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万見
- EMDB-2207: Negative stained electron microscopy reconstruction of the viral ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2207
タイトルNegative stained electron microscopy reconstruction of the viral polymerase of influenza A virus ribonucleoprotein isolated from virions. Conformation 1.
マップデータInfluenza virus polymerase. Conformation 1.
試料
  • 試料: Native influenza A virus ribonucleoprotein (STRAIN A/WSN/33, H1N1). Polymerase end. Conformation 1.
  • タンパク質・ペプチド: PB1
  • タンパク質・ペプチド: PA
  • タンパク質・ペプチド: PB2
  • タンパク質・ペプチド: nucleoprotein
  • RNA: RNA
キーワードInfluenza / ribonucleoprotein / polymerase / RNA polymerase / nucleoprotein / negative stained electron microscopy / RNA.
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Arranz R / Coloma R / Chichon FJ / Conesa JJ / Carrascosa JL / Valpuesta JM / Ortin J / Martin-Benito J
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: The structure of native influenza virion ribonucleoproteins.
著者: Rocío Arranz / Rocío Coloma / Francisco Javier Chichón / José Javier Conesa / José L Carrascosa / José M Valpuesta / Juan Ortín / Jaime Martín-Benito /
要旨: The influenza viruses cause annual epidemics of respiratory disease and occasional pandemics, which constitute a major public-health issue. The segmented negative-stranded RNAs are associated with ...The influenza viruses cause annual epidemics of respiratory disease and occasional pandemics, which constitute a major public-health issue. The segmented negative-stranded RNAs are associated with the polymerase complex and nucleoprotein (NP), forming ribonucleoproteins (RNPs), which are responsible for virus transcription and replication. We describe the structure of native RNPs derived from virions. They show a double-helical conformation in which two NP strands of opposite polarity are associated with each other along the helix. Both strands are connected by a short loop at one end of the particle and interact with the polymerase complex at the other end. This structure will be relevant for unraveling the mechanisms of nuclear import of parental virus RNPs, their transcription and replication, and the encapsidation of progeny RNPs into virions.
履歴
登録2012年9月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年10月10日-
マップ公開2012年12月5日-
更新2013年1月9日-
現状2013年1月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

2207_image_E...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2207.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Influenza virus polymerase. Conformation 1.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.24 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.023 / ムービー #1: 0.023
最小 - 最大-0.04471319 - 0.0796918
平均 (標準偏差)0.00070886 (±0.01256026)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 271.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.244.244.24
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z271.360271.360271.360
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-0.0450.0800.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Native influenza A virus ribonucleoprotein (STRAIN A/WSN/33, H1N1...

全体名称: Native influenza A virus ribonucleoprotein (STRAIN A/WSN/33, H1N1). Polymerase end. Conformation 1.
要素
  • 試料: Native influenza A virus ribonucleoprotein (STRAIN A/WSN/33, H1N1). Polymerase end. Conformation 1.
  • タンパク質・ペプチド: PB1
  • タンパク質・ペプチド: PA
  • タンパク質・ペプチド: PB2
  • タンパク質・ペプチド: nucleoprotein
  • RNA: RNA

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超分子 #1000: Native influenza A virus ribonucleoprotein (STRAIN A/WSN/33, H1N1...

超分子名称: Native influenza A virus ribonucleoprotein (STRAIN A/WSN/33, H1N1). Polymerase end. Conformation 1.
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 5

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分子 #1: PB1

分子名称: PB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: PB1 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/WSN/33 (H1N1)
分子量実験値: 86 KDa / 理論値: 86 KDa

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分子 #2: PA

分子名称: PA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: PA / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/WSN/33 (H1N1)
分子量実験値: 83 KDa / 理論値: 83 KDa

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分子 #3: PB2

分子名称: PB2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: PB2 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/WSN/33 (H1N1)
分子量実験値: 86 KDa / 理論値: 86 KDa

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分子 #4: nucleoprotein

分子名称: nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: nucleoprotein / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/WSN/33 (H1N1)
分子量理論値: 56 KDa

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分子 #5: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 5 / Name.synonym: RNA / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: 50mM Tris-HCl, 100mM KCl, 5mM MgCl2, 0.5% Igepal, 150mM imidazole
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Samples were applied to one side of a carbon coated Cu/Rh grid and stained on 2% w/v uranyl acetate for 90 seconds.
グリッド詳細: Freshly carbon coated, glow discharged for 15 seconds.
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2011年5月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 1024 / 詳細: downsampling factor 2. / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 65000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each plate
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: XMIPP / 使用した粒子像数: 7074

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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