[日本語] English
万見
- PDB-4yc9: Crystal structure of TRIM24 PHD-bromodomain complexed with N-(6-{... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yc9
タイトルCrystal structure of TRIM24 PHD-bromodomain complexed with N-(6-{3-[4-(dimethylamino)butoxy]-5-propoxyphenoxy}-1,3-dimethyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzodiazol-5-yl)-3,4-dimethoxybenzene-1-sulfonamide (8i)
要素Transcription intermediary factor 1-alpha
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION INHIBITOR / Center for Biomolecular Structure and Function / Bromodomain / TRIM24 / inhibitor / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


perichromatin fibrils / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / calcium ion homeostasis / Signaling by FGFR1 in disease / epithelial cell proliferation / regulation of signal transduction by p53 class mediator / male germ cell nucleus ...perichromatin fibrils / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / calcium ion homeostasis / Signaling by FGFR1 in disease / epithelial cell proliferation / regulation of signal transduction by p53 class mediator / male germ cell nucleus / nuclear receptor binding / lysine-acetylated histone binding / RING-type E3 ubiquitin transferase / regulation of protein stability / euchromatin / protein catabolic process / response to peptide hormone / negative regulation of epithelial cell proliferation / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / ubiquitin protein ligase activity / p53 binding / regulation of apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / protein kinase activity / protein ubiquitination / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / chromatin / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. ...B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Ring finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4C1 / Transcription intermediary factor 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Poncet-Montange, G. / Palmer, W. / Jones, P.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structure-Guided Design of IACS-9571, a Selective High-Affinity Dual TRIM24-BRPF1 Bromodomain Inhibitor.
著者: Palmer, W.S. / Poncet-Montange, G. / Liu, G. / Petrocchi, A. / Reyna, N. / Subramanian, G. / Theroff, J. / Yau, A. / Kost-Alimova, M. / Bardenhagen, J.P. / Leo, E. / Shepard, H.E. / Tieu, T.N. ...著者: Palmer, W.S. / Poncet-Montange, G. / Liu, G. / Petrocchi, A. / Reyna, N. / Subramanian, G. / Theroff, J. / Yau, A. / Kost-Alimova, M. / Bardenhagen, J.P. / Leo, E. / Shepard, H.E. / Tieu, T.N. / Shi, X. / Zhan, Y. / Zhao, S. / Barton, M.C. / Draetta, G. / Toniatti, C. / Jones, P. / Geck Do, M. / Andersen, J.N.
履歴
登録2015年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcription intermediary factor 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1845
ポリマ－21,3181
非ポリマー8664
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.839, 35.624, 65.367
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.070, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Transcription intermediary factor 1-alpha / TIF1-alpha / E3 ubiquitin-protein ligase TRIM24 / RING finger protein 82 / Tripartite motif- ...TIF1-alpha / E3 ubiquitin-protein ligase TRIM24 / RING finger protein 82 / Tripartite motif-containing protein 24


分子量: 21318.395 Da / 分子数: 1 / 断片: bromodomain (UNP residues 824-1006) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM24, RNF82, TIF1, TIF1A / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O15164, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-4C1 / N-(6-{3-[4-(dimethylamino)butoxy]-5-propoxyphenoxy}-1,3-dimethyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzimidazol-5-yl)-3,4-dimethoxybenzenesulfonamide / IACS-9571


分子量: 642.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H42N4O8S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.2-2.4M ammonium sulfate, 0.1M HEPES buffer pH 7.5, 2% PEG400 and 8-9% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→60.576 Å / Num. all: 17452 / Num. obs: 17452 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.111 / Rsym value: 0.088 / Net I/av σ(I): 5.565 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 66226
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.82-1.923.80.5151.4952825150.3280.515299.5
1.92-2.033.90.3222.2926323950.2030.322399.8
2.03-2.183.90.2133.3872322570.1320.2134.499.9
2.18-2.353.90.1753.9803620850.1110.1755.799.8
2.35-2.573.80.1235.4739719340.0770.1237.299.9
2.57-2.883.80.1056671517610.0650.1058.9100
2.88-3.323.80.0896.9589615630.0530.08911.199.8
3.32-4.073.70.0728.7481113170.0440.07214.199.8
4.07-5.763.50.05111.6360110270.0350.05114.399.4
5.76-60.5763.80.04911.922565980.0350.04914.499.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.21データスケーリング
REFMAC5.8.0069精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3O34

3o34


解像度: 1.82→42.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.286 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2035 847 4.9 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs0.1575 16574 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 115.41 Å2 / Biso mean: 36.339 Å2 / Biso min: 19.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0.01 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.82→42.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1448 0 53 214 1715
Biso mean--46.2 49.4 -
残基数----180
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.021538
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021428
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8692.0252086
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1143.0093316
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02327
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5313.223718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5023.219717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.924.8894
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.867 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 63 -
Rwork0.274 1219 -
all-1282 -
obs--98.77 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る