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- PDB-4zra: CRYSTAL STRUCTURE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS LPRG BINDING TO T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zra
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS LPRG BINDING TO TRIACYLGLYCERIDE
要素Lipoprotein LprG
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / LprG / lipoprotein / structural genomics / TB STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial extracellular vesicle / glycolipid binding / lipid transport / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / phosphatidylinositol binding / peptidoglycan-based cell wall / response to antibiotic / cell surface / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A - #20 / LppX/LprAFG lipoprotein family / LppX_LprAFG lipoprotein / outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / Clam / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tripalmitoylglycerol / Lipoarabinomannan carrier protein LprG
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Martinot, A.J. / Farrow, M. / Bai, L. / Layre, E. / Cheng, T.Y. / Tsai, J.H.C. / Iqbal, J. / Annand, J. / Sullivan, Z. / Hussain, M. ...Martinot, A.J. / Farrow, M. / Bai, L. / Layre, E. / Cheng, T.Y. / Tsai, J.H.C. / Iqbal, J. / Annand, J. / Sullivan, Z. / Hussain, M. / Sacchettini, J. / Moody, D.B. / Seeliger, J. / Rubin, E.J. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016
タイトル: Mycobacterial Metabolic Syndrome: LprG and Rv1410 Regulate Triacylglyceride Levels, Growth Rate and Virulence in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Martinot, A.J. / Farrow, M. / Bai, L. / Layre, E. / Cheng, T.Y. / Tsai, J.H. / Iqbal, J. / Annand, J.W. / Sullivan, Z.A. / Hussain, M.M. / Sacchettini, J. / Moody, D.B. / Seeliger, J.C. / Rubin, E.J.
履歴
登録2015年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月17日Group: Derived calculations
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein LprG
C: Lipoprotein LprG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7373
ポリマ－42,9302
非ポリマー8071
水4,666259
1
A: Lipoprotein LprG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2722
ポリマ－21,4651
非ポリマー8071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Lipoprotein LprG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4651
ポリマ－21,4651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.677, 71.593, 61.894
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.550, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-545-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 36 - 226 / Label seq-ID: 8 - 198

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2CB

-
要素

#1: タンパク質 Lipoprotein LprG / 27 kDa lipoprotein / Antigen P27


分子量: 21464.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: lprG, lpp-27, Rv1411c, MTCY21B4.28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WK45
#2: 化合物 ChemComp-4RF / Tripalmitoylglycerol / propane-1,2,3-triyl trihexadecanoate / トリパルミチン


分子量: 807.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H98O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium acetate buffer, PEG3350 / PH範囲: 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 35238 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.125 / Χ2: 2.323 / Net I/av σ(I): 35.838 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 330774
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.83-1.868.60.78517710.8040.2820.8360.74399.4
1.86-1.99.40.72717240.8680.2510.770.831100
1.9-1.939.70.61117810.9170.2070.6460.935100
1.93-1.979.80.51817170.9110.1750.5471.2100
1.97-2.019.80.43917630.940.1480.4631.256100
2.01-2.069.90.39317660.9540.1320.4141.556100
2.06-2.119.90.34517530.9610.1160.3641.707100
2.11-2.179.90.30117390.970.1020.3181.807100
2.17-2.239.90.2717550.9780.0910.2851.894100
2.23-2.319.90.24817690.9770.0840.2622.039100
2.31-2.399.80.22517670.9790.0770.2382.181100
2.39-2.489.80.21217510.9820.0720.2252.32100
2.48-2.69.80.18717490.9850.0640.1972.459100
2.6-2.739.70.15817620.9880.0540.1672.657100
2.73-2.99.50.12817600.9920.0440.1362.887100
2.9-3.139.30.1117720.9940.0380.1163.294100
3.13-3.448.90.09617740.9950.0340.1023.93100
3.44-3.948.50.08217670.9960.0290.0874.247100
3.94-4.978.20.07717860.9970.0280.0824.808100
4.97-507.40.07418120.9950.030.0815.00199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.83→30.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.199 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2344 1764 5 %RANDOM
Rwork0.2036 ---
obs0.2052 33474 98.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.44 Å2 / Biso mean: 34.501 Å2 / Biso min: 13.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å2-0 Å2-1.05 Å2
2--1.16 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→30.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2876 0 57 259 3192
Biso mean--58.09 37.9 -
残基数----390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.022988
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9141.9714071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.27536687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.325388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.64926.807119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.81515451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.252156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02610
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9939 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.16 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2C
LS精密化 シェル解像度: 1.826→1.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 113 -
Rwork0.253 2122 -
all-2235 -
obs--84.44 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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