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- PDB-4v6i: Localization of the small subunit ribosomal proteins into a 6.1 A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v6i
タイトルLocalization of the small subunit ribosomal proteins into a 6.1 A cryo-EM map of Saccharomyces cerevisiae translating 80S ribosome
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 27
  • (60S acidic ribosomal protein ...) x 3
  • (60S ribosomal protein ...) x 43
  • (Unknown 40S ribosomal protein ...) x 2
  • (Unknown protein) x 2
  • 18S rRNA
  • 25S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • MRNA, RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*UP*UP*CP*A)-3')
  • P-SITE TRNA ASP
キーワードRIBOSOME / eukaryotic ribosome / homology modeling / de novo modeling / ribosomal proteins / novel ribosomal proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


: / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / positive regulation of translational fidelity / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / pre-mRNA 5'-splice site binding ...: / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / positive regulation of translational fidelity / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / pre-mRNA 5'-splice site binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translational elongation / preribosome, small subunit precursor / response to cycloheximide / mRNA destabilization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / protein kinase activator activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / G-protein alpha-subunit binding / regulation of translational fidelity / protein-RNA complex assembly / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / ribonucleoprotein complex binding / ribosomal subunit export from nucleus / translational termination / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / rescue of stalled ribosome / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / macroautophagy / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / ribosomal large subunit assembly / modification-dependent protein catabolic process / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / protein tag activity / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / translation / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L12/P1/P2 family / Ribosomal protein P1/P2, N-terminal domain / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site ...Ribosomal protein L12/P1/P2 family / Ribosomal protein P1/P2, N-terminal domain / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / : / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein L6e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e signature 2. / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein S4, KOW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L14-A / Small ribosomal subunit protein uS4A / 60S ribosomal protein L42-A / Large ribosomal subunit protein uL15 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L14-A / Small ribosomal subunit protein uS4A / 60S ribosomal protein L42-A / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein eS17A / Large ribosomal subunit protein eL24A / 60S ribosomal protein L23-B / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein P1A / 60S acidic ribosomal protein P2-alpha / 60S ribosomal protein L19-A / 60S ribosomal protein L2-A / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / 60S ribosomal protein L41-B / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Small ribosomal subunit protein uS3 / 40S ribosomal protein S4-B / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / 60S ribosomal protein L18-A / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL43B / Large ribosomal subunit protein eL42B / Small ribosomal subunit protein uS12B / 40S ribosomal protein S24-B / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Large ribosomal subunit protein uL14B / Large ribosomal subunit protein uL1A / Large ribosomal subunit protein uL2B / Small ribosomal subunit protein uS17B / Large ribosomal subunit protein eL18B / Small ribosomal subunit protein uS9B / Large ribosomal subunit protein uL11A / Small ribosomal subunit protein uS13B / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein uL29A / Small ribosomal subunit protein eS32A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / 60S ribosomal protein L12-A / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / 