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- PDB-4csu: Cryo-EM structures of the 50S ribosome subunit bound with ObgE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4csu
タイトルCryo-EM structures of the 50S ribosome subunit bound with ObgE
要素
  • (50S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 30
  • 23S RRNA
  • 5S RRNA
  • GTPASE OBGE/CGTA
キーワードRIBOSOME / (P)PPGPP / OBG / RIBOSOME ASSEMBLY / STRINGENT RESPONSE / GTPASE
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl ribonucleotide binding / dormancy process / negative regulation of ribosome biogenesis / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...guanyl ribonucleotide binding / dormancy process / negative regulation of ribosome biogenesis / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / transcriptional attenuation / positive regulation of ribosome biogenesis / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / translational termination / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosome assembly / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / chromosome segregation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / GDP binding / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome binding / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GTP1/OBG, conserved site / GTP1/OBG family signature. / GTP1/OBG domain / GTP-binding protein Obg/CgtA / GTP1/OBG domain superfamily / OBG-type GTPase / GTP1/OBG / Obg domain profile. / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. ...GTP1/OBG, conserved site / GTP1/OBG family signature. / GTP1/OBG domain / GTP-binding protein Obg/CgtA / GTP1/OBG domain superfamily / OBG-type GTPase / GTP1/OBG / Obg domain profile. / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / 50S ribosome-binding GTPase / Ribosomal protein L1, bacterial-type / GTP binding domain / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / L28p-like / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L20
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / GTPase ObgE/CgtA / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Feng, B. / Mandava, C.S. / Guo, Q. / Wang, J. / Cao, W. / Li, N. / Zhang, Y. / Zhang, Y. / Wang, Z. / Wu, J. ...Feng, B. / Mandava, C.S. / Guo, Q. / Wang, J. / Cao, W. / Li, N. / Zhang, Y. / Zhang, Y. / Wang, Z. / Wu, J. / Sanyal, S. / Lei, J. / Gao, N.
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2014
タイトル: Structural and functional insights into the mode of action of a universally conserved Obg GTPase.
著者: Boya Feng / Chandra Sekhar Mandava / Qiang Guo / Jie Wang / Wei Cao / Ningning Li / Yixiao Zhang / Yanqing Zhang / Zhixin Wang / Jiawei Wu / Suparna Sanyal / Jianlin Lei / Ning Gao /
要旨: Obg proteins are a family of P-loop GTPases, conserved from bacteria to human. The Obg protein in Escherichia coli (ObgE) has been implicated in many diverse cellular functions, with proposed ...Obg proteins are a family of P-loop GTPases, conserved from bacteria to human. The Obg protein in Escherichia coli (ObgE) has been implicated in many diverse cellular functions, with proposed molecular roles in two global processes, ribosome assembly and stringent response. Here, using pre-steady state fast kinetics we demonstrate that ObgE is an anti-association factor, which prevents ribosomal subunit association and downstream steps in translation by binding to the 50S subunit. ObgE is a ribosome dependent GTPase; however, upon binding to guanosine tetraphosphate (ppGpp), the global regulator of stringent response, ObgE exhibits an enhanced interaction with the 50S subunit, resulting in increased equilibrium dissociation of the 70S ribosome into subunits. Furthermore, our cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the 50S·ObgE·GMPPNP complex indicates that the evolutionarily conserved N-terminal domain (NTD) of ObgE is a tRNA structural mimic, with specific interactions with peptidyl-transferase center, displaying a marked resemblance to Class I release factors. These structural data might define ObgE as a specialized translation factor related to stress responses, and provide a framework towards future elucidation of functional interplay between ObgE and ribosome-associated (p)ppGpp regulators. Together with published data, our results suggest that ObgE might act as a checkpoint in final stages of the 50S subunit assembly under normal growth conditions. And more importantly, ObgE, as a (p)ppGpp effector, might also have a regulatory role in the production of the 50S subunit and its participation in translation under certain stressed conditions. Thus, our findings might have uncovered an under-recognized mechanism of translation control by environmental cues.
履歴
登録2014年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年8月2日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / em_software / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "KA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "KA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "WA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2605
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L28
1: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29
2: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30
3: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32
4: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
5: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1
6: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34
7: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35
8: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36
9: GTPASE OBGE/CGTA
A: 5S RRNA
B: 23S RRNA
C: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2
D: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3
E: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4
F: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5
G: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6
H: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L9
I: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11
J: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13
K: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14
L: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15
M: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16
N: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17
O: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18
P: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19
Q: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20
R: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21
S: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22
T: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23
U: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24
W: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25
Y: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,422,77733
ポリマ－1,422,77733
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 30種, 30分子 012345678CDEFGHIJKLMNOPQRSTUWY

#1: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L28


分子量: 8896.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7M2
#2: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7M6
#3: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0AG51
#4: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7N4
#5: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33


分子量: 6257.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7N9
#6: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1


分子量: 24765.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7L0
#7: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34 / RIBOSOMAL PROTEIN A


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7P5
#8: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7Q1
#9: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36 / RIBOSOMAL PROTEIN B


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7Q6
#13: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2


分子量: 29792.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P60422
#14: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P60438
#15: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P60723
#16: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5


分子量: 20202.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P62399
#17: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6


分子量: 18801.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0AG55
#18: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7R1
#19: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11


分子量: 14763.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7J7
#20: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0AA10
#21: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0ADY3
#22: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15


分子量: 14877.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P02413
#23: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0ADY7
#24: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0AG44
#25: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18


分子量: 12663.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0C018
#26: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7K6
#27: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7L3
#28: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0AG48
#29: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P61175
#30: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0ADZ0
#31: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24


分子量: 11208.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P60624
#32: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P68919
#33: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27


分子量: 9015.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7L8

-
タンパク質 , 1種, 1分子 9

#10: タンパク質 GTPASE OBGE/CGTA / GTP-BINDING PROTEIN OBG / OBGE


分子量: 43340.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P42641

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#11: RNA鎖 5S RRNA


分子量: 38177.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12
#12: RNA鎖 23S RRNA


分子量: 941306.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 50S RIBOSOME BOUND WITH OBGE / タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: 20MM TRIS-HCL, 100MM NH4CL,10MM MGCL2 / pH: 7.5 / 詳細: 20MM TRIS-HCL, 100MM NH4CL,10MM MGCL2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2011年7月27日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 2000

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1MDFFモデルフィッティング
2RELION３次元再構成
CTF補正詳細: INDIVIDUAL PARTICLES
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: REFERENCE PROJECTIONS / 解像度: 5.5 Å / 粒子像の数: 102814 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.5 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.5 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2605. (DEPOSITION ID: 12315)
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
原子モデル構築PDB-ID: 3OFC

3ofc
PDB 未公開エントリ


Accession code: 3OFC / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 5.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 5.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29853 64772 0 0 94625

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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