+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4yfx | ||||||
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Title | Escherichia coli RNA polymerase in complex with Myxopyronin B | ||||||
Components |
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Keywords | transcription/transcription inhibitor / switch region / squaramide / transcription-transcription inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information sigma factor antagonist complex / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat ...sigma factor antagonist complex / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein dimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli O139:H28 (bacteria) Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.844 Å | ||||||
Authors | Molodtsov, V. / Fleming, P.R. / Eyermann, C.J. / Ferguson, A.D. / Foulk, M.A. / McKinney, D.C. / Masse, C.E. / Buurman, E.T. / Murakami, K.S. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2015 Title: X-ray Crystal Structures of Escherichia coli RNA Polymerase with Switch Region Binding Inhibitors Enable Rational Design of Squaramides with an Improved Fraction Unbound to Human Plasma Protein. Authors: Molodtsov, V. / Fleming, P.R. / Eyermann, C.J. / Ferguson, A.D. / Foulk, M.A. / McKinney, D.C. / Masse, C.E. / Buurman, E.T. / Murakami, K.S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
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-Validation report
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Data in XML | 4yfx_validation.xml.gz | 359.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4yfx_validation.cif.gz | 471.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/4yfx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/4yfx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4yfkC 4yfnC 4igc C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4 types, 10 molecules ABGHCIDJEK
#1: Protein | Mass: 36558.680 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (bacteria) Strain: E24377A / ETEC / Gene: rpoA, EcE24377A_3778 / Plasmid: pGEMABC / Details (production host): addgene #45398 / Production host: Escherichia coli #1/H766 (bacteria) / References: UniProt: A7ZSI4, DNA-directed RNA polymerase #2: Protein | Mass: 150820.875 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (bacteria) Strain: E24377A / ETEC / Gene: rpoB, EcE24377A_4528 / Plasmid: pGEMABC / Details (production host): addgene #45398 / Production host: Escherichia coli #1/H766 (bacteria) / References: UniProt: A7ZUK1, DNA-directed RNA polymerase #3: Protein | Mass: 155366.781 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (bacteria) Strain: E24377A / ETEC / Gene: rpoC, EcE24377A_4529 / Plasmid: pGEMABC / Details (production host): addgene #45398 / Production host: Escherichia coli #1/H766 (bacteria) / References: UniProt: A7ZUK2, DNA-directed RNA polymerase #4: Protein | Mass: 10249.547 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (bacteria) Strain: E24377A / ETEC / Gene: rpoZ, EcE24377A_4152 / Plasmid: pACYCDuet-1_Ec_rpoZ / Production host: Escherichia coli #1/H766 (bacteria) / References: UniProt: A7ZTK1, DNA-directed RNA polymerase |
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-Protein , 1 types, 2 molecules FL
#5: Protein | Mass: 70352.242 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: rpoD, alt, b3067, JW3039 / Plasmid: pGEMD / Production host: Escherichia coli #1/H766 (bacteria) / References: UniProt: P00579 |
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-Non-polymers , 3 types, 7 molecules
#6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-ZN / #8: Chemical | ChemComp-4C4 / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.26 Å3/Da / Density % sol: 62.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion / pH: 7 / Details: 0.1M HEPES-HCL , 0.2M CaACETATE, 15% PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: F1 / Wavelength: 0.9179 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Jun 5, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9179 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.8→30 Å / Num. obs: 106246 / % possible obs: 93.8 % / Redundancy: 4.3 % / Net I/σ(I): 9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4IGC 4igc Resolution: 3.844→29.947 Å / SU ML: 0.72 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 37.04 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.844→29.947 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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