PDB-4yrr: Crystal structure of T. cruzi Histidyl-tRNA synthetase in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yrr

タイトル

Crystal structure of T. cruzi Histidyl-tRNA synthetase in complex with N-(quinolin-3-yl)acetamide (Chem 1691)

要素

Histidyl-tRNA synthetase

キーワード

Ligase/Ligase inhibitor / ligase / aminoacyl-tRNA synthetase / aaRS / HisRS / Trypanosoma cruzi / protein-inhibitor complex / Ligase-Ligase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Koh, C.-Y. / Hol, W.G.J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2015
タイトル: A binding hotspot in Trypanosoma cruzi histidyl-tRNA synthetase revealed by fragment-based crystallographic cocktail screens.
著者: Koh, C.Y. / Siddaramaiah, L.K. / Ranade, R.M. / Nguyen, J. / Jian, T. / Zhang, Z. / Gillespie, J.R. / Buckner, F.S. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Hol, W.G.

履歴

登録	2015年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.2	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_nonpoly Item: _chem_comp.name / _citation.journal_abbrev ..._chem_comp.name / _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yrr.cif.gz	337 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yrr.ent.gz	270.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yrr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4yrr_validation.pdf.gz	505.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yrr_full_validation.pdf.gz	511.7 KB	表示
XML形式データ	4yrr_validation.xml.gz	32.2 KB	表示
CIF形式データ	4yrr_validation.cif.gz	45.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/4yrr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/4yrr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yp0C 4ypfC 4yrcC 4yreC 4yrfC 4yrgC 4yriC 4yrjC 4yrkC 4yrlC 4yrmC 4yrnC 4yroC 4yrpC 4yrqC 4yrsC 4yrtC 3lc0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4yrm-1 4yrs-1 3lc0-1 4yro-1 4yre-1 4yp0-1 4yrf-1 4yrt-1 3hri-1 4yri-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (7) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidyl-tRNA synthetase

B: Histidyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histidyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

B: Histidyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.007, 118.433, 93.809
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.200, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-672- HOH
2	1	B-702- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Histidyl-tRNA synthetase 分子量: 51185.590 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 45-478 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ) 株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053507019.40 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4DA54, histidine-tRNA ligase

#1: タンパク質

Histidyl-tRNA synthetase

分子量: 51185.590 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 45-478 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053507019.40 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4DA54, histidine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 6種, 240分子

#2: 化合物	ChemComp-HIS / HISTIDINE / ヒスチジン-N^α,3-ジカチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀N₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-691 / N-(quinolin-3-yl)acetamide / N-(3-キノリル)アセトアミド分子量: 186.210 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₀N₂O
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 23 % to 28 % PEG 3350, 0.1 M sodium citrate pH 4.8 to 5.3, 1 mM TCEP PH範囲: 4.8 to 5.3

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月20日

放射

モノクロメーター: VariMax HF (Osmic) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→36.15 Å / Num. obs: 43573 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.101 / R_pim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 161495 / Scaling rejects: 3

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
2.3-2.38	3.3	0.822	1.9	14058	4228	0.685	0.533	98.6
8.91-36.76	3.6	0.019	51.7	2694	754	1	0.012	96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
Aimless	0.2.17	データスケーリング
REFMAC	refmac_5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LC0

3lc0

解像度: 2.3→36.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 16.071 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2446	2227	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2172	-	-	-
obs	0.2186	41316	99.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.85 Å² / B_iso mean: 44.685 Å² / B_iso min: 14.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.84 Å²	0 Å²	0.1 Å²
2-	-	4.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→36.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6260	0	127	225	6612
B_iso mean	-	-	49.01	35.69	-
残基数	-	-	-	-	816

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	6521
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6174
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.079	1.962	8848
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.77	3	14115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.251	5	813
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.657	23.022	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.007	15	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.995	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	999
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	7598
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.616	2.022	3267
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.615	2.023	3268
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.083	3.039	4078

