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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yrj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of T. cruzi Histidyl-tRNA synthetase in complex with 4-chlorobenzene-1,2-diamine (Chem 256) | ||||||
要素 | Histidyl-tRNA synthetase | ||||||
キーワード | Ligase/Ligase inhibitor / ligase / aminoacyl-tRNA synthetase / aaRS / HisRS / Trypanosoma cruzi / protein-inhibitor complex / Ligase-Ligase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Koh, C.-Y. / Hol, W.G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2015 タイトル: A binding hotspot in Trypanosoma cruzi histidyl-tRNA synthetase revealed by fragment-based crystallographic cocktail screens. 著者: Koh, C.Y. / Siddaramaiah, L.K. / Ranade, R.M. / Nguyen, J. / Jian, T. / Zhang, Z. / Gillespie, J.R. / Buckner, F.S. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4yrj.cif.gz | 184.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4yrj.ent.gz | 142.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4yrj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4yrj_validation.pdf.gz | 484.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4yrj_full_validation.pdf.gz | 486 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4yrj_validation.xml.gz | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4yrj_validation.cif.gz | 24.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/4yrj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/4yrj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4yp0C 4ypfC 4yrcC 4yreC 4yrfC 4yrgC 4yriC 4yrkC 4yrlC 4yrmC 4yrnC 4yroC 4yrpC 4yrqC 4yrrC 4yrsC 4yrtC 3lc0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 51185.590 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 45-478 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ) 株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053507019.40 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4DA54, histidine-tRNA ligase |
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-非ポリマー , 6種, 109分子
#2: 化合物 | ChemComp-HIS / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-4JJ / | ||||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.82 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 23 % to 28 % PEG 3350, 0.1 M sodium citrate pH 4.8 to 5.3, 1 mM TCEP PH範囲: 4.8 to 5.3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月20日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: VariMax HF (Osmic) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→29.83 Å / Num. obs: 21706 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 80135 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3LC0 解像度: 2.3→29.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 16.258 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.33 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 134.66 Å2 / Biso mean: 59.207 Å2 / Biso min: 26.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→29.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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