A-Protein Kinase Catalytic Subunit
  • タンパク質・ペプチド: A-Protein Kinase Regulatory Subunit II alpha
キーワードA-Kinase Anchoring Protein / AKAP / AKAP18 / A-Kinase / PKA / cAMP-Dependent Kinase / Kinase / RII / PKA Regulatory Subunit II / Phosphorylation / Anchoring / Intrinsic Disorder
機能・相同性
機能・相同性情報


spontaneous exocytosis of neurotransmitter / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / negative regulation of meiotic cell cycle / HDL assembly / DARPP-32 events / Rap1 signalling / PKA activation / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Regulation of insulin secretion ...spontaneous exocytosis of neurotransmitter / PKA activation in glucagon signalling / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / negative regulation of meiotic cell cycle / HDL assembly / DARPP-32 events / Rap1 signalling / PKA activation / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Regulation of insulin secretion / GPER1 signaling / Hedgehog 'off' state / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / regulation of membrane repolarization / exocytic vesicle / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / MAPK6/MAPK4 signaling / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / AURKA Activation by TPX2 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / RET signaling / nucleotide-activated protein kinase complex / regulation of protein kinase A signaling / Ion homeostasis / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of cellular respiration / regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / protein kinase A binding / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / cAMP-dependent protein kinase activity / ciliary base / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to glucagon stimulus / AMP binding / protein kinase A regulatory subunit binding / plasma membrane raft / protein kinase A catalytic subunit binding / axoneme / mesoderm formation / lateral plasma membrane / small molecule binding / sperm flagellum / negative regulation of smoothened signaling pathway / regulation of proteasomal protein catabolic process / beta-2 adrenergic receptor binding / cAMP binding / cellular response to cAMP / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of gluconeogenesis / sperm midpiece / negative regulation of TORC1 signaling / T-tubule / protein kinase A signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein export from nucleus / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / positive regulation of protein export from nucleus / acrosomal vesicle / sarcoplasmic reticulum / neural tube closure / cellular response to glucose stimulus / regulation of protein phosphorylation / modulation of chemical synaptic transmission / neuromuscular junction / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / mRNA processing / small GTPase binding / presynapse / kinase activity / manganese ion binding / cellular response to heat / postsynapse / peptidyl-serine phosphorylation / dendritic spine / regulation of cell cycle / protein kinase activity / nuclear speck / phosphorylation / apical plasma membrane
類似検索 - 分子機能
A-kinase anchor protein 7, RI-RII subunit-binding domain / PKA-RI-RII subunit binding domain of A-kinase anchor protein / Protein kinase A anchor protein, nuclear localisation signal domain / AKAP7 2'5' RNA ligase-like domain / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / Cyclic phosphodiesterase / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. ...A-kinase anchor protein 7, RI-RII subunit-binding domain / PKA-RI-RII subunit binding domain of A-kinase anchor protein / Protein kinase A anchor protein, nuclear localisation signal domain / AKAP7 2'5' RNA ligase-like domain / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / Cyclic phosphodiesterase / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit / A-kinase anchor protein 7 isoforms delta and gamma / cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 35.0 Å
データ登録者Smith FD / Reichow SL / Esseltine JL / Shi D / Langeberg LK / Scott JD / Gonen T
引用ジャーナル: Elife / 年: 2013
タイトル: Intrinsic disorder within an AKAP-protein kinase A complex guides local substrate phosphorylation.
著者: F Donelson Smith / Steve L Reichow / Jessica L Esseltine / Dan Shi / Lorene K Langeberg / John D Scott / Tamir Gonen /
要旨: Anchoring proteins sequester kinases with their substrates to locally disseminate intracellular signals and avert indiscriminate transmission of these responses throughout the cell. Mechanistic ...Anchoring proteins sequester kinases with their substrates to locally disseminate intracellular signals and avert indiscriminate transmission of these responses throughout the cell. Mechanistic understanding of this process is hampered by limited structural information on these macromolecular complexes. A-kinase anchoring proteins (AKAPs) spatially constrain phosphorylation by cAMP-dependent protein kinases (PKA). Electron microscopy and three-dimensional reconstructions of type-II PKA-AKAP18γ complexes reveal hetero-pentameric assemblies that adopt a range of flexible tripartite configurations. Intrinsically disordered regions within each PKA regulatory subunit impart the molecular plasticity that affords an ∼16 nanometer radius of motion to the associated catalytic subunits. Manipulating flexibility within the PKA holoenzyme augmented basal and cAMP responsive phosphorylation of AKAP-associated substrates. Cell-based analyses suggest that the catalytic subunit remains within type-II PKA-AKAP18γ complexes upon cAMP elevation. We propose that the dynamic movement of kinase sub-structures, in concert with the static AKAP-regulatory subunit interface, generates a solid-state signaling microenvironment for substrate phosphorylation. DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.01319.001.
履歴
登録2013年9月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年10月30日-
マップ公開2013年11月13日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j4r
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5756.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5756.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of AKAP18-PKA in a Linear Conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.2 Å/pix.
x 120 pix.
= 504. Å		4.2 Å/pix.
x 120 pix.
= 504. Å		4.2 Å/pix.
x 120 pix.
= 504. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.5 / ムービー #1: 4.5
最小 - 最大-4.07958841 - 13.7339468
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 503.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.24.24.2
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z504.000504.000504.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-4.08013.734-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : AKAP18-PKA Complex in Linear Conformation

