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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xtu | ||||||
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タイトル | Mycobacterium tuberculosis biotin ligase complexed with bisubstrate inhibitor (N-({[(1R,2S,3R,4R)-4-(6-amino-9H-purin-9-yl)-2,3-dihydroxycyclopentyl]methyl}sulfamoyl)-5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanamide) | ||||||
要素 | Bifunctional ligase/repressor BirA | ||||||
キーワード | LIGASE/LIGASE INHIBITOR / biotin-protein ligase / bisubstrate inhibitor / LIGASE-LIGASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase / biotin--[biotin carboxyl-carrier protein] ligase activity / biotin binding / protein modification process / positive regulation of cell population proliferation / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65002988236 Å | ||||||
データ登録者 | De la Mora-Rey, T. / Finzel, B.C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Mycobacterium tuberculosis biotin ligase complexed with bisubstrate inhibitor (N-({[(1R,2S,3R,4R)-4-(6-amino-9H-purin-9-yl)-2,3-dihydroxycyclopentyl]methyl}sulfamoyl)-5-[(3aS,4S,6aR)-2- ...タイトル: Mycobacterium tuberculosis biotin ligase complexed with bisubstrate inhibitor (N-({[(1R,2S,3R,4R)-4-(6-amino-9H-purin-9-yl)-2,3-dihydroxycyclopentyl]methyl}sulfamoyl)-5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanamide) 著者: Bockman, M.R. / Kalinda, A.S. / Petrelli, R. / De la Mora-Rey, T. / Tawari, D. / Liu, F. / Schnappinger, D. / Finzel, B.C. / Aldrich, C.C. #1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015 タイトル: Targeting Mycobacterium tuberculosis Biotin Protein Ligase (MtBPL) with Nucleoside-Based Bisubstrate Adenylation Inhibitors. 著者: Bockman, M.R. / Kalinda, A.S. / Petrelli, R. / De la Mora-Rey, T. / Tiwari, D. / Liu, F. / Dawadi, S. / Nandakumar, M. / Rhee, K.Y. / Schnappinger, D. / Finzel, B.C. / Aldrich, C.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xtu.cif.gz | 157.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xtu.ent.gz | 98.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xtu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/4xtu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/4xtu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3ruxS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28534.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: birA, CH81_03124, CH82_03406, CH84_03412, CH85_03111, CH87_01691, CH88_02592, CO60_3782, ER17_17395, FF22_02902, FI98_01129, IQ38_01820, IQ39_01720, IQ40_01775, IQ41_01700, IQ42_01770, ...遺伝子: birA, CH81_03124, CH82_03406, CH84_03412, CH85_03111, CH87_01691, CH88_02592, CO60_3782, ER17_17395, FF22_02902, FI98_01129, IQ38_01820, IQ39_01720, IQ40_01775, IQ41_01700, IQ42_01770, IQ43_01710, IQ44_01750, IQ45_01765, IQ46_01705, IQ47_01735, IQ48_01770, IU12_01860, IU13_01785, IU14_01730, IU16_01770, IU17_01745, IU18_01730, IU19_01775, IU20_01750, IU22_01755, IU23_01750, IU24_01735, IZ84_17515, JE53_17495, LJ70_17695, T209_01770 プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MACH I 参照: UniProt: A0A045H8W3, UniProt: I6YFP0*PLUS, biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.36 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 17-24% PEG2000 MME, 100 mM Tris, pH 8.5, 100 mM triethylamine N-oxide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月21日 | |||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.65→115.282 Å / Num. obs: 60393 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 16.8945173982 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 22.7 / Num. measured all: 401702 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3RUX 解像度: 1.65002988236→36.2926409498 Å / SU ML: 0.155321051552 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35451531767 / 位相誤差: 21.0654598191
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.4277466564 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65002988236→36.2926409498 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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