40S ribosomal protein S11-B / 40S ribosomal protein S24-B / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL13A / 40S ribosomal protein S23-A / Small ribosomal subunit protein uS2A / 40S ribosomal protein S18-A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / 60S ribosomal protein L35-A / 40S ribosomal protein S16-B / Small ribosomal subunit protein uS14A / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / 60S ribosomal protein L43-A / 60S ribosomal protein L1-B / Large ribosomal subunit protein eL34A / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / 60S ribosomal protein L18a / 40S ribosomal protein S30-A / Small ribosomal subunit protein eS25A / Small ribosomal subunit protein eS28A / 60S ribosomal protein L18a
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.8 Å
データ登録者Armache, J.-P. / Jarasch, A. / Anger, A.M. / Villa, E. / Becker, T. / Bhushan, S. / Jossinet, F. / Habeck, M. / Dindar, G. / Franckenberg, S. ...Armache, J.-P. / Jarasch, A. / Anger, A.M. / Villa, E. / Becker, T. / Bhushan, S. / Jossinet, F. / Habeck, M. / Dindar, G. / Franckenberg, S. / Marquez, V. / Mielke, T. / Thomm, M. / Berninghausen, O. / Beatrix, B. / Soeding, J. / Westhof, E. / Wilson, D.N. / Beckmann, R.
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2010
タイトル: Cryo-EM structure and rRNA model of a translating eukaryotic 80S ribosome at 5.5-A resolution.
著者: Jean-Paul Armache / Alexander Jarasch / Andreas M Anger / Elizabeth Villa / Thomas Becker / Shashi Bhushan / Fabrice Jossinet / Michael Habeck / Gülcin Dindar / Sibylle Franckenberg / Viter ...著者: Jean-Paul Armache / Alexander Jarasch / Andreas M Anger / Elizabeth Villa / Thomas Becker / Shashi Bhushan / Fabrice Jossinet / Michael Habeck / Gülcin Dindar / Sibylle Franckenberg / Viter Marquez / Thorsten Mielke / Michael Thomm / Otto Berninghausen / Birgitta Beatrix / Johannes Söding / Eric Westhof / Daniel N Wilson / Roland Beckmann /
要旨: Protein biosynthesis, the translation of the genetic code into polypeptides, occurs on ribonucleoprotein particles called ribosomes. Although X-ray structures of bacterial ribosomes are available, ...Protein biosynthesis, the translation of the genetic code into polypeptides, occurs on ribonucleoprotein particles called ribosomes. Although X-ray structures of bacterial ribosomes are available, high-resolution structures of eukaryotic 80S ribosomes are lacking. Using cryoelectron microscopy and single-particle reconstruction, we have determined the structure of a translating plant (Triticum aestivum) 80S ribosome at 5.5-Å resolution. This map, together with a 6.1-Å map of a Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome, has enabled us to model ∼98% of the rRNA. Accurate assignment of the rRNA expansion segments (ES) and variable regions has revealed unique ES-ES and r-protein-ES interactions, providing insight into the structure and evolution of the eukaryotic ribosome.
#1: ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2010
タイトル: Localization of eukaryote-specific ribosomal proteins in a 5.5-Å cryo-EM map of the 80S eukaryotic ribosome.
著者: Jean-Paul Armache / Alexander Jarasch / Andreas M Anger / Elizabeth Villa / Thomas Becker / Shashi Bhushan / Fabrice Jossinet / Michael Habeck / Gülcin Dindar / Sibylle Franckenberg / Viter ...著者: Jean-Paul Armache / Alexander Jarasch / Andreas M Anger / Elizabeth Villa / Thomas Becker / Shashi Bhushan / Fabrice Jossinet / Michael Habeck / Gülcin Dindar / Sibylle Franckenberg / Viter Marquez / Thorsten Mielke / Michael Thomm / Otto Berninghausen / Birgitta Beatrix / Johannes Söding / Eric Westhof / Daniel N Wilson / Roland Beckmann /
要旨: Protein synthesis in all living organisms occurs on ribonucleoprotein particles, called ribosomes. Despite the universality of this process, eukaryotic ribosomes are significantly larger in size than ...Protein synthesis in all living organisms occurs on ribonucleoprotein particles, called ribosomes. Despite the universality of this process, eukaryotic ribosomes are significantly larger in size than their bacterial counterparts due in part to the presence of 80 r proteins rather than 54 in bacteria. Using cryoelectron microscopy reconstructions of a translating plant (Triticum aestivum) 80S ribosome at 5.5-Å resolution, together with a 6.1-Å map of a translating Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome, we have localized and modeled 74/80 (92.5%) of the ribosomal proteins, encompassing 12 archaeal/eukaryote-specific small subunit proteins as well as the complete complement of the ribosomal proteins of the eukaryotic large subunit. Near-complete atomic models of the 80S ribosome provide insights into the structure, function, and evolution of the eukaryotic translational apparatus.
