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万見
- EMDB-5673: Electron cryo-microscopy of enterovirus 71 complexed with a Fab f... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5673
タイトルElectron cryo-microscopy of enterovirus 71 complexed with a Fab fragment
マップデータAsymmetric reconstruction of ev71-Fab complex
試料
  • 試料: Enterovirus 71 complexed with Fab Fragment of MA28-7 neutralizing antibody
  • ウイルス: Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: MA28-7 neutralizing antibody Fab fragment
キーワードEV71 / enterovirus / HFMD / neutralizing antibody / Fab / cryoEM / strain-specific eptitope / VP1-145
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.4 Å
データ登録者Lee H / Cifuente JO / Ashley RE / Conway JF / Makhov AM / Tano Y / Shimizu H / Nishimura Y / Hafenstein S
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2013
タイトル: A strain-specific epitope of enterovirus 71 identified by cryo-electron microscopy of the complex with fab from neutralizing antibody.
著者: Hyunwook Lee / Javier O Cifuente / Robert E Ashley / James F Conway / Alexander M Makhov / Yoshio Tano / Hiroyuki Shimizu / Yorihiro Nishimura / Susan Hafenstein /
要旨: Enterovirus 71 (EV71) is a picornavirus that causes outbreaks of hand, foot, and mouth disease (HFMD), primarily in the Asia-Pacific area. Unlike coxsackievirus A16, which also causes HFMD, EV71 ...Enterovirus 71 (EV71) is a picornavirus that causes outbreaks of hand, foot, and mouth disease (HFMD), primarily in the Asia-Pacific area. Unlike coxsackievirus A16, which also causes HFMD, EV71 induces severe neuropathology leading to high fatalities, especially among children under the age of 6 years. Currently, no established vaccines or treatments are available against EV71 infection. The monoclonal antibody MA28-7 neutralizes only specific strains of EV71 that have a conserved glycine at amino acid VP1-145, a surface-exposed residue that maps to the 5-fold vertex and that has been implicated in receptor binding. The cryo-electron microscopy structure of a complex between EV71 and the Fab fragment of MA28-7 shows that only one Fab fragment occupies each 5-fold vertex. A positively charged patch, which has also been implicated in receptor binding, lies within the Fab footprint. We identify the strain-specific epitope of EV71 and discuss the possible neutralization mechanisms of the antibody.
履歴
登録2013年5月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年6月26日-
マップ公開2013年8月28日-
更新2013年11月6日-
現状2013年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j3z
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3j3z
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5673_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5673.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 412 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Asymmetric reconstruction of ev71-Fab complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.23 Å/pix.
x 480 pix.
= 590.4 Å		1.23 Å/pix.
x 480 pix.
= 590.4 Å		1.23 Å/pix.
x 480 pix.
= 590.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.23 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-8.519919399999999 - 13.191069600000001
平均 (標準偏差)0.15144682 (±1.46808076)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-240-240-240
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 590.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.231.231.23
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z590.400590.400590.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-132-122-147
NX/NY/NZ250274261
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-240-240-240
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-8.52013.1910.151

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Enterovirus 71 complexed with Fab Fragment of MA28-7 neutralizing...

全体名称: Enterovirus 71 complexed with Fab Fragment of MA28-7 neutralizing antibody
要素
  • 試料: Enterovirus 71 complexed with Fab Fragment of MA28-7 neutralizing antibody
  • ウイルス: Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: MA28-7 neutralizing antibody Fab fragment

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超分子 #1000: Enterovirus 71 complexed with Fab Fragment of MA28-7 neutralizing...

超分子名称: Enterovirus 71 complexed with Fab Fragment of MA28-7 neutralizing antibody
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2
分子量理論値: 8.05 MDa

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超分子 #1: Human enterovirus 71

超分子名称: Human enterovirus 71 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: EV71 / 詳細: Fab fragment is bound on the virus surface / NCBI-ID: 39054 / 生物種: Human enterovirus 71 / Sci species strain: 1095/Shiga / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: EV71
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量理論値: 8 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: VP1-4 / 直径: 300 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: MA28-7 neutralizing antibody Fab fragment

分子名称: MA28-7 neutralizing antibody Fab fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c / 別称: mouse / 細胞: hybridomas fused with myeloma cells

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Tris, 200 mM NaCl, 50 mM MgCl2
グリッド詳細: glow-discharged holey carbon Quantifoil electron microscopy grids
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 76 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 95 K
日付2011年2月2日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
実像数: 45 / 平均電子線量: 15 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 48425 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.12 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.9 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Selected particles were low-pass filtered at 10 Angstrom. Asymmetric reconstruction was performed with breaksym option in EMAN2.
CTF補正詳細: Each image
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2
詳細: The breaksym option in EMAN2 was used to search for the icosahedrally-related orientations.
使用した粒子像数: 27026
最終 2次元分類クラス数: 2300

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3gk8


Chain - #0 - Chain ID: H / Chain - #1 - Chain ID: L
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The Fab structure was fitted manually, then refined in Chimera.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-3j3z:
Structure of MA28-7 neutralizing antibody Fab fragment from electron cryo-microscopy of enterovirus 71 complexed with a Fab fragment

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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