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万見
- PDB-6yh7: Crystal structure of chimeric carbonic anhydrase XII with 3-[(1S)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yh7
タイトルCrystal structure of chimeric carbonic anhydrase XII with 3-[(1S)-2,3-Dihydro-1H-inden-1-ylamino]-2,5,6-trifluoro-4-[(2-hydroxyethyl)sulfonyl]benzenesulfonamide
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE / drug design / carbonic anhydrase / benzenesulfonamide / metal-binding / lyase-lyase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5EF / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Smirnov, A. / Manakova, E. / Grazulis, S.
引用ジャーナル: Chemistryopen / 年: 2021
タイトル: Switching the Inhibitor-Enzyme Recognition Profile via Chimeric Carbonic Anhydrase XII.
著者: Smirnoviene, J. / Smirnov, A. / Zaksauskas, A. / Zubriene, A. / Petrauskas, V. / Mickeviciute, A. / Michailoviene, V. / Capkauskaite, E. / Manakova, E. / Grazulis, S. / Baranauskiene, L. / ...著者: Smirnoviene, J. / Smirnov, A. / Zaksauskas, A. / Zubriene, A. / Petrauskas, V. / Mickeviciute, A. / Michailoviene, V. / Capkauskaite, E. / Manakova, E. / Grazulis, S. / Baranauskiene, L. / Chen, W.Y. / Ladbury, J.E. / Matulis, D.
履歴
登録2020年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2655
ポリマ－29,2211
非ポリマー1,0444
水5,116284
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area11250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.786, 40.969, 71.267
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 29220.879 Da / 分子数: 1 / 変異: A65S, N67K, I91T, F130A, V134S, L203N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-5EF / 3-[(1S)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ylamino]-2,5,6-trifluoro-4-[(2-hydroxyethyl)sulfonyl]benzenesulfonamide


分子量: 450.452 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17F3N2O5S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystallization buffer was 0.1M sodium BICINE, pH 9, 0.2 M ammonium sulfate and 2M sodium malonate pH 7 made from 1M sodium BICINE and 3.4M sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→40.969 Å / Num. all: 87438 / Num. obs: 87438 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.7 % / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.064 / Rsym value: 0.051 / Net I/av σ(I): 5.9 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 407845
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.12-1.183.70.3422.142710115770.2120.4210.3423.188.8
1.18-1.2540.2692.746934116660.160.330.2693.994.2
1.25-1.344.80.2183.355497115720.1180.2630.2185.199
1.34-1.454.90.1464.952508107440.0810.1820.1466.698.9
1.45-1.584.90.09974831999320.0570.1260.0998.899.2
1.58-1.775.10.0768.54566889780.0430.0970.07612.199.3
1.77-2.045.10.06104086479910.0340.0770.061799.4
2.04-2.55.10.05311.63423867310.0290.0660.05321.399.5
2.5-3.5450.04142653252720.0220.050.0424.899.5
3.54-40.9694.90.03313.51457529750.0180.040.0332799.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q09

4q09


解像度: 1.12→40.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU R Cruickshank DPI: 0.0326 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.034
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1629 8787 10.1 %RANDOM
Rwork0.1334 ---
obs0.1364 78541 96.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.28 Å2 / Biso mean: 17.513 Å2 / Biso min: 7.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å20 Å2-0.04 Å2
2---0.58 Å20 Å2
3---0.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.12→40.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2025 0 63 284 2372
Biso mean--24.74 30.13 -
残基数----257
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0122238
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1351.6753068
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9445277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.19623.868106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.42315354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.985157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3590.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.021759
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.11832238
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.1975154
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.9152296
LS精密化 シェル解像度: 1.12→1.149 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 549 -
Rwork0.19 5273 -
all-5822 -
obs--87.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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