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万見
- PDB-4uft: Structure of the helical Measles virus nucleocapsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uft
タイトルStructure of the helical Measles virus nucleocapsid
要素
  • 5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*CP)-3'
  • NUCLEOPROTEIN
キーワードRNA BINDING PROTEIN / MEASLES VIRUS NUCLEOCAPSID / TRANSCRIPTION AND REPLICATION TEMPLATE
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Paramyxovirus nucleocapsid protein / Paramyxovirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種MEASLES VIRUS STRAIN HALLE (ウイルス)
SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Gutsche, I. / Desfosses, A. / Effantin, G. / Ling, W.L. / Haupt, M. / Ruigrok, R.W.H. / Sachse, C. / Schoehn, G.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structural virology. Near-atomic cryo-EM structure of the helical measles virus nucleocapsid.
著者: Irina Gutsche / Ambroise Desfosses / Grégory Effantin / Wai Li Ling / Melina Haupt / Rob W H Ruigrok / Carsten Sachse / Guy Schoehn /
要旨: Measles is a highly contagious human disease. We used cryo-electron microscopy and single particle-based helical image analysis to determine the structure of the helical nucleocapsid formed by the ...Measles is a highly contagious human disease. We used cryo-electron microscopy and single particle-based helical image analysis to determine the structure of the helical nucleocapsid formed by the folded domain of the measles virus nucleoprotein encapsidating an RNA at a resolution of 4.3 angstroms. The resulting pseudoatomic model of the measles virus nucleocapsid offers important insights into the mechanism of the helical polymerization of nucleocapsids of negative-strand RNA viruses, in particular via the exchange subdomains of the nucleoprotein. The structure reveals the mode of the nucleoprotein-RNA interaction and explains why each nucleoprotein of measles virus binds six nucleotides, whereas the respiratory syncytial virus nucleoprotein binds seven. It provides a rational basis for further analysis of measles virus replication and transcription, and reveals potential targets for drug design.
履歴
登録2015年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Derived calculations / Other
改定 1.22015年5月27日Group: Database references
改定 1.32017年8月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_imaging / em_software
Item: _em_imaging.nominal_defocus_max / _em_imaging.nominal_defocus_min ..._em_imaging.nominal_defocus_max / _em_imaging.nominal_defocus_min / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.42019年4月24日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - representative helical assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2867
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2867
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2867
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: NUCLEOPROTEIN
R: 5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2932
ポリマ－45,2932
非ポリマー00
水00
1
B: NUCLEOPROTEIN
R: 5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*CP)-3'
x 39


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,766,41778
ポリマ－1,766,41778
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation38
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 39 / Rise per n subunits: 4.015 Å / Rotation per n subunits: -29.173 °)

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要素

#1: タンパク質 NUCLEOPROTEIN


分子量: 43506.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NUCLEOPROTEIN WAS PARTIALLY DIGESTED WITH TRYPSIN
由来: (組換発現) MEASLES VIRUS STRAIN HALLE (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P10050
#2: RNA鎖 5'-R(*CP*CP*CP*CP*CP*CP)-3'


分子量: 1786.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RECOMBINANT MEASLES NUCLEOPROTEIN-RNA HELICAL ASSEMBLY (NUCLEOCAPSID)
タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: IN 20 MM TRIHCL PH 7.5, 150 MM NACL / pH: 7.5 / 詳細: IN 20 MM TRIHCL PH 7.5, 150 MM NACL
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2013年7月1日
詳細: SPECIAL CARE WAS TAKEN TO PERFORM A COMA-FREE ALIGNMENT OF THE MICROSCOPE
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Cootモデルフィッティング
2MODELLERモデルフィッティング
3PHENIXモデルフィッティング
4UCSF Chimeraモデルフィッティング
5SPRING３次元再構成
CTF補正詳細: EACH PARTICLE
3次元再構成手法: WEIGHTED BACK-PROJECTION / 解像度: 4.3 Å / 粒子像の数: 228165 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.186 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.186 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD -2867. (DEPOSITION ID: 13046).
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--FLEXIBLE REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
原子モデル構築PDB-ID: 2WJ8

2wj8


Accession code: 2WJ8 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 4.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 4.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2953 120 0 0 3073

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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