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万見
- EMDB-5702: Negative stained image reconstruction of HIV KNH11444 subtype A S... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5702
タイトルNegative stained image reconstruction of HIV KNH11444 subtype A SOSIP.681 in complex with Fab fragment of VRC PG04 monoclonal antibody
マップデータNegative stained image reconstruction of HIV KNH11444 subtype A SOSIP.681 in complex with Fab fragment of VRC PG04 monoclonal antibody
試料
  • 試料: HIV KNH11444 subtype A SOSIP.681 in complex with Fab fragment of VRC PG04 monoclonal antibody
  • タンパク質・ペプチド: Human immunodeficiency virus Envelope protein
  • タンパク質・ペプチド: Fab fragment of VRC PG04 monoclonal antibody
キーワードHuman immunodeficiency virus / antigen / vaccine development / neutralization / conformational change / micelles
生物種Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス) / unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Khayat R / Lee JH / Wilson IA / Ward AB
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2013
タイトル: Influences on trimerization and aggregation of soluble, cleaved HIV-1 SOSIP envelope glycoprotein.
著者: Per Johan Klasse / Rafael S Depetris / Robert Pejchal / Jean-Philippe Julien / Reza Khayat / Jeong Hyun Lee / Andre J Marozsan / Albert Cupo / Nicolette Cocco / Jacob Korzun / Anila Yasmeen / ...著者: Per Johan Klasse / Rafael S Depetris / Robert Pejchal / Jean-Philippe Julien / Reza Khayat / Jeong Hyun Lee / Andre J Marozsan / Albert Cupo / Nicolette Cocco / Jacob Korzun / Anila Yasmeen / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Rogier W Sanders / John P Moore /
要旨: We describe methods to improve the properties of soluble, cleaved gp140 trimers of the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) envelope glycoproteins (Env) for use in structural studies and as ...We describe methods to improve the properties of soluble, cleaved gp140 trimers of the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) envelope glycoproteins (Env) for use in structural studies and as immunogens. In the absence of nonionic detergents, gp140 of the KNH1144 genotype, terminating at residue 681 in gp41 (SOSIP.681), has a tendency to form higher-order complexes or aggregates, which is particularly undesirable for structure-based research. We found that this aggregation in the absence of detergent does not involve the V1, V2, or V3 variable regions of gp120. Moreover, we observed that detergent forms micelles around the membrane-proximal external region (MPER) of the SOSIP.681 gp140 trimers, whereas deletion of most of the MPER residues by terminating the gp140 at residue 664 (SOSIP.664) prevented the aggregation that otherwise occurs in SOSIP.681 in the absence of detergent. Although the MPER can contribute to trimer formation, truncation of most of it only modestly reduced trimerization and lacked global adverse effects on antigenicity. Thus, the MPER deletion minimally influenced the kinetics of the binding of soluble CD4 and a CD4-binding site antibody to immobilized trimers, as detected by surface plasmon resonance. Furthermore, the MPER deletion did not alter the overall three-dimensional structure of the trimers, as viewed by negative-stain electron microscopy. Homogeneous and aggregate-free MPER-truncated SOSIP Env trimers are therefore useful for immunogenicity and structural studies.
履歴
登録2013年6月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年7月3日-
マップ公開2013年7月24日-
更新2013年8月21日-
現状2013年8月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.89
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.89
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5702.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5702.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stained image reconstruction of HIV KNH11444 subtype A SOSIP.681 in complex with Fab fragment of VRC PG04 monoclonal antibody
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.18 Å/pix.
x 160 pix.
= 348.8 Å		2.18 Å/pix.
x 160 pix.
= 348.8 Å		2.18 Å/pix.
x 160 pix.
= 348.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.18 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.89 / ムービー #1: 2.89
最小 - 最大-4.84514904 - 14.22948074
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 348.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.182.182.18
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z348.800348.800348.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-4.84514.2290.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HIV KNH11444 subtype A SOSIP.681 in complex with Fab fragment of ...

全体名称: HIV KNH11444 subtype A SOSIP.681 in complex with Fab fragment of VRC PG04 monoclonal antibody
要素
  • 試料: HIV KNH11444 subtype A SOSIP.681 in complex with Fab fragment of VRC PG04 monoclonal antibody
  • タンパク質・ペプチド: Human immunodeficiency virus Envelope protein
  • タンパク質・ペプチド: Fab fragment of VRC PG04 monoclonal antibody

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超分子 #1000: HIV KNH11444 subtype A SOSIP.681 in complex with Fab fragment of ...

超分子名称: HIV KNH11444 subtype A SOSIP.681 in complex with Fab fragment of VRC PG04 monoclonal antibody
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse via SEC. / 集合状態: Trimer / Number unique components: 2
分子量理論値: 650 KDa

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分子 #1: Human immunodeficiency virus Envelope protein

分子名称: Human immunodeficiency virus Envelope protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: gp120/gp41 / コピー数: 3 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
株: KNH1144 / 別称: HIV
分子量理論値: 480 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293S / 組換プラスミド: pPI4

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分子 #2: Fab fragment of VRC PG04 monoclonal antibody

分子名称: Fab fragment of VRC PG04 monoclonal antibody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.5, 50 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2% Uranyl Formate for 30 seconds
グリッド詳細: 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 293 K / 最高: 294 K / 平均: 293 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
Legacy - Electron beam tilt params: -2
日付2011年12月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 10.9 µm / 実像数: 200 / 平均電子線量: 16 e/Å2 / 詳細: Data collected on CCD / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 100000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle max: 55
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were selected using DogPicker, reference free class averages determined using Sparx, and initial model generated using common-lines with EMAN2.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Sparx/EMAN2
詳細: Final maps were calculated from two averaged data sets.
使用した粒子像数: 14352
最終 角度割当詳細: SPIDER: theta 45 degrees, phi 45 degrees
最終 2次元分類クラス数: 512

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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