履歴
登録2010年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3IZB, 3IZS, 3IZE, 3IZF
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22015年3月25日Group: Other
改定 1.32019年12月18日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: atom_sites / em_image_scans / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.content_type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
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  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1669
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  • マップデータ: EMDB-1669
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Aa: 40S ribosomal protein RACK1 (RACK1)
AA: 40S ribosomal protein rpS0 (S2p)
AB: 40S ribosomal protein rpS3 (S3p)
AD: 40S ribosomal protein rpS4 (S4e)
AC: 40S ribosomal protein rpS9 (S4p)
AE: 40S ribosomal protein rpS2 (S5p)
AG: 40S ribosomal protein rpS7 (S7e)
AF: 40S ribosomal protein rpS5 (S7p)
AH: 40S ribosomal protein rpS22 (S8p)
AI: 40S ribosomal protein rpS16 (S9p)
AJ: 40S ribosomal protein rpS20 (S10p)
AK: 40S ribosomal protein rpS14 (S11p)
AL: 40S ribosomal protein rpS23 (S12p)
AM: 40S ribosomal protein rpS18 (S13p)
AN: 40S ribosomal protein rpS29 (S14p)
AO: 40S ribosomal protein rpS13 (S15p)
AQ: 40S ribosomal protein rpS17 (S17e)
AP: 40S ribosomal protein rpS11 (S17p)
AR: 40S ribosomal protein rpS15 (S19p)
AS: 40S ribosomal protein rpS19 (S19e)
AT: 40S ribosomal protein rpS21 (S21e)
AV: 40S ribosomal protein rpS25 (S25e)
AW: 40S ribosomal protein rpS26 (S26e)
AX: 40S ribosomal protein rpS27 (S27e)
AY: 40S ribosomal protein rpS28 (S28e)
AZ: 40S ribosomal protein rpS30 (S30e)
Ab: Unknown 40S ribosomal protein XS1
Ac: Unknown 40S ribosomal protein XS2
AU: 40S ribosomal protein S24
BA: 60S ribosomal protein rpL1 (L1p)
BB: 60S ribosomal protein rpL2 (L2p)
BC: 60S ribosomal protein rpL3 (L3p)
BD: 60S ribosomal protein rpL4 (L4p)
BE: 60S ribosomal protein rpL11 (L5p)
BG: 60S ribosomal protein rpL6 (L6e)
BF: 60S ribosomal protein rpL9 (L6p)
BH: 60S ribosomal protein rpL8 (L7ae)
Bs: 60S acidic ribosomal protein rpP0 (L10P)
BJ: 60S ribosomal protein rpL12 (L11p)
BK: 60S ribosomal protein rpL16 (L13p)
BN: 60S ribosomal protein rpL14 (L14e)
BM: 60S ribosomal protein rpL23 (L14p)
BP: 60S ribosomal protein rpL15 (L15e)
BO: 60S ribosomal protein rpL28 (L15p)
BR: 60S ribosomal protein rpL18 (L18e)
BT: 60S ribosomal protein rpL19 (L19e)
BU: 60S ribosomal protein rpL21 (L21e)
BW: 60S ribosomal protein rpL22 (L22e)
BV: 60S ribosomal protein rpL17 (L22p)
BX: 60S ribosomal protein rpL25 (L23p)
BZ: 60S ribosomal protein rpL24 (L24e)
BY: 60S ribosomal protein rpL26 (L24p)
Ba: 60S ribosomal protein rpL27 (L27e)
Bd: 60S ribosomal protein rpL29 (L29e)
Bc: 60S ribosomal protein rpL35 (L29p)
Bf: 60S ribosomal protein rpL30 (L30e)
Be: 60S ribosomal protein rpL7 (L30p)
Bg: 60S ribosomal protein rpL31 (L31e)
Bh: 60S ribosomal protein pL32 (L32e)
Bi: 60S ribosomal protein rpL34 (L34e)
Bj: 60S ribosomal protein rpL33 (L35ae)
Bk: 60S ribosomal protein rpL36 (L36e)
Bm: 60S ribosomal protein rpL43 (L37ae)
Bl: 60S ribosomal protein rpL37 (L37e)
Bn: 60S ribosomal protein rpL38 (L38e)
Bo: 60S ribosomal protein rpL39 (L39e)
Bp: 60S ribosomal protein rpL40 (L40e)
Bq: 60S ribosomal protein rpL41 (L41e)
Br: 60S ribosomal protein rpL42 (L44e)
Bx: Unknown protein
By: Unknown protein
Bz: Unknown protein
Bt: 60S acidic ribosomal protein rpP11 (P1)
Bu: 60S acidic ribosomal protein rpP11 (P1)
Bv: 60S acidic ribosomal protein (P2)
Bw: 60S acidic ribosomal protein (P2)
BQ: 60S ribosomal protein rpL5 (L18p)
BL: 60S ribosomal protein rpL13 (L13e)
BS: 60S ribosomal protein rpL20 (L18ae)
BI: 60S ribosomal protein rpL10 (L10e)
CA: 18S rRNA
CB: P-SITE TRNA ASP
CC: MRNA, RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*UP*UP*CP*A)-3')
DA: 25S rRNA
DB: 5.8S rRNA
DC: 5S rRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,104,13086
ポリマ－3,104,13086
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
40S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 AaAAABADACAEAGAFAHAIAJAKALAMANAOAQAPARASATAVAWAXAYAZAU