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	164	-
R_work	0.319	2999	-
all	-	3163	-
obs	-	-	98.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4531	0.1691	0.5738	0.8686	0.3333	3.9482	0.0141	-0.0264	-0.1935	0.0071	-0.0244	0.0048	0.4577	-0.3828	0.0103	0.1897	-0.0552	0.0385	0.0602	0.0212	0.2454	17.77	-0.953	27.743
2	4.2343	3.0647	-4.5819	3.736	-0.4881	10.4709	-0.3884	0.3698	-0.2773	0.2015	0.4141	-0.2691	1.6061	-0.2182	-0.0257	0.5859	-0.0628	-0.0859	0.0673	0.0416	0.3719	20.756	-18.008	33.444
3	1.1923	-0.3276	0.2138	0.6301	-0.0876	3.5151	-0.0242	-0.2134	-0.1736	0.0965	0.0645	-0.0371	0.4762	-0.2268	-0.0403	0.229	-0.0446	0.0084	0.0524	0.0218	0.2521	20.348	-0.689	43.355
4	9.1573	-0.114	-3.8787	0.2028	0.0596	1.667	-0.4036	0.9278	-0.4596	0.1307	0.2017	0.3264	0.2912	-0.4338	0.2019	0.6817	-0.1912	0.0938	0.4539	0.3616	0.6389	6.378	-16.411	55.365
5	2.279	-0.6818	0.394	0.8719	-0.4686	3.0993	-0.0084	-0.332	-0.1359	0.1091	0.0503	0.054	0.1911	-0.577	-0.0419	0.1668	-0.0403	0.0416	0.1669	0.0265	0.2248	13.611	2.829	49.826
6	3.4335	-0.4622	0.8205	2.4526	-0.1702	7.2224	-0.0126	0.1822	0.2747	-0.1594	0.0409	0.2228	-0.3368	-0.4885	-0.0283	0.2636	0.0336	-0.0104	0.062	0.0799	0.3231	15.513	19.039	-0.272
7	1.2836	1.0808	-2.2275	5.3107	-0.4593	7.1504	0.1019	0.1093	0.3557	-0.3478	-0.0134	0.2806	-1.4334	-0.5975	-0.0885	0.5025	0.1788	-0.1461	0.1156	0.073	0.4456	12.601	27.405	-0.299
8	1.4529	0.0226	0.6638	0.3445	-0.0115	3.6189	0.0223	0.0356	-0.1593	-0.0472	-0.0093	0.0345	0.4775	-0.1763	-0.013	0.2106	-0.0396	0.0357	0.0277	0.0039	0.2463	16.879	57.791	74.489
9	5.9238	1.4195	-2.9547	3.1016	0.9917	10.7697	-0.0649	0.065	-0.4128	-0.5598	0.2667	-0.1542	0.5702	0.2125	-0.2018	0.4829	-0.0187	-0.017	0.0279	0.0079	0.3049	20.209	40.581	78.731
10	1.2542	-0.088	0.1394	0.7008	-0.0552	3.6483	-0.0107	-0.1627	-0.0281	-0.0068	0.0136	-0.0332	0.3454	-0.0374	-0.0028	0.2108	-0.0024	0.0162	0.0528	-0.0047	0.2826	20.111	59.592	87.414
11	3.0379	1.0106	-3.5309	5.1752	-0.2425	4.3849	-0.4812	0.1644	-0.3319	0.2672	-0.025	0.2706	0.8868	-0.3263	0.5063	0.6193	-0.2744	0.1573	0.2424	0.0959	0.3407	9.767	43.836	104.049
12	2.2399	-0.2907	-0.109	0.794	-0.101	3.1106	0.0019	-0.2781	0.0167	0.1151	-0.0237	0.0259	0.1823	-0.4658	0.0219	0.1875	-0.031	0.0401	0.1187	-0.0263	0.2496	13.354	61.439	95.392
13	3.817	-0.2572	-0.2886	1.8036	0.5677	5.056	-0.0661	0.2273	0.2314	-0.1984	-0.016	0.2017	-0.6143	-0.4366	0.0821	0.3101	0.0402	-0.0205	0.0533	0.0417	0.314	12.662	80.29	47.511
14	7.1426	0.2079	-4.735	7.3714	-4.8177	11.5846	-0.6026	0.0883	0.3528	-0.4445	0.2388	-0.0896	-1.0842	0.126	0.3638	0.7172	-0.0992	-0.0766	0.0399	0.0761	0.3271	13.452	91.984	47.329

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	48 - 102
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	103 - 120
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	121 - 236
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	237 - 260
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	261 - 379
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	380 - 425
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	426 - 478
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	48 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	104 - 119
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	120 - 218
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	219 - 270
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	271 - 379
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	380 - 445
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	446 - 478

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