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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cms | ||||||
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タイトル | X-RAY ANALYSES OF ASPARTIC PROTEINASES IV. STRUCTURE AND REFINEMENT AT 2.2 ANGSTROMS RESOLUTION OF BOVINE CHYMOSIN | ||||||
要素 | CHYMOSIN B | ||||||
キーワード | HYDROLASE (ACID PROTEINASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Newman, M. / Frazao, C. / Khan, G. / Tickle, I.J. / Blundell, T.L. / Safro, M. / Andreeva, N. / Zdanov, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: X-ray analyses of aspartic proteinases. IV. Structure and refinement at 2.2 A resolution of bovine chymosin. 著者: Newman, M. / Safro, M. / Frazao, C. / Khan, G. / Zdanov, A. / Tickle, I.J. / Blundell, T.L. / Andreeva, N. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990 タイトル: Engineering Enzyme Sub-Site Specificity: Preparation, Kinetic Characterization and X-Ray Analysis at 2.0-Angstroms Resolution of Val111Phe Site-Mutated Calf Chymosin 著者: Strop, P. / Sedlacek, J. / Stys, J. / Kaderabkova, Z. / Blaha, I. / Pavlickova, L. / Pohl, J. / Fabry, M. / Kostka, V. / Newman, M. / Frazao, C. / Shearer, A. / Tickle, I.J. / Blundell, T.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cms.cif.gz | 70 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cms.ent.gz | 54.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cms.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4cms_validation.pdf.gz | 373.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4cms_full_validation.pdf.gz | 391 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4cms_validation.xml.gz | 10.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4cms_validation.cif.gz | 14.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/4cms ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/4cms | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE PRO 23 IS A CIS-PROLINE. 2: THESE RESIDUES ARE IN POORLY DEFINED REGIONS IN THE ELECTRON DENSITY MAP: GLY -2 TO VAL 1, ASN 8 TO GLN 13, ASN 158 TO SER 163, GLN 239 TO GLU 244, GLN 277 TO PHE 281, AND GLU 289 TO GLN 297. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35672.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00794, chymosin |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.12 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 6 ℃ / pH: 6 / 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 16823 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.089 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: RESTRAIN / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 2 詳細: THE QUANTITY PRESENTED IN THE TEMPERATURE FACTOR FIELD IS U.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 13089 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.158 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: p_plane_restr / Dev ideal: 0.007 |