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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yrn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of T. cruzi Histidyl-tRNA synthetase in complex with 6-bromopyridin-3-amine (Chem 475) | ||||||
![]() | Histidyl-tRNA synthetase | ||||||
![]() | Ligase/Ligase inhibitor / ligase / aminoacyl-tRNA synthetase / aaRS / HisRS / Trypanosoma cruzi / protein-inhibitor complex / Ligase-Ligase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Koh, C.-Y. / Hol, W.G.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A binding hotspot in Trypanosoma cruzi histidyl-tRNA synthetase revealed by fragment-based crystallographic cocktail screens. 著者: Koh, C.Y. / Siddaramaiah, L.K. / Ranade, R.M. / Nguyen, J. / Jian, T. / Zhang, Z. / Gillespie, J.R. / Buckner, F.S. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 349.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 282 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 503.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 509.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4yp0C ![]() 4ypfC ![]() 4yrcC ![]() 4yreC ![]() 4yrfC ![]() 4yrgC ![]() 4yriC ![]() 4yrjC ![]() 4yrkC ![]() 4yrlC ![]() 4yrmC ![]() 4yroC ![]() 4yrpC ![]() 4yrqC ![]() 4yrrC ![]() 4yrsC ![]() 4yrtC ![]() 3lc0S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 51185.590 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 45-478 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053507019.40 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 471分子 ![](data/chem/img/HIS.gif)
![](data/chem/img/4JN.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/4JN.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-DMS / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.31 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 23 % to 28 % PEG 3350, 0.1 M sodium citrate pH 4.8 to 5.3, 1 mM TCEP PH範囲: 4.8 to 5.3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月9日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: VariMax HF (Osmic) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→36.37 Å / Num. obs: 49893 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 143911 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3LC0 解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 12.198 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 133.01 Å2 / Biso mean: 37.619 Å2 / Biso min: 10.32 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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