全体名称: AKAP18-PKA Complex in Linear Conformation
要素
  • 試料: AKAP18-PKA Complex in Linear Conformation
  • タンパク質・ペプチド: A-Kinase Anchoring Protein 18
  • タンパク質・ペプチド: A-Protein Kinase Catalytic Subunit
  • タンパク質・ペプチド: A-Protein Kinase Regulatory Subunit II alpha

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超分子 #1000: AKAP18-PKA Complex in Linear Conformation

超分子名称: AKAP18-PKA Complex in Linear Conformation / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: Hetero-pentamer composed of one AKAP18 bound to a dimer of the PKA Regulatory Subunit II and two copies of the PKA Catalytic Subunit
Number unique components: 3
分子量実験値: 240 KDa / 理論値: 220 KDa / 手法: Native PAGE

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分子 #1: A-Kinase Anchoring Protein 18

分子名称: A-Kinase Anchoring Protein 18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: AKAP18 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 40 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換株: Sf-9 / 組換プラスミド: Bacmid

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分子 #2: A-Protein Kinase Catalytic Subunit

分子名称: A-Protein Kinase Catalytic Subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: PKA C subunit / コピー数: 2 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: Mouse
分子量理論値: 40 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)pLysS / 組換プラスミド: pET15a

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分子 #3: A-Protein Kinase Regulatory Subunit II alpha

分子名称: A-Protein Kinase Regulatory Subunit II alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: PKA RIIalpha Subunit / コピー数: 2 / 集合状態: dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: Mouse
分子量理論値: 45 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)pLysS / 組換プラスミド: pET28b

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 25 mM HEPES, 200 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 1 mM dithiothreitol.
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 0.75% (w/v) uranyl formate
グリッド詳細: 200 mesh copper grid with thin carbon support
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
温度平均: 298 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
日付2012年5月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / 実像数: 1335 / 平均電子線量: 15 e/Å2
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 6.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt angle max: 50

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画像解析

詳細Images were processed in IMAGIC and ISAC. 3D reconstruction was done in IMAGIC and FREALIGN.
CTF補正詳細: Each Micrograph
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 35.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, FREALIGN / 使用した粒子像数: 1000

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2izx


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Chimera
詳細This domain was linked to the AKAP18 central domain (PDB 2VFL) using COOT and they were fit together into the EM density.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross-correlation
得られたモデル

PDB-3j4r:
Pseudo-atomic model of the AKAP18-PKA Complex in a linear conformation derived from electron microscopy

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2vfl


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細This domain was linked to the AKAP RII Binding Domain (PDB 2IZX) using COOT and they were fit together into the EM density.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross-correlation
得られたモデル

PDB-3j4r:
Pseudo-atomic model of the AKAP18-PKA Complex in a linear conformation derived from electron microscopy

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

2qvs


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Chimera
詳細This domain was linked to the PKA RIIalpha D/D domain (PDB 2IZX) using COOT and they were fit together into the EM density.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross-correlation
得られたモデル

PDB-3j4r:
Pseudo-atomic model of the AKAP18-PKA Complex in a linear conformation derived from electron microscopy

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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