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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4z8d | ||||||
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タイトル | Antibacterial FabH Inhibitors with Validated Mode of Action in Haemophilus Influenzae by in vitro resistance mutation mapping | ||||||
要素 | 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 | ||||||
キーワード | Transferase/Transferase inhibitor / Beta-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) synthase III / carbamate / structure based drug design / fatty acid biosynthesis / Transferase-Transferase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Lahiri, S.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2016 タイトル: Antibacterial FabH Inhibitors with Mode of Action Validated in Haemophilus influenzae by in Vitro Resistance Mutation Mapping. 著者: McKinney, D.C. / Eyermann, C.J. / Gu, R.F. / Hu, J. / Kazmirski, S.L. / Lahiri, S.D. / McKenzie, A.R. / Shapiro, A.B. / Breault, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4z8d.cif.gz | 136.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4z8d.ent.gz | 106.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4z8d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4z8d_validation.pdf.gz | 900.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4z8d_full_validation.pdf.gz | 931.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4z8d_validation.xml.gz | 27.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4z8d_validation.cif.gz | 39.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/4z8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/4z8d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33547.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: fabH, Z1730, ECs1469 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A6R2, UniProt: P0A6R0*PLUS, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.63 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 25 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 1mM TCEP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→28.05 Å / Num. obs: 34795 / % possible obs: 84.1 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 14.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→25.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 3.729 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 64.39 Å2 / Biso mean: 15.267 Å2 / Biso min: 3.58 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→25.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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