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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zjt | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of Lymnaea stagnalis acetylcholine binding protein (LsAChBP) in complex with 2-Thiophenylmethylene Anabaseine (2TAB) | ||||||
要素 | Acetylcholine-binding protein | ||||||
キーワード | ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN / nicotinic / AChBP / receptor / Anabaseine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / synaptic cleft / response to nicotine / postsynapse / neuron projection / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Bobango, J. / Wu, J. / Talley, T.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: X-ray crystal structure of Lymnaea stagnalis acetylcholine binding protein (LsAChBP) in complex with 2-Thiophenylmethylene Anabaseine (2TAB) 著者: Bobango, J. / Wu, J. / Talley, T.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zjt.cif.gz | 434.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4zjt.ent.gz | 353.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zjt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/4zjt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zj/4zjt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24859.496 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 20-229 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P58154 #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-4P6 / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.35 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.26 M ammonium phosphate, 35% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 88 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月20日 |
回折測定 | 詳細: 1.00 degrees, 1.0 sec, detector distance 250.00 mm |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
Reflection | Av R equivalents: 0.077 / 数: 1708039 |
反射 | 解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 248133 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/av σ(I): 22.167 / Net I/σ(I): 23.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.77 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Mean I/σ(I) obs: 1.237 / Rsym value: 0.688 / % possible all: 68.5 |
Cell measurement | Reflection used: 1708039 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entries 1YI5, 1UV6, 1UW6, 1UX2, 2ZJU, 2ZJV 解像度: 1.85→49.985 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.57 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 77.68 Å2 / Biso mean: 26.4473 Å2 / Biso min: 12.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.85→49.985 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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