PDB-4zwz: Engineered Carbonic Anhydrase IX mimic in complex with a glucosyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zwz

タイトル

Engineered Carbonic Anhydrase IX mimic in complex with a glucosyl sulfamate inhibitor

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / Carbonic Anhydrase IX mimic / glucosyl sulfamate / inhibitor complex. / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Mahon, B.P. / Lomelino, C.L. / Driscoll, J.M. / McKenna, R.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Mapping Selective Inhibition of the Cancer-Related Carbonic Anhydrase IX Using Structure-Activity Relationships of Glucosyl-Based Sulfamates.
著者: Mahon, B.P. / Lomelino, C.L. / Ladwig, J. / Rankin, G.M. / Driscoll, J.M. / Salguero, A.L. / Pinard, M.A. / Vullo, D. / Supuran, C.T. / Poulsen, S.A. / McKenna, R.

履歴

登録	2015年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月9日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zwz.cif.gz	130.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zwz.ent.gz	97.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zwz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zwz_validation.pdf.gz	811.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zwz_full_validation.pdf.gz	814.7 KB	表示
XML形式データ	4zwz_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	4zwz_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/4zwz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/4zwz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zwxC 4zwyC 4zx0C 4zx1C 3ks3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6e92-d 5g0b-d 3hkt-d 3m67-d 4r59-d 4riv-d 4bf6-d 2ax2-d 6nj2-2 1cim-d 6uzu-d 6ugo-d 4ywp-d 5sz0-d 4dz7-d 2nxt-d 6yhb-d 2hoc-d 1cng-d 4q7v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.695, 41.096, 71.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.740, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 28844.465 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 4-260 / 変異: A65S, N67Q, E69T, I91L, F131V, K170E, L204A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 糖	ChemComp-510 / methyl (2S,4R)-1-[(2S,3R,4R,5S,6S)-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]sulfonyl-4-sulfamoyloxy-pyrrolidine-2-carbox ylate タイプ: L-saccharide / 分子量: 450.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₂N₂O₁₂S₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.6 M sodium citrate, 50 mM Tris-HCl pH 7.8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年3月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.62→20 Å / Num. obs: 27416 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 14.83 Å² / R_merge(I) obs: 0.043 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.05 / Χ²: 0.785 / Net I/av σ(I): 24.343 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 96724

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.62-1.65	3.5	0.644	1512	0.746	0.373	0.748	0.472	99.9
1.65-1.68	3.5	0.556	1516	0.764	0.317	0.643	0.503	99.9
1.68-1.71	3.6	0.457	1481	0.822	0.259	0.528	0.532	99.9
1.71-1.75	3.5	0.382	1524	0.876	0.216	0.441	0.525	99.4
1.75-1.78	3.5	0.347	1480	0.884	0.197	0.401	0.659	97.8
1.78-1.82	3.5	0.262	1465	0.916	0.15	0.303	0.687	97.5
1.82-1.87	3.5	0.209	1432	0.947	0.119	0.242	0.613	96
1.87-1.92	3.6	0.165	1439	0.961	0.095	0.191	0.646	94.2
1.92-1.98	3.6	0.139	1356	0.97	0.081	0.162	0.694	89.9
1.98-2.04	3.7	0.115	1346	0.979	0.066	0.134	0.668	89.1
2.04-2.11	3.7	0.089	1295	0.987	0.051	0.103	0.9	84.9
2.11-2.2	3.6	0.068	1246	0.99	0.039	0.079	0.833	82.8
2.2-2.3	3.7	0.059	1210	0.993	0.033	0.068	0.856	79.8
2.3-2.42	3.6	0.045	1193	0.995	0.026	0.052	0.76	78.3
2.42-2.57	3.5	0.043	1167	0.996	0.024	0.049	0.702	76.7
2.57-2.77	3.3	0.051	1206	0.994	0.029	0.059	2.321	78.9
2.77-3.05	3.1	0.035	1266	0.994	0.021	0.041	1.012	83.1
3.05-3.48	3.2	0.034	1419	0.994	0.022	0.041	1.031	91.8
3.48-4.38	3.4	0.03	1347	0.996	0.019	0.036	0.969	87.6
4.38-20	3.8	0.025	1516	0.998	0.015	0.029	0.825	95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KS3

3ks3

解像度: 1.62→19.749 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2113	1300	5.04 %	random selection
R_work	0.1607	35085	-	-
obs	0.1633	27416	61.89 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.35 Å² / B_iso mean: 21.6383 Å² / B_iso min: 8.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.62→19.749 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2042	0	37	232	2311
B_iso mean	-	-	47.07	30.06	-
残基数	-	-	-	-	257

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2180
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.19	2972
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	322
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	377
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.314	792

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.62-1.6531	0.2685	94	0.2365	1808	1902	41
1.6531-1.7017	0.3108	111	0.2185	2165	2276	50
1.7017-1.7566	0.2859	117	0.2221	2203	2320	50
1.7566-1.8193	0.2257	116	0.2112	2169	2285	50
1.8193-1.8921	0.2132	114	0.1855	2168	2282	50
1.8921-1.9782	0.2122	113	0.1702	2224	2337	51
1.9782-2.0824	0.1981	134	0.1625	2589	2723	59
2.0824-2.2127	0.2018	175	0.1516	3083	3258	71
2.2127-2.3832	0.2184	165	0.1603	3123	3288	72
2.3832-2.6226	0.2528	158	0.1703	3069	3227	70
2.6226-3.0009	0.2342	167	0.1729	3059	3226	70
3.0009-3.7765	0.2308	198	0.1485	3530	3728	81
3.7765-19.7501	0.1539	202	0.136	3895	4097	89

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 11.8569 Å / Origin y: -1.4328 Å / Origin z: 15.8297 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1072 Å²	0.0009 Å²	0.0044 Å²	-	0.1045 Å²	0.002 Å²	-	-	0.103 Å²
L	0.6524 °²	-0.114 °²	0.1773 °²	-	0.4703 °²	-0.1142 °²	-	-	0.3472 °²
S	-0.0191 Å °	-0.0003 Å °	0.0281 Å °	-0.0209 Å °	0.0239 Å °	0.005 Å °	-0.0163 Å °	0.0307 Å °	-0 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	4 - 261
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	262
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1 - 118
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	120 - 240
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	2
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	3

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