PDB-4dz7: hCA II in complex with novel sulfonamide inhibitors Set D

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dz7

タイトル

hCA II in complex with novel sulfonamide inhibitors Set D

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / mixed a/b globular protein / interconversion of CO2 and bicarbonate / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.491 Å

データ登録者

Aggarwal, M. / McKenna, R.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: hCA II in complex with novel sulfonamide inhibitors Set D
著者: Aggarwal, M. / McKenna, R.

履歴

登録	2012年2月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2013年3月27日	ID: 3P25
改定 1.0	2013年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dz7.cif.gz	164.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dz7.ent.gz	129.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dz7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dz7_validation.pdf.gz	697.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dz7_full_validation.pdf.gz	699.5 KB	表示
XML形式データ	4dz7_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	4dz7_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/4dz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/4dz7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dz9C 3ks3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5sz0-d 4zwi-d 1z9y-d 5tfx-d 1if9-d 2eu2-d 3hkt-d 1ugd-d 2hoc-d 4bf6-d 6lv4-d 1cim-d 6luv-d 4pxx-d 6yhb-d 4xe1-d 7k6x-d 5ehv-d 6yma-d 6uzu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.289, 41.280, 72.056
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.13, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-D02 / methyl 1-(2,3,5,6-tetrafluoro-4-sulfamoylphenyl)-1H-1,2,3-triazole-4-carboxylate 分子量: 354.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₆F₄N₄O₄S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.93 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 1.6M Na-Citrate and 50 mM Tris-Cl at pH 7.8 used as precipitant solution. DMSO was used to dissolve the inhibitor, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年7月26日

放射

モノクロメーター: Varimax Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.49→50 Å / Num. all: 39684 / Num. obs: 38255 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Χ²: 0.77 / Net I/σ(I): 20.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.49-1.54	5.1	0.261	3569	1	1	90.1
1.54-1.61	5.3	0.213	3686	1.049	1	94
1.61-1.68	5.3	0.174	3734	1.048	1	94.8
1.68-1.77	5.4	0.142	3790	1.067	1	95.3
1.77-1.88	5.4	0.118	3779	0.967	1	96.6
1.88-2.02	5.4	0.092	3849	0.855	1	97
2.02-2.23	5.5	0.078	3879	0.603	1	98
2.23-2.55	5.5	0.066	3909	0.444	1	98.8
2.55-3.21	5.5	0.06	3978	0.397	1	99.4
3.21-50	5.4	0.06	4082	0.388	1	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CrystalClear		データ収集
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KS3

3ks3

解像度: 1.491→25.346 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / FOM work R set: 0.9198 / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1782	1895	4.95 %	Random
R_work	0.1564	-	-	-
obs	0.1574	38255	96.68 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.123 Å² / k_sol: 0.42 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.88 Å² / B_iso mean: 16.899 Å² / B_iso min: 4.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.0026 Å²	-0 Å²	0.0378 Å²
2-	-	-0.8785 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.8811 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.491→25.346 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	28	208	2285

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2188
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.371	2939
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	312
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	380
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.945	801

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.491-1.5281	0.3572	127	0.3699	2442	2569	91
1.5281-1.5694	0.2863	132	0.2778	2508	2640	93
1.5694-1.6156	0.2794	124	0.2174	2488	2612	95
1.6156-1.6678	0.1786	145	0.173	2538	2683	95
1.6678-1.7274	0.1329	130	0.1417	2575	2705	95
1.7274-1.7965	0.1674	127	0.1311	2570	2697	96
1.7965-1.8782	0.1831	131	0.1271	2583	2714	97
1.8782-1.9772	0.1427	130	0.1334	2617	2747	97
1.9772-2.101	0.1538	138	0.1348	2608	2746	98
2.101-2.2632	0.1957	133	0.1431	2636	2769	98
2.2632-2.4908	0.1488	142	0.1394	2669	2811	99
2.4908-2.8507	0.1719	145	0.1451	2682	2827	99
2.8507-3.59	0.1718	144	0.1487	2701	2845	100
3.59-25.3498	0.1839	147	0.1691	2778	2925	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -9.3491 Å / Origin y: -1.874 Å / Origin z: 15.8327 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0531 Å²	-0.0021 Å²	0.0014 Å²	-	0.0486 Å²	-0.0005 Å²	-	-	0.0539 Å²
L	0.3536 °²	-0.1122 °²	0.0597 °²	-	0.1864 °²	-0.058 °²	-	-	0.2825 °²
S	0.0027 Å °	-0.0288 Å °	0.0138 Å °	-0.017 Å °	-0.0018 Å °	0.003 Å °	0.0076 Å °	0.0126 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	4 - 261
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	262 - 607
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 303

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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