#1: タンパク質 40S ribosomal protein RACK1 (RACK1)


分子量: 34841.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38011
#2: タンパク質 40S ribosomal protein rpS0 (S2p)


分子量: 28051.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32905
#3: タンパク質 40S ribosomal protein rpS3 (S3p)


分子量: 26542.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05750
#4: タンパク質 40S ribosomal protein rpS4 (S4e)


分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05753, UniProt: P0CX35*PLUS
#5: タンパク質 40S ribosomal protein rpS9 (S4p)


分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O13516
#6: タンパク質 40S ribosomal protein rpS2 (S5p)


分子量: 27490.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25443
#7: タンパク質 40S ribosomal protein rpS7 (S7e)


分子量: 12273.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#8: タンパク質 40S ribosomal protein rpS5 (S7p)


分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26783
#9: タンパク質 40S ribosomal protein rpS22 (S8p)


分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0W1
#10: タンパク質 40S ribosomal protein rpS16 (S9p)


分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40213, UniProt: P0CX52*PLUS
#11: タンパク質 40S ribosomal protein rpS20 (S10p)


分子量: 13929.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38701
#12: タンパク質 40S ribosomal protein rpS14 (S11p)


分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P06367
#13: タンパク質 40S ribosomal protein rpS23 (S12p)


分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32827, UniProt: P0CX30*PLUS
#14: タンパク質 40S ribosomal protein rpS18 (S13p)


分子量: 17071.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P35271, UniProt: P0CX56*PLUS
#15: タンパク質 40S ribosomal protein rpS29 (S14p)


分子量: 6675.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41057
#16: タンパク質 40S ribosomal protein rpS13 (S15p)


分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05756
#17: タンパク質 40S ribosomal protein rpS17 (S17e)


分子量: 15820.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02407
#18: タンパク質 40S ribosomal protein rpS11 (S17p)


分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26781, UniProt: P0CX48*PLUS
#19: タンパク質 40S ribosomal protein rpS15 (S19p)


分子量: 16031.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q01855
#20: タンパク質 40S ribosomal protein rpS19 (S19e)


分子量: 15942.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07280
#21: タンパク質 40S ribosomal protein rpS21 (S21e)


分子量: 9758.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0V8
#22: タンパク質 40S ribosomal protein rpS25 (S25e)


分子量: 12067.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E792
#23: タンパク質 40S ribosomal protein rpS26 (S26e)


分子量: 7932.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#24: タンパク質 40S ribosomal protein rpS27 (S27e)


分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P35997
#25: タンパク質 40S ribosomal protein rpS28 (S28e)


分子量: 7605.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E7X9
#26: タンパク質 40S ribosomal protein rpS30 (S30e)


分子量: 7137.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12087, UniProt: P0CX33*PLUS
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26782, UniProt: P0CX32*PLUS

-
Unknown 40S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 AbAc

#27: タンパク質・ペプチド Unknown 40S ribosomal protein XS1


分子量: 3166.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#28: タンパク質・ペプチド Unknown 40S ribosomal protein XS2


分子量: 2230.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
60S ribosomal protein ... , 43種, 43分子 BABBBCBDBEBGBFBHBJBKBNBMBPBOBRBTBUBWBVBXBZBYBaBdBcBfBeBgBhBi...

#30: タンパク質 60S ribosomal protein rpL1 (L1p)


分子量: 24524.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53030, UniProt: P0CX43*PLUS
#31: タンパク質 60S ribosomal protein rpL2 (L2p)


分子量: 27463.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05736, UniProt: P0CX46*PLUS
#32: タンパク質 60S ribosomal protein rpL3 (L3p)


分子量: 43907.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14126
#33: タンパク質 60S ribosomal protein rpL4 (L4p)


分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P10664
#34: タンパク質 60S ribosomal protein rpL11 (L5p)


分子量: 19755.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0W9
#35: タンパク質 60S ribosomal protein rpL6 (L6e)


分子量: 20000.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02326
#36: タンパク質 60S ribosomal protein rpL9 (L6p)


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05738
#37: タンパク質 60S ribosomal protein rpL8 (L7ae)


分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P17076
#39: タンパク質 60S ribosomal protein rpL12 (L11p)


分子量: 17850.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P17079, UniProt: P0CX53*PLUS
#40: タンパク質 60S ribosomal protein rpL16 (L13p)


分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26784
#41: タンパク質 60S ribosomal protein rpL14 (L14e)


分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: D6VXT1, UniProt: P36105*PLUS
#42: タンパク質 60S ribosomal protein rpL23 (L14p)


