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万見
- PDB-4bbl: Cryo-electron microscopy reconstruction of the helical part of in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bbl
タイトルCryo-electron microscopy reconstruction of the helical part of influenza A virus ribonucleoprotein isolated from virions.
要素
  • NUCLEOPROTEIN
  • RNA
キーワードNUCLEAR PROTEIN / NUCLEOCAPSID
機能・相同性
機能・相同性情報


negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Nucleoprotein / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18 Å
Model type detailsP ATOMS ONLY, CHAIN Y, Z
データ登録者Arranz, R. / Coloma, R. / Chichon, F.J. / Conesa, J.J. / Carrascosa, J.L. / Valpuesta, J.M. / Ortin, J. / Martin-Benito, J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: The structure of native influenza virion ribonucleoproteins.
著者: Rocío Arranz / Rocío Coloma / Francisco Javier Chichón / José Javier Conesa / José L Carrascosa / José M Valpuesta / Juan Ortín / Jaime Martín-Benito /
要旨: The influenza viruses cause annual epidemics of respiratory disease and occasional pandemics, which constitute a major public-health issue. The segmented negative-stranded RNAs are associated with ...The influenza viruses cause annual epidemics of respiratory disease and occasional pandemics, which constitute a major public-health issue. The segmented negative-stranded RNAs are associated with the polymerase complex and nucleoprotein (NP), forming ribonucleoproteins (RNPs), which are responsible for virus transcription and replication. We describe the structure of native RNPs derived from virions. They show a double-helical conformation in which two NP strands of opposite polarity are associated with each other along the helix. Both strands are connected by a short loop at one end of the particle and interact with the polymerase complex at the other end. This structure will be relevant for unraveling the mechanisms of nuclear import of parental virus RNPs, their transcription and replication, and the encapsidation of progeny RNPs into virions.
履歴
登録2012年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22015年9月16日Group: Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.32017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2205
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOPROTEIN
B: NUCLEOPROTEIN
C: NUCLEOPROTEIN
D: NUCLEOPROTEIN
E: NUCLEOPROTEIN
F: NUCLEOPROTEIN
G: NUCLEOPROTEIN
H: NUCLEOPROTEIN
I: NUCLEOPROTEIN
J: NUCLEOPROTEIN
K: NUCLEOPROTEIN
L: NUCLEOPROTEIN
M: NUCLEOPROTEIN
N: NUCLEOPROTEIN
O: NUCLEOPROTEIN
P: NUCLEOPROTEIN
Q: NUCLEOPROTEIN
R: NUCLEOPROTEIN
S: NUCLEOPROTEIN
T: NUCLEOPROTEIN
U: NUCLEOPROTEIN
V: NUCLEOPROTEIN
W: NUCLEOPROTEIN
X: NUCLEOPROTEIN
Y: RNA
Z: RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,551,85326
ポリマ－1,551,85326
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 ...
NUCLEOPROTEIN / NUCLEOCAPSID PROTEIN / PROTEIN N


分子量: 56806.047 Da / 分子数: 24 / 断片: RESIDUES 8-498 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
株: A/WSN/33 (H1N1)
解説: CRYOEM MAP FROM A/WSN/33 STRAND (H1N1). DOCKED PDB ID 2IQH.
細胞株 (発現宿主): MDCK / 発現宿主: CANIS LUPUS FAMILIARIS (イヌ) / 参照: UniProt: P15682, UniProt: Q1K9H2*PLUS
#2: RNA鎖 RNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 94253.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
株: A/WSN/33 (H1N1)
解説: CRYOEM MAP FROM A/WSN/33 STRAND (H1N1). DOCKED PDB ID 2IQH.
細胞株 (発現宿主): MDCK / 発現宿主: CANIS LUPUS FAMILIARIS (イヌ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: NATIVE INFLUENZA A VIRUS RIBONUCLEOPROTEIN (STRAIN A WSN 33, H1N1)
タイプ: COMPLEX / 詳細: MICROGRAPHS SELECTED BY CTF QUALITY.
緩衝液名称: 50MM TRIS-HCL,100MM KCL, 5MM MGCL2,0.5% IGEPAL,150MM IMIDAZOLE
pH: 8
詳細: 50MM TRIS-HCL,100MM KCL, 5MM MGCL2,0.5% IGEPAL,150MM IMIDAZOLE
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結装置: LEICA EM CPC / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- LEICA EM CPC, METHOD- BLOT FOR 2 SECONDS BEFORE PLUNGING,

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2011年1月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 65000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.26 mm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 559
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Situsモデルフィッティング
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3IHRSR３次元再構成
4SPIDER３次元再構成
5Xmipp３次元再構成
CTF補正詳細: EACH PLATE
3次元再構成手法: ITERATIVE HELICAL REAL SPACE RECONSTRUCTION PROTOCOL
解像度: 18 Å / 粒子像の数: 876 / ピクセルサイズ（公称値）: 4.42 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 4.42 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2205.(DEPOSITION ID: 10953).
対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: VOLUMETRIC / 詳細: METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
原子モデル構築PDB-ID: 2IQH

2iqh


Accession code: 2IQH / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数78285 616 0 0 78901

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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