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- EMDB-2394: Architecture of an RNA polymerase II transcription pre-initiation... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2394
タイトルArchitecture of an RNA polymerase II transcription pre-initiation complex
マップデータReconstruction of RNA polymerase II transcription pre-initiation complex
試料
  • 試料: RNA polymerase II transcription pre-initiation complex
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II transcription pre-initiation complex
キーワードRNA Polymerase II / Transcription / Transcription Initiation Factors / Yeast / TFIIA / TFIIB / TBP / TFIIE / TFIIF / TFIIH / TFIIS
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Murakami K / Elmlund H / Kalisman N / Bushnell DA / Adams CM / Azubel M / Elmlund D / Levi-Kalisman Y / Liu X / Levitt M / Kornberg RD
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Architecture of an RNA polymerase II transcription pre-initiation complex.
著者: Kenji Murakami / Hans Elmlund / Nir Kalisman / David A Bushnell / Christopher M Adams / Maia Azubel / Dominika Elmlund / Yael Levi-Kalisman / Xin Liu / Brian J Gibbons / Michael Levitt / Roger D Kornberg /
要旨: The protein density and arrangement of subunits of a complete, 32-protein, RNA polymerase II (pol II) transcription pre-initiation complex (PIC) were determined by means of cryogenic electron ...The protein density and arrangement of subunits of a complete, 32-protein, RNA polymerase II (pol II) transcription pre-initiation complex (PIC) were determined by means of cryogenic electron microscopy and a combination of chemical cross-linking and mass spectrometry. The PIC showed a marked division in two parts, one containing all the general transcription factors (GTFs) and the other pol II. Promoter DNA was associated only with the GTFs, suspended above the pol II cleft and not in contact with pol II. This structural principle of the PIC underlies its conversion to a transcriptionally active state; the PIC is poised for the formation of a transcription bubble and descent of the DNA into the pol II cleft.
履歴
登録2013年6月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年6月19日-
マップ公開2013年10月2日-
更新2013年11月20日-
現状2013年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 60000
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 60000
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2394.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2394.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of RNA polymerase II transcription pre-initiation complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.85 Å/pix.
x 200 pix.
= 370. Å		1.85 Å/pix.
x 200 pix.
= 370. Å		1.85 Å/pix.
x 200 pix.
= 370. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 125000.0 / ムービー #1: 60000
最小 - 最大-836502.8125 - 3397460.75
平均 (標準偏差)16963.73046875 (±128061.1953125)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 370.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.851.851.85
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z370.000370.000370.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-836502.8123397460.75016963.730

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RNA polymerase II transcription pre-initiation complex

全体名称: RNA polymerase II transcription pre-initiation complex
要素
  • 試料: RNA polymerase II transcription pre-initiation complex
  • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II transcription pre-initiation complex

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超分子 #1000: RNA polymerase II transcription pre-initiation complex

超分子名称: RNA polymerase II transcription pre-initiation complex
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 32
分子量実験値: 1.5 MDa / 理論値: 1.5 MDa

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分子 #1: RNA polymerase II transcription pre-initiation complex

分子名称: RNA polymerase II transcription pre-initiation complex
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: PIC / 詳細: including HIS4(-81/+1) template DNA / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nucleus
分子量実験値: 1.5 MDa / 理論値: 1.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
詳細: 20mM HEPES, 5mM DTT, 2mM magnesium acetate, 30 mM potassium acetate
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: 20 ul of fixed sample was dialyzed for 2 hours to remove glycerol. 3 ul were transferred to a grid and flash frozen in liquid ethane with a Vitrobot.
グリッド詳細: Quantifoil was glow-discharged using a Harrick Plasma Cleaner
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: blot time 3 sec, waiting 10sec, force 9

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 80 K / 最高: 105 K / 平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 81,000 times magnification
日付2010年6月25日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
平均電子線量: 15 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 81000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細PIC particles were windowed semi-automatically using the EMAN program Boxer
CTF補正詳細: frame
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SIMPLE / 使用した粒子像数: 433916

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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