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- PDB-4v8l: Cryo-EM Structure of the Mycobacterial Fatty Acid Synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v8l
タイトルCryo-EM Structure of the Mycobacterial Fatty Acid Synthase
要素FATTY ACID SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / MYCOLIC ACID BIOSYNTHESIS / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / SUBSTRATE CHANNELING
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid synthase complex / fatty acid synthase activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Fatty acid synthase central AT domain / DNA polymerase beta N-terminal domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, central domain / Fatty acid synthase subunit beta/Fas1-like, helical / : / Fatty acid synthase type I, helical / : / Fatty acid synthase type I helical domain / Fatty acid synthase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis ...Fatty acid synthase central AT domain / DNA polymerase beta N-terminal domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, central domain / Fatty acid synthase subunit beta/Fas1-like, helical / : / Fatty acid synthase type I, helical / : / Fatty acid synthase type I helical domain / Fatty acid synthase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / HotDog domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Aldolase-type TIM barrel / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Fatty acid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Boehringer, D. / Ban, N. / Leibundgut, M.
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2013
タイトル: 7.5-Å cryo-em structure of the mycobacterial fatty acid synthase.
著者: Daniel Boehringer / Nenad Ban / Marc Leibundgut /
要旨: The mycobacterial fatty acid synthase (FAS) complex is a giant 2.0-MDa α(6) homohexameric multifunctional enzyme that catalyzes synthesis of fatty acid precursors of mycolic acids, which are major ...The mycobacterial fatty acid synthase (FAS) complex is a giant 2.0-MDa α(6) homohexameric multifunctional enzyme that catalyzes synthesis of fatty acid precursors of mycolic acids, which are major components of the cell wall in Mycobacteria and play an important role in pathogenicity. Here, we present a three-dimensional reconstruction of the Mycobacterium smegmatis FAS complex at 7.5Å, highly homologous to the Mycobacterium tuberculosis multienzyme, by cryo-electron microscopy. Based on the obtained structural data, which allowed us to identify secondary-structure elements, and sequence homology with the fungal FAS, we generated an accurate architectural model of the complex. The FAS system from Mycobacteria resembles a minimized version of the fungal FAS with much larger openings in the reaction chambers. These architectural features of the mycobacterial FAS may be important for the interaction with mycolic acid processing and condensing enzymes that further modify the precursors produced by FAS and for autoactivation of the FAS complex.
履歴
登録2012年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 4B3Y, 3ZEN
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 2.02017年8月2日Group: Atomic model / Data collection / Refinement description
カテゴリ: atom_site / em_3d_fitting / em_software
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id
改定 2.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 2.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "DD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "DD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "ED" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "FD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2238
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: FATTY ACID SYNTHASE
E: FATTY ACID SYNTHASE
F: FATTY ACID SYNTHASE
A: FATTY ACID SYNTHASE
B: FATTY ACID SYNTHASE
C: FATTY ACID SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,957,28812
ポリマ－1,954,5506
非ポリマー2,7386
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
FATTY ACID SYNTHASE / TYPE I FATTY ACID SYNTHASE / MYCOBACTERIAL FATTY ACID SYNTHASE I


分子量: 325758.250 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) / 株: MC2 155 / 参照: UniProt: A0R1H7
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MYCOBACTERIAL FATTY ACID SYNTHASE, FAS I / タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 100MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2, 165 MM NACL, 2MM EDTA, 2MM DTT
pH: 7.2
詳細: 100MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.2, 165 MM NACL, 2MM EDTA, 2MM DTT
試料濃度: 1.65 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 詳細: VITRIFIED WITH HOMEMADE PLUNGER IN LIQUID ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2012年10月19日
詳細: DATA WERE COLLECTED USING THE AUTOMATED IMAGE ACQUISITION SOFTWARE FEI EPU.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 100000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ温度: 79 K / 傾斜角・最大: 0 °
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 1556
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2IMAGIC5３次元再構成
3SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: EACH IMAGE
対称性点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称)
3次元再構成手法: COMMON LINES, PROJECTION MATCHING / 解像度: 7.5 Å / 粒子像の数: 106884 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.37 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.4 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2238 (DEPOSITION ID: 11255).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: METHOD--DOMAINS WERE SEPARATELY FITTED AS RIGID BODIES AND MANUALLY ADJUSTED IN O. THE MODEL WAS MINIMIZED WITH PHENIX.PDBTOOLS. REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
原子モデル構築PDB-ID: 2UV8

2uv8


Accession code: 2UV8 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 7.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 7.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数63060 0 93 0 63153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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