分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04451, UniProt: P0CX42*PLUS
#43: タンパク質 60S ribosomal protein rpL15 (L15e)


分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05748
#44: タンパク質 60S ribosomal protein rpL28 (L15p)


分子量: 16761.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02406
#45: タンパク質 60S ribosomal protein rpL18 (L18e)


分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07279, UniProt: P0CX50*PLUS
#46: タンパク質 60S ribosomal protein rpL19 (L19e)


分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05735, UniProt: P0CX83*PLUS
#47: タンパク質 60S ribosomal protein rpL21 (L21e)


分子量: 18279.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02753
#48: タンパク質 60S ribosomal protein rpL22 (L22e)


分子量: 13711.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05749
#49: タンパク質 60S ribosomal protein rpL17 (L22p)


分子量: 19007.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05740
#50: タンパク質 60S ribosomal protein rpL25 (L23p)


分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04456
#51: タンパク質 60S ribosomal protein rpL24 (L24e)


分子量: 17661.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04449
#52: タンパク質 60S ribosomal protein rpL26 (L24p)


分子量: 13837.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05743
#53: タンパク質 60S ribosomal protein rpL27 (L27e)


分子量: 15568.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C2H6
#54: タンパク質 60S ribosomal protein rpL29 (L29e)


分子量: 6691.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05747
#55: タンパク質 60S ribosomal protein rpL35 (L29p)


分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39741, UniProt: P0CX84*PLUS
#56: タンパク質 60S ribosomal protein rpL30 (L30e)


分子量: 11430.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14120
#57: タンパク質 60S ribosomal protein rpL7 (L30p)


分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05737
#58: タンパク質 60S ribosomal protein rpL31 (L31e)


分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C2H8
#59: タンパク質 60S ribosomal protein pL32 (L32e)


分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38061
#60: タンパク質 60S ribosomal protein rpL34 (L34e)


分子量: 13343.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P87262
#61: タンパク質 60S ribosomal protein rpL33 (L35ae)


分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05744
#62: タンパク質 60S ribosomal protein rpL36 (L36e)


分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05745
#63: タンパク質 60S ribosomal protein rpL43 (L37ae)


分子量: 10112.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49631, UniProt: P0CX26*PLUS
#64: タンパク質 60S ribosomal protein rpL37 (L37e)


分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49166
#65: タンパク質 60S ribosomal protein rpL38 (L38e)


分子量: 8845.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49167
#66: タンパク質 60S ribosomal protein rpL39 (L39e)


分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04650
#67: タンパク質 60S ribosomal protein rpL40 (L40e)


分子量: 6032.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CH08
#68: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein rpL41 (L41e)


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05746, UniProt: P0CX86*PLUS
#69: タンパク質 60S ribosomal protein rpL42 (L44e)


分子量: 12246.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02405, UniProt: P0CX28*PLUS
#74: タンパク質 60S ribosomal protein rpL5 (L18p)


分子量: 33792.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26321
#75: タンパク質 60S ribosomal protein rpL13 (L13e)


分子量: 14485.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#76: タンパク質 60S ribosomal protein rpL20 (L18ae)


分子量: 20148.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q0JJA0, UniProt: Q943F3*PLUS
#77: タンパク質 60S ribosomal protein rpL10 (L10e)


分子量: 25410.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41805

-
60S acidic ribosomal protein ... , 3種, 5分子 BsBtBuBvBw

#38: タンパク質 60S acidic ribosomal protein rpP0 (L10P)


分子量: 33749.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05317
#72: タンパク質 60S acidic ribosomal protein rpP11 (P1)


分子量: 10928.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05318
#73: タンパク質 60S acidic ribosomal protein (P2)


分子量: 10752.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05319

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 BxByBz

#70: タンパク質・ペプチド Unknown protein


分子量: 1805.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#71: タンパク質・ペプチド Unknown protein


分子量: 1294.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 CACBCCDADBDC

#78: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 579761.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: U53879.1
#79: RNA鎖 P-SITE TRNA ASP


分子量: 24135.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: M25599.1
#80: RNA鎖 MRNA, RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*UP*UP*CP*A)-3')


分子量: 3498.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#81: RNA鎖 25S rRNA


分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: U53879.1
#82: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: U53879.1
#83: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 37947.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: U53879.1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Saccharomyces cerevisiae translating 80S ribosome / タイプ: RIBOSOME
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 39000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 8.8 Å / 粒子像の数: 20400 / 対称性のタイプ: POINT
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28040 0 0 0 28040

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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