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- PDB-4r59: A Carbonic Anhydrase IX Mimic in Complex with a Carbohydrate-Base... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r59
タイトルA Carbonic Anhydrase IX Mimic in Complex with a Carbohydrate-Based Sulfamate
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE / Carbonic Anhydrase IX Mimic
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of intracellular pH / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3J3 / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Mahon, B.P. / McKenna, R.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural Insights into Carbonic Anhydrase IX Isoform Specificity of Carbohydrate-Based Sulfamates.
著者: Moeker, J. / Mahon, B.P. / Bornaghi, L.F. / Vullo, D. / Supuran, C.T. / McKenna, R. / Poulsen, S.A.
履歴
登録2014年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_conn_angle ...chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7654
ポリマ－29,2011
非ポリマー5643
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.953, 41.224, 71.951
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 29200.887 Da / 分子数: 1 / 変異: A65S, N67Q, E69T, I91L, F131V, K170E, L204A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 糖 ChemComp-3J3 / (1R)-1,5-anhydro-1-{[4-(sulfamoyloxy)piperidin-1-yl]sulfonyl}-D-galactitol


タイプ: D-saccharide / 分子量: 406.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22N2O10S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 1.6 M Sodium Citrate, 50mM Tris-HCl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→19.9 Å / Num. obs: 35999 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.07
反射 シェル解像度: 1.64→1.68 Å / % possible all: 87.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3KS3

3ks3


解像度: 1.65→19.88 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 1266 5 %
Rwork0.157 --
obs0.159 25331 87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2052 0 32 206 2290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072236
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0963055
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.28818
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005390
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.69190.3444910.28171736X-RAY DIFFRACTION42
1.6919-1.74170.2724930.23921855X-RAY DIFFRACTION45
1.7417-1.79780.3014940.21861889X-RAY DIFFRACTION46
1.7978-1.86210.24181000.21411880X-RAY DIFFRACTION46
1.8621-1.93660.26381040.19071932X-RAY DIFFRACTION47
1.9366-2.02460.23121090.17661998X-RAY DIFFRACTION48
2.0246-2.13120.21471080.1662066X-RAY DIFFRACTION50
2.1312-2.26460.16641250.15692415X-RAY DIFFRACTION58
2.2646-2.43920.20671750.1513062X-RAY DIFFRACTION74
2.4392-2.68410.23021890.163628X-RAY DIFFRACTION88
2.6841-3.07120.19572040.16283903X-RAY DIFFRACTION94
3.0712-3.86480.19452030.13893892X-RAY DIFFRACTION94
3.8648-19.87960.17452050.133943X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.1587 Å / Origin y: -1.1156 Å / Origin z: 85.6781 Å
111213212223313233
T0.0757 Å20.0073 Å20.0038 Å2-0.0727 Å2-0.0018 Å2--0.0757 Å2
L0.4136 °20.0479 °20.138 °2-0.2481 °2-0.1146 °2--0.2866 °2
S-0.0137 Å °-0.0027 Å °0.0249 Å °-0.0012 Å °0.0185 Å °0.0045 Å °0.0009 Å °0.0263 Å °0.0072 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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